SAXSdb — 1d3u

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TATA-BINDING PROTEIN

Pyrococcus woesei

UniProt P62001

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–181	片段：RESIDUES 1-180	DNA 24-MER: BRE+TATA-BOX × 1 DNA 23-MER: BRE+TATA-BOX × 1 TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIB × 1 （P61999）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；292 K；PEG 400, STRONTIUM CHLORIDE, SODIUM CITRATE, TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.40 Å R-free 0.245

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1D3U	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AIS TATA-BINDING PROTEIN/TRANSCRIPTION FACTOR (II)B/TATA-BOX COMPLEX FROM PYROCOCCUS WOESEI 提交 1997-04-24	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–181（181 aa）片段：RESIDUES 1 - 181	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；HANGING DROP METHOD 8% PEG 8000, 200 MM POTASSIUM PHOSPHATE PH 7.4., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.10 Å R-free 0.268
1PCZ STRUCTURE OF TATA-BINDING PROTEIN 提交 1996-10-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–191（191 aa）链 B 1–191（191 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；50% SATURATED AMMONIUM SULFATE, 0.1 M TRIS PH 7.5, 0.1 M KCL	分辨率 2.20 Å R-free 0.300

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TBP_PYRWO
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–181； UniProt 1–181

TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIB

Pyrococcus woesei

UniProt P61999

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 61–261	片段：C-TERMINAL CORE, RESIDUES 62-261	DNA 24-MER: BRE+TATA-BOX × 1 DNA 23-MER: BRE+TATA-BOX × 1 TATA-BINDING PROTEIN × 1 （P62001）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；292 K；PEG 400, STRONTIUM CHLORIDE, SODIUM CITRATE, TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.40 Å R-free 0.245

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1D3U	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AIS TATA-BINDING PROTEIN/TRANSCRIPTION FACTOR (II)B/TATA-BOX COMPLEX FROM PYROCOCCUS WOESEI 提交 1997-04-24	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 101–300（200 aa）片段：C TERMINAL DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；HANGING DROP METHOD 8% PEG 8000, 200 MM POTASSIUM PHOSPHATE PH 7.4., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.10 Å R-free 0.268

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TF2B_PYRWO
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–201； UniProt 61–261

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1d3u
沉积日期 deposition_date	1999-10-01
结构标题 title	TATA-BINDING PROTEIN/TRANSCRIPTION FACTOR (II)B/BRE+TATA-BOX COMPLEX FROM PYROCOCCUS WOESEI
关键词 keywords	PROTEIN-DNA COMPLEX, TRANSCRIPTION, HYPERTHERMOPHILE, GENE REGULATION-DNA COMPLEX; GENE REGULATION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.21 Å
零角强度 I(0) i0	68667200.00
分子量 molecular_weight	57261.0 kDa
排除体积 excluded_volume	68584 Å³
包络体积 envelope_volume	86344 Å³
水化壳体积 shell_volume	28722 Å³
包络直径 envelope_diameter	92.4 Å
壳层 Rg shell_rg	32.27 Å
包络 Rg envelope_rg	25.32 Å
形状 Rg shape_rg	25.19 Å
总 Rg total_rg	25.96 Å
总原子数 total_atoms	3967
残基数 n_residues	429
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	88.4 Å
Rg (实空间) rg_real	25.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.72 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.8670e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0540e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	68670000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8741
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.261
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.349
角度范围 angular_range	— – 0.3100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13680000.0000
实空间数据点数 n_real_points	63
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.790; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.997

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA 24-MER: BRE+TATA-BOX
分子量 formula_weight	7414.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	4147

AGAGTAAAGTTTAAATACTTATAT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA 23-MER: BRE+TATA-BOX
分子量 formula_weight	7003.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

TATAAGTATTTAAACTTTACTCT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	TATA-BINDING PROTEIN
分子量 formula_weight	20166.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MVDMSKVKLRIENIVASVDLFAQLDLEKVLDLCPNSKYNPEEFPGIICHLDDPKVALLIFSSGKLVVTGAKSVQDIERAVAKLAQKLKSIGVKFKRAPQIDVQNMVFSGDIGREFNLDVVALTLPNCEYEPEQFPGVIYRVKEPKSVILLFSSGKIVCSGAKSEADAWEAVRKLLRELDKY

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus woesei
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2262
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIB
分子量 formula_weight	22721.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MVSDAAERNLAFALSELDRITAQLKLPRHVEEEAARLYREAVRKGLIRGRSIESVMAACVYAACRLLKVPRTLDEIADIARVDKKEIGRSYRFIARNLNLTPKKLFVKPTDYVNKFADELGLSEKVRRRAIEILDEAYKRGLTSGKSPAGLVAAALYIASLLEGEKRTQREVAEVARVTEVTVRNRYKELVEKLKIKVPIA

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus woesei
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2262
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	180

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1d3ua1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.129 — TBP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.129.1 — TATA-box binding protein-like
家族 Family family	d.129.1.1 — TATA-box binding protein (TBP), C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1d3ua2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.129 — TBP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.129.1 — TATA-box binding protein-like
家族 Family family	d.129.1.1 — TATA-box binding protein (TBP), C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1d3ub1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.74 — Cyclin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.74.1 — Cyclin-like
家族 Family family	a.74.1.2 — Transcription factor IIB (TFIIB), core domain

结构域编号 domain_id	d1d3ub2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.74 — Cyclin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.74.1 — Cyclin-like
家族 Family family	a.74.1.2 — Transcription factor IIB (TFIIB), core domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1d3uA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TATA-Binding Protein

结构域编号 domain_id	1d3uA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TATA-Binding Protein

结构域编号 domain_id	1d3uB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclin-like

结构域编号 domain_id	1d3uB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclin-like

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8. 引用文献 (5)

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晶胞边长 a length_a	174.200 Å
晶胞边长 b length_b	174.200 Å
晶胞边长 c length_c	174.200 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	I 21 3
空间群编号 int_tables_number	199
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2120
R_work r_work	0.2060
R_free r_free	0.2450

fit	/app/data/saxs_computation/d3/1d3u/1d3u.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d3/1d3u/1d3u.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d3/1d3u/1d3u.dat

TATA-BINDING PROTEIN/TRANSCRIPTION FACTOR (II)B/BRE+TATA-BOX COMPLEX FROM PYROCOCCUS WOESEI

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TATA-BINDING PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (5)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)