1d4f

CRYSTAL STRUCTURE OF RECOMBINANT RAT-LIVER D244E MUTANT S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE HYDROLASE

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 112.5 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE HYDROLASE

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–431 链 B； UniProt 1–431 链 C； UniProt 1–431 链 D； UniProt 1–431	突变：D244E	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 ADN ADENOSINE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；295 K；22% PEG 4000, 50 mM Tris/HCl, 2% glycerol, 10% isopropanol, and 1 mM DTT. Protein concentration is 10 mg/mL., pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.80 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1D4F	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B3R RAT LIVER S-ADENOSYLHOMOCYSTEIN HYDROLASE 提交 1998-12-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–431（431 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN (1 - 181 & 352 - 402) 链 B 1–431（431 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN (1 - 181 & 352 - 402) 链 C 1–431（431 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN (1 - 181 & 352 - 402) 链 D 1–431（431 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN (1 - 181 & 352 - 402)	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.8；50 MM TRIS/HCL (PH 6.8), 6 MM MGCL2, 5% MPD, 15% PEG-6K	分辨率 2.80 Å R-free 0.269
1K0U Inhibition of S-adenosylhomocysteine Hydrolase by "acyclic sugar" Adenosine Analogue D-eritadenine 提交 2001-09-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–431（431 aa）链 B 1–431（431 aa）链 C 1–431（431 aa）链 D 1–431（431 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 DEA D-ERITADENINE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；295 K；PEG 4000, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.00 Å R-free 0.265
1K0U Inhibition of S-adenosylhomocysteine Hydrolase by "acyclic sugar" Adenosine Analogue D-eritadenine 提交 2001-09-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–431（431 aa）链 F 1–431（431 aa）链 G 1–431（431 aa）链 H 1–431（431 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 DEA D-ERITADENINE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；295 K；PEG 4000, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.00 Å R-free 0.265
1KY4 S-Adenosylhomocysteine hydrolase refined with noncrystallographic restraints 提交 2002-02-03	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–431（431 aa）链 B 1–431（431 aa）链 C 1–431（431 aa）链 D 1–431（431 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；297 K；PEG 6000, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K	分辨率 2.80 Å R-free 0.278
1KY5 D244E mutant S-Adenosylhomocysteine hydrolase refined with noncrystallographic restraints 提交 2002-02-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–431（431 aa）链 B 1–431（431 aa）链 C 1–431（431 aa）链 D 1–431（431 aa）	突变：D244E 突变：D244E 突变：D244E 突变：D244E	NAI 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 4 ADY 3'-OXO-ADENOSINE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；297 K；PEG 6000, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K	分辨率 2.80 Å R-free 0.293
1XWF K185N mutated S-adenosylhomocysteine hydrolase 提交 2004-11-01	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–431（431 aa）链 B 1–431（431 aa）链 C 1–431（431 aa）链 D 1–431（431 aa）	突变：K185N 突变：K185N 突变：K185N 突变：K185N	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 ADN ADENOSINE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；PEG4000, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.286
2H5L S-Adenosylhomocysteine hydrolase containing NAD and 3-deaza-D-eritadenine 提交 2006-05-26	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–431（431 aa）链 B 1–431（431 aa）链 C 1–431（431 aa）链 D 1–431（431 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 3DD (2R,3R)-4-(4-AMINO-1H-IMIDAZO[4,5-C]PYRIDIN-1-YL)-2,3-DIHYDROXYBUTANOIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；295 K；15% PGE-8000, 50 mM MES, 2% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K	分辨率 2.80 Å R-free 0.283
2H5L S-Adenosylhomocysteine hydrolase containing NAD and 3-deaza-D-eritadenine 提交 2006-05-26	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–431（431 aa）链 F 1–431（431 aa）链 G 1–431（431 aa）链 H 1–431（431 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 3DD (2R,3R)-4-(4-AMINO-1H-IMIDAZO[4,5-C]PYRIDIN-1-YL)-2,3-DIHYDROXYBUTANOIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；295 K；15% PGE-8000, 50 mM MES, 2% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K	分辨率 2.80 Å R-free 0.283

共 6 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SAHH_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–431； UniProt 1–431 作者链 B； PDB构建体 1–431； UniProt 1–431 作者链 C； PDB构建体 1–431； UniProt 1–431 作者链 D； PDB构建体 1–431； UniProt 1–431

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1d4f
沉积日期 deposition_date	2000-06-22
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF RECOMBINANT RAT-LIVER D244E MUTANT S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE HYDROLASE
关键词 keywords	S-adenosylhomocysteine hydrolase, AdoHcyase, AdoHcy, Mutagenesis, X-ray crystal structure, Enzyme structure, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.88 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.42 Å
零角强度 I(0) i0	565107000.00
分子量 molecular_weight	193090.0 kDa
排除体积 excluded_volume	241630 Å³
包络体积 envelope_volume	278640 Å³
水化壳体积 shell_volume	63729 Å³
包络直径 envelope_diameter	124.5 Å
壳层 Rg shell_rg	43.46 Å
包络 Rg envelope_rg	34.60 Å
形状 Rg shape_rg	34.46 Å
总 Rg total_rg	34.86 Å
总原子数 total_atoms	13532
残基数 n_residues	1720
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	112.5 Å
Rg (实空间) rg_real	34.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.67 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.6510e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.5980e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.82 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	565200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8867
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	45.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.198
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.385
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	375500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.862; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.953

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE HYDROLASE
分子量 formula_weight	47479.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.3.1.1
突变 mutation	D244E
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	14005

ADKLPYKVADIGLAAWGRKALDIAENEMPGLMRMREMYSASKPLKGARIAGCLHMTVETAVLIETLVALGAEVRWSSCNIFSTQDHAAAAIAKAGIPVFAWKGETDEEYLWCIEQTLHFKDGPLNMILDDGGDLTNLIHTKHPQLLSGIRGISEETTTGVHNLYKMMANGILKVPAINVNDSVTKSKFDNLYGCRESLIDGIKRATDVMIAGKVAVVAGYGDVGKGCAQALRGFGARVIITEIEPINALQAAMEGYEVTTMDEACKEGNIFVTTTGCVDIILGRHFEQMKDDAIVCNIGHFDVEIDVKWLNENAVEKVNIKPQVDRYLLKNGHRIILLAEGRLVNLGCAMGHPSFVMSNSFTNQVMAQIELWTHPDKYPVGVHFLPKKLDEAVAEAHLGKLNVKLTKLTEKQAQYLGMPINGPFKPDHYRY

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	663.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE
分子量 formula_weight	267.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	473

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1d4fa1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.4 — Formate/glycerate dehydrogenases, NAD-domain

结构域编号 domain_id	d1d4fa2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.12 — Formate/glycerate dehydrogenase catalytic domain-like
家族 Family family	c.23.12.3 — S-adenosylhomocystein hydrolase

结构域编号 domain_id	d1d4fb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.4 — Formate/glycerate dehydrogenases, NAD-domain

结构域编号 domain_id	d1d4fb2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.12 — Formate/glycerate dehydrogenase catalytic domain-like
家族 Family family	c.23.12.3 — S-adenosylhomocystein hydrolase

结构域编号 domain_id	d1d4fc1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.4 — Formate/glycerate dehydrogenases, NAD-domain

结构域编号 domain_id	d1d4fc2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.12 — Formate/glycerate dehydrogenase catalytic domain-like
家族 Family family	c.23.12.3 — S-adenosylhomocystein hydrolase

结构域编号 domain_id	d1d4fd1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.4 — Formate/glycerate dehydrogenases, NAD-domain

结构域编号 domain_id	d1d4fd2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.12 — Formate/glycerate dehydrogenase catalytic domain-like
家族 Family family	c.23.12.3 — S-adenosylhomocystein hydrolase

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1d4fA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1480 — Adenosylhomocysteinase-like

结构域编号 domain_id	1d4fA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	1d4fB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1480 — Adenosylhomocysteinase-like

结构域编号 domain_id	1d4fB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	1d4fC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1480 — Adenosylhomocysteinase-like

结构域编号 domain_id	1d4fC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	1d4fD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1480 — Adenosylhomocysteinase-like

结构域编号 domain_id	1d4fD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	91.000 Å
晶胞边长 b length_b	223.000 Å
晶胞边长 c length_c	91.230 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.1970
R_work r_work	0.1970
R_free r_free	0.2480

fit	/app/data/saxs_computation/d4/1d4f/1d4f.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d4/1d4f/1d4f.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d4/1d4f/1d4f.dat