1d1k

MUTATED SHIGA-LIKE TOXIN B SUBUNIT (D17E/W34A) COMPLEXED WITH RECEPTOR GB3 ANALOGUE

Method: X-RAY DIFFRACTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SHIGA-LIKE TOXIN I SUBUNIT B

Phage h30

UniProt P08027

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 同源多聚体 蛋白 5 其他聚合物 5 alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 5 water × 5 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SLTB_BPH30
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–69; UniProt 21–89 作者链 B; PDB构建体 1–69; UniProt 21–89 作者链 C; PDB构建体 1–69; UniProt 21–89 作者链 D; PDB构建体 1–69; UniProt 21–89 作者链 E; PDB构建体 1–69; UniProt 21–89

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1d1k
沉积日期 deposition_date1999-09-17
结构标题 titleMUTATED SHIGA-LIKE TOXIN B SUBUNIT (D17E/W34A) COMPLEXED WITH RECEPTOR GB3 ANALOGUE
关键词 keywordsTOXIN, RECEPTOR BINDING, PROTEIN-CARBOHYDRATE RECOGNITION, OB-FOLD; TOXIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1d1k__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1d1k__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1d1k__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)22.74 Å
Rg(电子密度)21.47 Å
总 Rg22.39 Å
原子数2830
残基数345
排除体积50296 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1d1k__assembly_1__model_1 pentameric (5) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_idd1d1ka_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family familyb.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits
结构域编号 domain_idd1d1kb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family familyb.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits
结构域编号 domain_idd1d1kc_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family familyb.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits
结构域编号 domain_idd1d1kd_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family familyb.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits
结构域编号 domain_idd1d1ke_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family familyb.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id1d1kA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70
结构域编号 domain_id1d1kB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70
结构域编号 domain_id1d1kC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70
结构域编号 domain_id1d1kD00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70
结构域编号 domain_id1d1kE00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70

7. 引用文献 (1)