1d3s

1.4 A crystal structure of nitrophorin 4 from Rhodnius prolixis at pH=5.6.

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 50.0 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NITROPHORIN 4

Rhodnius prolixus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 22–205	片段：RESIDUES 22-205	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；23% PEG 4000 20 MM SODIUM CITRATE PH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.40 Å R-free 0.250

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1D3S	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1D2U 1.15 A CRYSTAL STRUCTURE OF NITROPHORIN 4 FROM RHODNIUS PROLIXUS 提交 1999-09-28	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–205（184 aa）片段：RESIDUES 22-205	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 NH3 AMMONIA × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；3.0 M AMMONIUM PHOSPHATE 10 MM TRIS-HCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.15 Å R-free 0.190
1EQD CRYSTAL STRUCTURE OF NITROPHORIN 4 COMPLEXED WITH CN 提交 2000-04-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–205（184 aa）	未记录	CYN CYANIDE ION × 1 HEV 5,8-DIMETHYL-1,2,3,4-TETRAVINYLPORPHINE-6,7-DIPROPIONIC ACID FERROUS COMPLEX × 1 CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；PEG 4000, sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.260
1ERX CRYSTAL STRUCTURE OF NITROPHORIN 4 COMPLEXED WITH NO 提交 2000-04-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–205（184 aa）	未记录	HEV 5,8-DIMETHYL-1,2,3,4-TETRAVINYLPORPHINE-6,7-DIPROPIONIC ACID FERROUS COMPLEX × 1 NO NITRIC OXIDE × 1 CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；295 K；PEG 4000, sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.40 Å R-free 0.240
1IKE Crystal Structure of Nitrophorin 4 from Rhodnius Prolixus Complexed with Histamine at 1.5 A Resolution 提交 2001-05-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–205（184 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HSM HISTAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；295 K；PEG4000, Sodium Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.50 Å R-free 0.240
1IKJ 1.27 A CRYSTAL STRUCTURE OF NITROPHORIN 4 FROM RHODNIUS PROLIXUS COMPLEXED WITH IMIDAZOLE 提交 2001-05-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–205（184 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 IMD IMIDAZOLE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；295 K；PEG-4000, sodium citrate, pH 5.60, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.27 Å R-free 0.173
1KOI CRYSTAL STRUCTURE OF NITROPHORIN 4 FROM RHODNIUS PROLIXUS COMPLEXED WITH NITRIC OXIDE AT 1.08 A RESOLUTION 提交 2001-05-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–205（184 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 NO NITRIC OXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；295 K；PEG 4000, Sodium Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.08 Å R-free 0.147
1ML7 Crystal structure of nitrophorin 4 complexed with 4-iodopyrazole 提交 2002-08-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–205（184 aa）	未记录	HEV 5,8-DIMETHYL-1,2,3,4-TETRAVINYLPORPHINE-6,7-DIPROPIONIC ACID FERROUS COMPLEX × 1 PYZ 4-IODOPYRAZOLE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；ammonium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K, temperature 298.0K	分辨率 1.25 Å R-free 0.194
1NP4 CRYSTAL STRUCTURE OF NITROPHORIN 4 FROM RHODNIUS PROLIXUS 提交 1998-07-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–205（184 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 NH3 AMMONIA × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；2.8 M AMMONIUM PHOSPHATE, 0.1 M NA CACODYLATE, PH 5.6 (FINAL PH 7.5), ROOM TEMPERATURE	分辨率 1.50 Å R-free 0.262
1SXU 1.4 A Crystal Structure of D30N Mutant of Nitrophorin 4 from Rhodnius Prolixus Complexed with Imidazole 提交 2004-03-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–205（184 aa）	突变：D30N	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 IMD IMIDAZOLE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；PEG 4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.40 Å R-free 0.175
1SXW 1.05 A Crystal Structure of D30A Mutant of Nitrophorin 4 from Rhodnius Prolixus Complexed with Nitric Oxide 提交 2004-03-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–205（184 aa）	突变：D30A	PO4 PHOSPHATE ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 NO NITRIC OXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；Ammonium Phosphate 3.2 M, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.05 Å R-free 0.179
1SXX 1.0 A Crystal Structure of D129A/L130A Mutant of Nitrophorin 4 Complexed with Nitric Oxide 提交 2004-03-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–205（184 aa）	突变：D129A, L130A	PO4 PHOSPHATE ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 NO NITRIC OXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；Ammonium Phosphate 3.2 M, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.01 Å R-free 0.155
1SXY 1.07 A Crystal Structure of D30N Mutant of Nitrophorin 4 from Rhodnius Prolixus 提交 2004-03-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–205（184 aa）	突变：D30N	NH4 AMMONIUM ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；Ammonium Phosphate 3.2 M, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.07 Å R-free 0.172
1SY0 1.15 A Crystal Structure of T121V Mutant of Nitrophorin 4 from Rhodnius Prolixus 提交 2004-03-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–205（184 aa）	突变：T121V	NH4 AMMONIUM ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；Ammonium Phosphate 3.2 M, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.15 Å R-free 0.172
1SY1 1.0 A Crystal Structure of T121V Mutant of Nitrophorin 4 Complexed with Nitric Oxide 提交 2004-03-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–205（184 aa）	突变：T121V	PO4 PHOSPHATE ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 NO NITRIC OXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；Ammonium Phosphate 3.2 M, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.01 Å R-free 0.145
1SY2 1.0 A Crystal Structure of D129A/L130A Mutant of Nitrophorin 4 提交 2004-03-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–205（184 aa）	突变：D129A, L130A	NH4 AMMONIUM ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；Ammonium Phosphate 2.8 M, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.00 Å R-free 0.170
1SY3 1.00 A Crystal Structure of D30N Mutant of Nitrophorin 4 from Rhodnius Prolixus Complexed with Nitric Oxide 提交 2004-03-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–205（184 aa）	突变：D30N	PO4 PHOSPHATE ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 NO NITRIC OXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；Ammonium Phosphate 3.2 M, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.00 Å R-free 0.159
1U0X Crystal structure of nitrophorin 4 under pressure of xenon (200 psi) 提交 2004-07-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–205（184 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 NH3 AMMONIA × 1 XE XENON × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；ammonium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.45 Å R-free 0.175
1X8N 1.08 A Crystal Structure Of Nitrophorin 4 From Rhodnius Prolixus Complexed With Nitric Oxide at pH 7.4 提交 2004-08-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–205（184 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 NO NITRIC OXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；300 K；ammonium phosphate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300.0K	分辨率 1.08 Å R-free 0.171
1X8O 1.01 A Crystal Structure Of Nitrophorin 4 From Rhodnius Prolixus Complexed With Nitric Oxide at pH 5.6 提交 2004-08-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–205（184 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 NO NITRIC OXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；300 K；ammonium phosphate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300.0K	分辨率 1.01 Å R-free 0.130
1X8P 0.85 A Crystal Structure Of Nitrophorin 4 From Rhodnius Prolixus Complexed With Ammonia at pH 7.4 提交 2004-08-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–205（184 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 NH3 AMMONIA × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；300 K；ammonium phosphate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300.0K	分辨率 0.85 Å R-free 0.159
1X8Q 0.85 A Crystal Structure Of Nitrophorin 4 From Rhodnius Prolixus in Complex with Water at pH 5.6 提交 2004-08-18	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–205（184 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；300 K；PEG 4000, sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300.0K	分辨率 0.85 Å R-free 0.130
1YWA 0.9 A Structure of NP4 from Rhodnius Prolixus complexed with CO at pH 5.6 提交 2005-02-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–205（184 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CMO CARBON MONOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；2.8 M ammonium phosphate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 0.89 Å R-free 0.150
1YWB 0.9 A Structure of NP4 from Rhodnius Prolixus complexed with NO at pH 5.6 提交 2005-02-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–205（184 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 NO NITRIC OXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；295 K；2.8 M ammonium phosphate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 0.97 Å R-free 0.170
1YWC Structure of the ferrous CO complex of NP4 from Rhodnius Prolixus at pH 7.0 提交 2005-02-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–205（184 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CMO CARBON MONOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；2.8 M ammonium phosphate, pH 7., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.00 Å R-free 0.150
1YWD 1.08 A Structure of Ferrous NP4 (aquo complex) 提交 2005-02-17	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–205（184 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；2.8 M ammonium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 1.08 Å R-free 0.170
2AT0 1.00 A Crystal Structure Of L133V Mutant of Nitrophorin 4 From Rhodnius Prolixus Complexed With Nitric Oxide at pH 5.6 提交 2005-08-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 22–205（184 aa）	突变：L133V	PO4 PHOSPHATE ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 NO NITRIC OXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；300 K；ammonium phosphate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300.0K	分辨率 1.00 Å R-free 0.154
2AT3 1.00 A Crystal Structure Of L123V/L133V Mutant of Nitrophorin 4 From Rhodnius Prolixus Complexed With Imidazole at pH 5.6 提交 2005-08-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 22–205（184 aa）	突变：L123V, L133V	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 IMD IMIDAZOLE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；300 K；ammonium phosphate, imidazole, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300.0K	分辨率 1.00 Å R-free 0.167
2AT5 1.22 A Crystal Structure Of Nitrophorin 4 From Rhodnius Prolixus Containing Fe(III) Deuteroporphyrin IX Complexed With Nitric Oxide at pH 5.6 提交 2005-08-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 22–205（184 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 FDE FE(III) DEUTEROPORPHYRIN IX × 1 NO NITRIC OXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；300 K；ammonium phosphate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300.0K	分辨率 1.22 Å R-free 0.148
2AT6 1.22 A Crystal Structure Of Nitrophorin 4 From Rhodnius Prolixus Containing Fe(III) Deuteroporphyrin IX Complexed With Water at pH 5.6 提交 2005-08-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 22–205（184 aa）	未记录	FDE FE(III) DEUTEROPORPHYRIN IX × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；300 K；ammonium phosphate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300.0K	分辨率 1.22 Å R-free 0.167
2AT8 0.96 A Crystal Structure Of Nitrophorin 4 From Rhodnius Prolixus Containing Fe(III) 2,4 Dimethyl Deuteroporphyrin IX Complexed With Nitric Oxide at pH 5.6 提交 2005-08-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 22–205（184 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 FDD FE(III) 2,4-DIMETHYL DEUTEROPORPHYRIN IX × 1 NO NITRIC OXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；300 K；ammonium phosphate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300.0K	分辨率 1.00 Å R-free 0.195
2OFM 1.11 A Crystal Structure of Apo Nitrophorin 4 From Rhodnius Prolixus 提交 2007-01-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 22–205（184 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；300 K；ammonium sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300.0K	分辨率 1.11 Å R-free 0.183
2OFR 1.00 A Crystal Structure Of V36A/D129A/L130A Mutant of Nitrophorin 4 From Rhodnius Prolixus Complexed With Nitric Oxide at pH 5.6 提交 2007-01-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 22–205（184 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 NO NITRIC OXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；300 K；ammonium phosphate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 1.00 Å R-free 0.148
3C76 1.07 A crystal structure of L133V mutant of nitrophorin 4 from Rhodnius prolixus complexed with ammonia at PH 7.5 提交 2008-02-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 22–205（184 aa）	突变：L133V	NH3 AMMONIA × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；300 K；AMMONIUM PHOSPHATE, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300.0K	分辨率 1.07 Å R-free 0.165
3C77 1.08 A crystal structure of nitrophorin 4 from Rhodnius prolixus containing FE(III) deuteroporphyrin ix complexed with ammonia at ph 7.5 提交 2008-02-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 22–205（184 aa）	未记录	NH3 AMMONIA × 1 FDE FE(III) DEUTEROPORPHYRIN IX × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；300 K；AMMONIUM PHOSPHATE, pH 7.50, temperature 300.0K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.08 Å R-free 0.162
3C78 0.98 A crystal structure of nitrophorin 4 from Rhodnius prolixus containing FE(III) 2,4 dimethyl deuteroporphyrin ix complexed with ammonia at ph 7.5 提交 2008-02-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 22–205（184 aa）	未记录	NH3 AMMONIA × 1 FDD FE(III) 2,4-DIMETHYL DEUTEROPORPHYRIN IX × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；300 K；AMMONIUM PHOSPHATE, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300.0K	分辨率 0.98 Å R-free 0.189
3FLL Crystal structure of E55Q mutant of nitrophorin 4 提交 2008-12-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–205（184 aa）片段：UNP residues 22-205	突变：E55Q	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 NH3 AMMONIA × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；ammonium phosphate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.50 Å R-free 0.201
3MVF Crystal Structure of Nitrophorin 4 from Rhodnius prolixus Complexed with Nitrite at pH 7.4 提交 2010-05-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–205（184 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 NO2 NITRITE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；297 K；Ammonium phosphate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 1.40 Å R-free 0.187
3MVF Crystal Structure of Nitrophorin 4 from Rhodnius prolixus Complexed with Nitrite at pH 7.4 提交 2010-05-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 22–205（184 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 NO2 NITRITE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；297 K；Ammonium phosphate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 1.40 Å R-free 0.187
3TGA Crystal structure of L130R mutant of Nitrophorin 4 from Rhodnius prolixus at pH 7.4 提交 2011-08-17	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–205（184 aa）	突变：L130R	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；297 K；Ammonium phosphate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 1.30 Å R-free 0.172
3TGB Crystal structure of L130R mutant of Nitrophorin 4 from Rhodnius prolixus complexed with imidazole at pH 7.4 提交 2011-08-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–205（184 aa）	突变：L130R	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 IMD IMIDAZOLE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；297 K；Ammonium phosphate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 1.35 Å R-free 0.186
3TGC Crystal structure of L130R mutant of Nitrophorin 4 from Rhodnius prolixus complexed with nitrite at pH 7.4 提交 2011-08-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–205（184 aa）	突变：L130R	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 NO2 NITRITE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；297 K；Ammonium phosphate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 1.40 Å R-free 0.187
4GNW Crystal structure of nitrophorin 4 triple mutant complex with ammonia 提交 2012-08-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–205（184 aa）	突变：D30N, E32Q, D35N	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 NH3 AMMONIA × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.85 M ammonium phosphate, 100 mM Tris.HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.15 Å R-free 0.181
4GNW Crystal structure of nitrophorin 4 triple mutant complex with ammonia 提交 2012-08-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 22–205（184 aa）	突变：D30N, E32Q, D35N	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 NH3 AMMONIA × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.85 M ammonium phosphate, 100 mM Tris.HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.15 Å R-free 0.181
4GRJ Crystal structure of nitrophorin 4 triple mutant complex with NO 提交 2012-08-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–205（184 aa）	突变：D30N, E32Q, D35N	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 NO NITRIC OXIDE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.85 M ammonium phosphate, 100 mM Tris.HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.15 Å R-free 0.185
4GRJ Crystal structure of nitrophorin 4 triple mutant complex with NO 提交 2012-08-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 22–205（184 aa）	突变：D30N, E32Q, D35N	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 NO NITRIC OXIDE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.85 M ammonium phosphate, 100 mM Tris.HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.15 Å R-free 0.185
4HPA Crystal structure of Nitrophorin 4 from Rhodnius prolixus Complexed with sulfide ion at pH 7.4 提交 2012-10-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–205（184 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 H2S HYDROSULFURIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；277 K；3.2M AMMONIUM PHOSPHATE, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.50 Å R-free 0.181
4HPB Crystal structure of Nitrophorin 4 from Rhodnius prolixus Complexed with Beta-Mercaptoethanol at pH 7.4 提交 2012-10-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–205（184 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；277 K；3.2M AMMONIUM PHOSPHATE, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.179
4HPC Crystal structure of Nitrophorin 4 from Rhodnius prolixus Complexed with Cysteine at pH 7.4 提交 2012-10-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–205（184 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CYS CYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；277 K；3.2M AMMONIUM PHOSPHATE, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.40 Å R-free 0.169
4HPD Crystal structure of Nitrophorin 4 from Rhodnius prolixus Complexed with homocysteine at pH 7.4 提交 2012-10-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–205（184 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HCS 2-AMINO-4-MERCAPTO-BUTYRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；277 K；3.2M AMMONIUM PHOSPHATE, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.30 Å R-free 0.179
5HWZ Crystal structure of nitrophorin 4 D30N mutant with nitrite 提交 2016-01-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 22–205（184 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 NO2 NITRITE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；277 K；Potassium phosphate	分辨率 1.45 Å R-free 0.180

共 47 个其他 PDB 条目、50 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NP4_RHOPR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–184； UniProt 22–205

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1d3s
沉积日期 deposition_date	1999-09-30
结构标题 title	1.4 A crystal structure of nitrophorin 4 from Rhodnius prolixis at pH=5.6.
关键词 keywords	NITRIC OXIDE TRANSPORT, FERRIC HEME, ANTIHISTAMINE, VASODILATOR, LIPOCALIN, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.19 Å
零角强度 I(0) i0	8132610.00
分子量 molecular_weight	20882.0 kDa
排除体积 excluded_volume	26123 Å³
包络体积 envelope_volume	29354 Å³
水化壳体积 shell_volume	15769 Å³
包络直径 envelope_diameter	48.2 Å
壳层 Rg shell_rg	21.61 Å
包络 Rg envelope_rg	15.51 Å
形状 Rg shape_rg	15.14 Å
总 Rg total_rg	16.49 Å
总原子数 total_atoms	1471
残基数 n_residues	184
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	50.0 Å
Rg (实空间) rg_real	16.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.20 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.1330e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.7600e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.51 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	8133000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8975
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.013
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.458
角度范围 angular_range	— – 0.4800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3296000.0000
实空间数据点数 n_real_points	78
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.900; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.967; Smooth: 0.997

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NITROPHORIN 4
分子量 formula_weight	20292.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1712

ACTKNAIAQTGFNKDKYFNGDVWYVTDYLDLEPDDVPKRYCAALAAGTASGKLKEALYHYDPKTQDTFYDVSELQVESLGKYTANFKKVDKNGNVKVAVTAGNYYTFTVMYADDSSALIHTCLHKGNKDLGDLYAVLNRNKDAAAGDKVKSAVSAATLEFSKFISTKENNCAYDNDSLKSLLTK

来源 Source

来源生物 organism	Rhodnius prolixus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	13249
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	197

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1d3sa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamily	b.60.1 — Lipocalins
家族 Family family	b.60.1.1 — Retinol binding protein-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1d3sA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Calycin beta-barrel core domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	70.180 Å
晶胞边长 b length_b	42.520 Å
晶胞边长 c length_c	52.860 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.35 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.400 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2100
R_work r_work	0.2100
R_free r_free	0.2500

fit	/app/data/saxs_computation/d3/1d3s/1d3s.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d3/1d3s/1d3s.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d3/1d3s/1d3s.dat