SAXSdb — 1d2t

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ACID PHOSPHATASE

Escherichia blattae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 19–249	片段：ACID PHOSPHATASE	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；PEG400, TRIS, HEPES, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.90 Å R-free 0.257

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1D2T	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1EOI CRYSTAL STRUCTURE OF ACID PHOSPHATASE FROM ESCHERICHIA BLATTAE COMPLEXED WITH THE TRANSITION STATE ANALOG MOLYBDATE 提交 2000-03-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 19–249（231 aa）链 B 19–249（231 aa）链 C 19–249（231 aa）	未记录	MOO MOLYBDATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；PEG400, Na2MoO4, Tris, Hepes, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.40 Å R-free 0.280
1IW8 Crystal Structure of a mutant of acid phosphatase from Escherichia blattae (G74D/I153T) 提交 2002-04-22	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 19–249（231 aa）片段：residues 1-231 链 B 19–249（231 aa）片段：residues 1-231 链 C 19–249（231 aa）片段：residues 1-231 链 D 19–249（231 aa）片段：residues 1-231 链 E 19–249（231 aa）片段：residues 1-231 链 F 19–249（231 aa）片段：residues 1-231	突变：G74D, I153T 突变：G74D, I153T 突变：G74D, I153T 突变：G74D, I153T 突变：G74D, I153T 突变：G74D, I153T	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；293 K；PEG400, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.284

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9S1A6_ESCBL
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–231； UniProt 19–249

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1d2t
沉积日期 deposition_date	1999-09-28
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF ACID PHOSPHATASE FROM ESCHERICHIA BLATTAE
关键词 keywords	ALL ALPHA, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.38 Å
零角强度 I(0) i0	11067400.00
分子量 molecular_weight	24157.0 kDa
排除体积 excluded_volume	29926 Å³
包络体积 envelope_volume	33237 Å³
水化壳体积 shell_volume	16223 Å³
包络直径 envelope_diameter	61.9 Å
壳层 Rg shell_rg	23.32 Å
包络 Rg envelope_rg	17.69 Å
形状 Rg shape_rg	17.38 Å
总 Rg total_rg	18.28 Å
总原子数 total_atoms	1701
残基数 n_residues	222
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	61.1 Å
Rg (实空间) rg_real	18.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1070e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4690e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	11070000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8032
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	21.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.253
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.387
角度范围 angular_range	— – 0.4400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2573000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.814; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ACID PHOSPHATASE
分子量 formula_weight	25033.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1937

LALVATGNDTTTKPDLYYLKNSEAINSLALLPPPPAVGSIAFLNDQAMYEQGRLLRNTERGKLAAEDANLSSGGVANAFSGAFGSPITEKDAPALHKLLTNMIEDAGDLATRSAKDHYMRIRPFAFYGVSTCNTTEQDKLSKNGSYPSGHTSIGWATALVLAEINPQRQNEILKRGYELGQSRVICGYHWQSDVDAARVVGSAVVATLHTNPAFQQQLQKAKAEFAQHQKK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia blattae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	563
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	236

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1d2ta_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.111 — Acid phosphatase/Vanadium-dependent haloperoxidase
超家族 Superfamily superfamily	a.111.1 — Acid phosphatase/Vanadium-dependent haloperoxidase
家族 Family family	a.111.1.1 — Type 2 phosphatidic acid phosphatase, PAP2

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1d2tA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	144 — Vanadium-containing Chloroperoxidase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	124.700 Å
晶胞边长 b length_b	124.700 Å
晶胞边长 c length_c	97.700 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 63 2 2
空间群编号 int_tables_number	182
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.2150
R_work r_work	0.2160
R_free r_free	0.2570

fit	/app/data/saxs_computation/d2/1d2t/1d2t.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d2/1d2t/1d2t.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d2/1d2t/1d2t.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF ACID PHOSPHATASE FROM ESCHERICHIA BLATTAE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ACID PHOSPHATASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction