SAXSdb — 1d3e

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN VP1)

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 300	PROTEIN (INTERCELLULAR ADHESION MOLECULE-1) × 60 PROTEIN (RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN VP2) × 60 （Q82122） PROTEIN (RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN VP3) × 60 （Q82122） PROTEIN (RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN VP4) × 60 （Q82122）	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 5	PROTEIN (INTERCELLULAR ADHESION MOLECULE-1) × 1 PROTEIN (RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN VP2) × 1 （Q82122） PROTEIN (RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN VP3) × 1 （Q82122） PROTEIN (RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN VP4) × 1 （Q82122）	与蛋白数一致
3	信息不足	异源复合物	蛋白 25	PROTEIN (INTERCELLULAR ADHESION MOLECULE-1) × 5 PROTEIN (RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN VP2) × 5 （Q82122） PROTEIN (RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN VP3) × 5 （Q82122） PROTEIN (RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN VP4) × 5 （Q82122）	与蛋白数一致
4	信息不足	异源复合物	蛋白 30	PROTEIN (INTERCELLULAR ADHESION MOLECULE-1) × 6 PROTEIN (RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN VP2) × 6 （Q82122） PROTEIN (RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN VP3) × 6 （Q82122） PROTEIN (RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN VP4) × 6 （Q82122）	与蛋白数一致
5	信息不足	异源复合物	蛋白 5	PROTEIN (INTERCELLULAR ADHESION MOLECULE-1) × 1 PROTEIN (RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN VP2) × 1 （Q82122） PROTEIN (RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN VP3) × 1 （Q82122） PROTEIN (RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN VP4) × 1 （Q82122）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ICAM1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–185； UniProt 28–212

PROTEIN (RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN VP1)

物种未注明

UniProt Q82122

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 300	PROTEIN (INTERCELLULAR ADHESION MOLECULE-1) × 60	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 5	PROTEIN (INTERCELLULAR ADHESION MOLECULE-1) × 1	与蛋白数一致
3	信息不足	异源复合物	蛋白 25	PROTEIN (INTERCELLULAR ADHESION MOLECULE-1) × 5	与蛋白数一致
4	信息不足	异源复合物	蛋白 30	PROTEIN (INTERCELLULAR ADHESION MOLECULE-1) × 6	与蛋白数一致
5	信息不足	异源复合物	蛋白 5	PROTEIN (INTERCELLULAR ADHESION MOLECULE-1) × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLG_HRV16
Isoform	—
PDB实体	2, 3, 4, 5
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–285； UniProt 573–852 作者链 2； PDB构建体 1–252； UniProt 78–329 作者链 3； PDB构建体 1–238； UniProt 330–567 作者链 4； PDB构建体 1–68； UniProt 1–68

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1d3e
沉积日期 deposition_date	1999-09-29
结构标题 title	CRYO-EM STRUCTURE OF HUMAN RHINOVIRUS 16 (HRV16) COMPLEXED WITH A TWO-DOMAIN FRAGMENT OF ITS CELLULAR RECEPTOR, INTERCELLULAR ADHESION MOLECULE-1 (D1D2-ICAM-1). IMPLICATIONS FOR VIRUS-RECEPTOR INTERACTIONS. ALPHA CARBONS ONLY
关键词 keywords	;HUMAN RHINOVIRUS, HRV16, ICAM-1, FITTING OF X-RAY STRUCTURES INTO CRYO-EM RECONSTRUCTIONS, COMMON COLD, VIRUS UNCOATING, VIRUS/ VIRAL PROTEIN, RHINOVIRUS-RECEPTOR COMPLEX, Icosahedral virus, Virus-Receptor COMPLEX ;; Virus/Receptor
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1d3e__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1d3e__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1d3e__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	142.10 Å
总 Rg	142.10 Å
原子数	0
残基数	0
排除体积	8051900 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1d3e__assembly_1__model_1`	300-MERIC （300）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1d3e__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`1d3e__assembly_3__model_1`	25-meric （25）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`1d3e__assembly_4__model_1`	30-meric （30）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`1d3e__assembly_5__model_1`	pentameric （5）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (INTERCELLULAR ADHESION MOLECULE-1)
分子量 formula_weight	20438.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I
原子数 atom_count	989

QTSVSPSKVILPRGGSVLVTCSTSCDQPKLLGIETPLPKKELLLPGNNRKVYELSNVQEDSQPMCYSNCPDGQSTAKTFLTVYWTPERVELAPLPSWQPVGKNLTLRCQVEGGAPRANLTVVLLRGEKELKREPAVGEPAEVTTTVLVRRDHHGANFSCRTELDLRPQGLELFENTSAPYQLQTF

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PROTEIN (RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN VP1)
分子量 formula_weight	32314.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1

APVAAYVDEVLNEVLVVPNINQSHPTTSNAAPVLDAAETGHTNKIQPEDTIETRYVQSSQTLDEMSVESFLGRSGCIHESVLDIVDNYNDQSFTKWNINLQEMAQIRRKFEMFTYARFDSEITMVPSVAAKDGHIGHIVMQYMYVPPGAPIPTTRDDYAWQSGTNASVFWQHGQPFPRFSLPFLSIASAYYMFYDGYDGDTYKSRYGTVVTNDMGTLCSRIVTSEQLHKVKVVTRIYHKAKHTKAWCPRPPRAVQYSHTHTTNYKLSSEVHNDVAIRPRTNLTTV

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	PROTEIN (RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN VP2)
分子量 formula_weight	27910.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2

SDRIIQITRGDSTITSQDVANAVVGYGVWPHYLTPQDATAIDKPTQPDTSSNRFYTLDSKMWNSTSKGWWWKLPDALKDMGIFGENMFYHFLGRSGYTVHVQCNASKFHQGTLLVVMIPEHQLATVNKGNVNAGYKYTHPGEAGREVGTAAAAEKQPSDDNWLNFDGTLLGNLLIFPHQFINLRSNNSATLIVPYVNAVPMDSMVRHNNWSLVIIPVCQLQSNNISNIVPITVSISPMCAEFSGARAKTVVQ

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	PROTEIN (RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN VP3)
分子量 formula_weight	26314.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3

GLPVYVTPGSGQFMTTDDMQSPCALPWYHPTKEIFIPGEVKNLIEMCQVDTLIPINSTQSNIGNVSMYTVTLSPQTKLAEEIFAIKVDIASHPLATTLIGEIASYFTHWTGSLRFSFMFCGTANTTLKVLLAYTPPGIGKPRSRKEAMLGTHVVWDVGLQSTVSLVVPWISASQYRFTTPDTYSSAGYITCWYQTNFVVPPNTPNTAEMLCFVSGCKDFCLRMARDTDLHKQTGPITQ

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	PROTEIN (RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN VP4)
分子量 formula_weight	7374.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4

GAQVSRQNVGTHSTQNMVSNGSSLNYFNINYFKDAASSGASRLDFSQDPSKFTDPVKDVLEKGIPTLQ

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d1d3e1_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1d3e2_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1d3e3_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1d3e4_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1d3ei_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	28.000 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	28.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	;COMMON-LINES AND POLAR-FOURIER-TRANSFORM FULLER ET AL. 1996, J.STRUC.BIOL.c 116, 48-55; BAKER AND CHENG, 1996, J.STRUC.BIOL. 116, 120-130 ;
颗粒数 num_particles	44

CRYO-EM STRUCTURE OF HUMAN RHINOVIRUS 16 (HRV16) COMPLEXED WITH A TWO-DOMAIN FRAGMENT OF ITS CELLULAR RECEPTOR, INTERCELLULAR ADHESION MOLECULE-1 (D1D2-ICAM-1). IMPLICATIONS FOR VIRUS-RECEPTOR INTERACTIONS. ALPHA CARBONS ONLY

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN VP1)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PROTEIN (RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN VP1)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1d3e__assembly_1__model_1

1d3e__assembly_1__model_1 | I(q)

1d3e__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

7. 引用文献 (5)

CRYO-EM STRUCTURE OF HUMAN RHINOVIRUS 16 (HRV16) COMPLEXED WITH A TWO-DOMAIN FRAGMENT OF ITS CELLULAR RECEPTOR, INTERCELLULAR ADHESION MOLECULE-1 (D1D2-ICAM-1). IMPLICATIONS FOR VIRUS-RECEPTOR INTERACTIONS. ALPHA CARBONS ONLY

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN VP1)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PROTEIN (RHINOVIRUS 16 COAT PROTEIN VP1)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1d3e__assembly_1__model_1

1d3e__assembly_1__model_1 | I(q)

1d3e__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

7. 引用文献 (5)