SAXSdb — 1d2z

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DEATH DOMAIN OF PELLE

Drosophila melanogaster

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 26–129	未记录	DEATH DOMAIN OF TUBE × 1 （P22812）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；20-25% PEG 2000 monomethyl ether, 100 mM Hepes pH 7.2-8.4 0-200 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.244
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 26–129	未记录	DEATH DOMAIN OF TUBE × 1 （P22812） EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；20-25% PEG 2000 monomethyl ether, 100 mM Hepes pH 7.2-8.4 0-200 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1D2Z	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1IK7 Crystal Structure of the Uncomplexed Pelle Death Domain 提交 2001-05-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–129（104 aa）片段：Death Domain	未记录	TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；45% 2-methyl-2,4-pentanediol, Tris, 0.4 M sodium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 2.30 Å R-free 0.258
1IK7 Crystal Structure of the Uncomplexed Pelle Death Domain 提交 2001-05-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 26–129（104 aa）片段：Death Domain	未记录	TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；45% 2-methyl-2,4-pentanediol, Tris, 0.4 M sodium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 2.30 Å R-free 0.258
1YGO Solution Structure of the pelle Death Domain 提交 2005-01-05	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–131（106 aa）片段：Pelle Kinase death domain residues 26-131	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 298 K NMR样品组成 1mM Pelle death domain, U-15N, 13C; 20mM phosphate, 100mM NaCl, pH 7.6; 10% D20	分辨率未提供

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KPEL_DROME
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–108； UniProt 26–129 作者链 C； PDB构建体 1–108； UniProt 26–129

DEATH DOMAIN OF TUBE

Drosophila melanogaster

UniProt P22812

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 23–175	未记录	DEATH DOMAIN OF PELLE × 1 （Q05652）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；20-25% PEG 2000 monomethyl ether, 100 mM Hepes pH 7.2-8.4 0-200 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.244
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 23–175	未记录	DEATH DOMAIN OF PELLE × 1 （Q05652） EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；20-25% PEG 2000 monomethyl ether, 100 mM Hepes pH 7.2-8.4 0-200 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TUBE_DROME
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–153； UniProt 23–175 作者链 D； PDB构建体 1–153； UniProt 23–175

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1d2z
沉积日期 deposition_date	1999-09-28
结构标题 title	THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF A COMPLEX BETWEEN THE DEATH DOMAINS OF PELLE AND TUBE
关键词 keywords	SIX-HELIX BUNDLE, LINEAR ARRAY OF DEATH DOMAINS, PLASTIC INTERFACES, APOPTOSIS; APOPTOSIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.01 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.18 Å
零角强度 I(0) i0	53806300.00
分子量 molecular_weight	58201.0 kDa
排除体积 excluded_volume	73131 Å³
包络体积 envelope_volume	96648 Å³
水化壳体积 shell_volume	27612 Å³
包络直径 envelope_diameter	115.1 Å
壳层 Rg shell_rg	35.45 Å
包络 Rg envelope_rg	32.09 Å
形状 Rg shape_rg	32.17 Å
总 Rg total_rg	32.53 Å
总原子数 total_atoms	4090
残基数 n_residues	513
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	108.8 Å
Rg (实空间) rg_real	32.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.98 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.3810e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.3670e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.26 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	53800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6189
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	26.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.541
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.462
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13820000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.677; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.242; Positv: 1.000; Valcen: 0.607; Smooth: 0.676

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DEATH DOMAIN OF PELLE
分子量 formula_weight	12446.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	4386

GSHMSHLDNTMAIRLLPLPVRAQLCAHLDALDVWQQLATAVKLYPDQVEQISSQKQRGRSASNEFLNIWGGQYNHTVQTLFALFKKLKLHNAMRLIKDYVSEDLHKYI

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DEATH DOMAIN OF TUBE
分子量 formula_weight	17084.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

LSSKYSRNTELRRVEDNDIYRLAKILDENSCWRKLMSIIPKGMDVQACSGAGCLNFPAEIKKGFKYTAQDVFQIDEAANRLPPDQSKSQMMIDEWKTSGKLNERPTVGVLLQLLVQAELFSAADFVALDFLNESTPARPVDGPGALISLELLE

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	266

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d1d2za_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.77 — DEATH domain
超家族 Superfamily superfamily	a.77.1 — DEATH domain
家族 Family family	a.77.1.2 — DEATH domain, DD

结构域编号 domain_id	d1d2zb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.77 — DEATH domain
超家族 Superfamily superfamily	a.77.1 — DEATH domain
家族 Family family	a.77.1.2 — DEATH domain, DD

结构域编号 domain_id	d1d2zc1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.77 — DEATH domain
超家族 Superfamily superfamily	a.77.1 — DEATH domain
家族 Family family	a.77.1.2 — DEATH domain, DD

结构域编号 domain_id	d1d2zc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1d2zd_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.77 — DEATH domain
超家族 Superfamily superfamily	a.77.1 — DEATH domain
家族 Family family	a.77.1.2 — DEATH domain, DD

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1d2zA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

结构域编号 domain_id	1d2zB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

结构域编号 domain_id	1d2zC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

结构域编号 domain_id	1d2zD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	533 — Death Domain, Fas
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Death Domain, Fas

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	58.123 Å
晶胞边长 b length_b	87.495 Å
晶胞边长 c length_c	117.662 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	25.000 Å
R 因子 r_factor	0.2200
R_work r_work	0.2110
R_free r_free	0.2440

fit	/app/data/saxs_computation/d2/1d2z/1d2z.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d2/1d2z/1d2z.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d2/1d2z/1d2z.dat

THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF A COMPLEX BETWEEN THE DEATH DOMAINS OF PELLE AND TUBE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DEATH DOMAIN OF PELLE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DEATH DOMAIN OF TUBE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)