SAXSdb — 1d4m

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (COXSACKIEVIRUS A9)

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 240 PDB 声明：240-MERIC（240）与蛋白拷贝数一致	链 1； UniProt 568–866 链 2； UniProt 69–329 链 3； UniProt 330–567 链 4； UniProt 1–68	片段：VP1 片段：VP2 片段：VP3 片段：VP4	W71 5-(7-(4-(4,5-DIHYDRO-2-OXAZOLYL)PHENOXY)HEPTYL)-3-METHYL ISOXAZOLE × 120 MYR MYRISTIC ACID × 60	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.90 Å
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 1； UniProt 568–866 链 2； UniProt 69–329 链 3； UniProt 330–567 链 4； UniProt 1–68	片段：VP1 片段：VP2 片段：VP3 片段：VP4	W71 5-(7-(4-(4,5-DIHYDRO-2-OXAZOLYL)PHENOXY)HEPTYL)-3-METHYL ISOXAZOLE × 2 MYR MYRISTIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.90 Å
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric（20）与蛋白拷贝数一致	链 1； UniProt 568–866 链 2； UniProt 69–329 链 3； UniProt 330–567 链 4； UniProt 1–68	片段：VP1 片段：VP2 片段：VP3 片段：VP4	W71 5-(7-(4-(4,5-DIHYDRO-2-OXAZOLYL)PHENOXY)HEPTYL)-3-METHYL ISOXAZOLE × 10 MYR MYRISTIC ACID × 5	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.90 Å
4	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24）与蛋白拷贝数一致	链 1； UniProt 568–866 链 2； UniProt 69–329 链 3； UniProt 330–567 链 4； UniProt 1–68	片段：VP1 片段：VP2 片段：VP3 片段：VP4	W71 5-(7-(4-(4,5-DIHYDRO-2-OXAZOLYL)PHENOXY)HEPTYL)-3-METHYL ISOXAZOLE × 12 MYR MYRISTIC ACID × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.90 Å
5	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 1； UniProt 568–866 链 2； UniProt 69–329 链 3； UniProt 330–567 链 4； UniProt 1–68	片段：VP1 片段：VP2 片段：VP3 片段：VP4	W71 5-(7-(4-(4,5-DIHYDRO-2-OXAZOLYL)PHENOXY)HEPTYL)-3-METHYL ISOXAZOLE × 2 MYR MYRISTIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.90 Å
6	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 120 PDB 声明：120-meric（120）与蛋白拷贝数一致	链 1； UniProt 568–866 链 2； UniProt 69–329 链 3； UniProt 330–567 链 4； UniProt 1–68	片段：VP1 片段：VP2 片段：VP3 片段：VP4	W71 5-(7-(4-(4,5-DIHYDRO-2-OXAZOLYL)PHENOXY)HEPTYL)-3-METHYL ISOXAZOLE × 60 MYR MYRISTIC ACID × 30	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1D4M	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3J2J Empty coxsackievirus A9 capsid 提交 2012-10-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 180 PDB 声明：180-meric	链 A 631–852（222 aa）片段：UNP residues 631-852 链 B 331–568（238 aa）片段：UNP residues 331-568 链 C 79–330（252 aa）片段：UNP residues 79-330	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件 manual plunging；冷冻剂 ETHANE；manual plunging into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3)	分辨率 9.54 Å
3J2J Empty coxsackievirus A9 capsid 提交 2012-10-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 631–852（222 aa）片段：UNP residues 631-852 链 B 331–568（238 aa）片段：UNP residues 331-568 链 C 79–330（252 aa）片段：UNP residues 79-330	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件 manual plunging；冷冻剂 ETHANE；manual plunging into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3)	分辨率 9.54 Å
3J2J Empty coxsackievirus A9 capsid 提交 2012-10-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 A 631–852（222 aa）片段：UNP residues 631-852 链 B 331–568（238 aa）片段：UNP residues 331-568 链 C 79–330（252 aa）片段：UNP residues 79-330	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件 manual plunging；冷冻剂 ETHANE；manual plunging into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3)	分辨率 9.54 Å
3J2J Empty coxsackievirus A9 capsid 提交 2012-10-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 631–852（222 aa）片段：UNP residues 631-852 链 B 331–568（238 aa）片段：UNP residues 331-568 链 C 79–330（252 aa）片段：UNP residues 79-330	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件 manual plunging；冷冻剂 ETHANE；manual plunging into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3)	分辨率 9.54 Å
3J2J Empty coxsackievirus A9 capsid 提交 2012-10-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 631–852（222 aa）片段：UNP residues 631-852 链 B 331–568（238 aa）片段：UNP residues 331-568 链 C 79–330（252 aa）片段：UNP residues 79-330	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件 manual plunging；冷冻剂 ETHANE；manual plunging into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3)	分辨率 9.54 Å
8AT5 native Coxsackievirus A9 提交 2022-08-22	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 240 PDB 声明：240-meric	链 A 569–867（299 aa）链 B 70–330（261 aa）链 C 331–568（238 aa）链 D 2–69（68 aa）	未记录	MYR MYRISTIC ACID × 60 PLM PALMITIC ACID × 60	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.25；PBS containing 2mM MgCl2, pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8AW6 Expanded Coxsackievirus A9 after 0.01% faf-BSA treatment 提交 2022-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 180 PDB 声明：180-meric	链 A 569–867（299 aa）链 B 70–330（261 aa）链 C 331–568（238 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.25；DPBS containing 0.01% faf-BSA, pH 7.25, incubated at 37 C for 1 h cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8AXX Expanded Coxsackievirus A9 after treatment with endosomal ionic buffer 提交 2022-09-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 180 PDB 声明：180-meric	链 A 569–867（299 aa）链 B 70–330（261 aa）链 C 331–568（238 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.25；endosomal ionic composition buffer, pH 7.25, incubated at 37 C for 3 h 20 mM NaCl, 6 mM KH2PO4, 12 mM K2HPO4, 0.5 mM MgCl2, 0.45 mM CaCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8S7J Coxsackievirus A9 bound with compound 20 (CL300) 提交 2024-03-01	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 240 PDB 声明：240-meric	链 A 569–867（299 aa）链 B 70–330（261 aa）链 C 331–568（238 aa）链 D 2–69（68 aa）	未记录	A1H9Q ~{N}-[(4-methoxyphenyl)methyl]-4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]aniline × 60 MYR MYRISTIC ACID × 60	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2；PBS containing 2 mM MgCl2 and 5% DMSO. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Sample was incubated for 15 s on the grid before blotted from the front for 1.5 s.	分辨率 2.26 Å
9EXI Coxsackievirus A9 bound with compound 14 (CL275) 提交 2024-04-08	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 240 PDB 声明：240-meric	链 A 569–851（283 aa）链 B 79–329（251 aa）链 C 331–568（238 aa）链 D 2–69（68 aa）	未记录	A1H8J 4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]-N-[[4-(trifluoromethyl)phenyl]methyl]aniline × 60 MYR MYRISTIC ACID × 60	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2；PBS containing 2 mM MgCl2 and 5% DMSO. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Sample was incubated for 15 s on the grid before blotted from the front for 1.5 s.	分辨率 2.31 Å
9FA9 Coxsackievirus A9 bound with compound 16 (CL298) 提交 2024-05-10	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 240 PDB 声明：240-meric	链 A 569–851（283 aa）链 B 70–330（261 aa）链 C 331–568（238 aa）链 D 2–69（68 aa）	未记录	A1IBS ~{N}-[(2-fluorophenyl)methyl]-4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]aniline × 60	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Sample was incubated for 15 s on the grid before blotted from the front for 1.5 s.	分辨率 2.75 Å
9FCZ Coxsackievirus A9 bound with compound 17 (CL301) 提交 2024-05-16	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 240 PDB 声明：240-meric	链 A 569–851（283 aa）链 B 79–329（251 aa）链 C 331–568（238 aa）链 D 2–69（68 aa）	未记录	A1IB2 ~{N}-[(3-fluorophenyl)methyl]-4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]aniline × 60 MYR MYRISTIC ACID × 60	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2；PBS containing 2 mM MgCl2 and 5% DMSO. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Sample was incubated for 15 s on the grid before blotted from the front for 1.5 s.	分辨率 2.53 Å
9FGN Coxsackievirus A9 bound with compound 18 (CL304) 提交 2024-05-24	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 240 PDB 声明：240-meric	链 A 569–850（282 aa）链 B 79–328（250 aa）链 C 332–567（236 aa）链 D 2–68（67 aa）	未记录	A1ICH ~{N}-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]aniline × 60	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2；PBS containing 2 mM MgCl2 and 5% DMSO. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Sample was incubated for 15 s on the grid before blotted from the front for 1.5 s.	分辨率 2.64 Å
9FO2 Coxsackievirus A9 bound with compound 15 (CL278) 提交 2024-06-11	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 240 PDB 声明：240-meric	链 A 569–867（299 aa）链 B 79–329（251 aa）链 C 331–568（238 aa）链 D 2–69（68 aa）	未记录	A1IEI ~{N}-[(4-fluorophenyl)methyl]-4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]aniline × 60 MYR MYRISTIC ACID × 60	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Sample was blotted from the front for 1.5 s.	分辨率 2.58 Å
9FO5 Coxsackievirus A9 bound with compound 19 (CL313) 提交 2024-06-11	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 240 PDB 声明：240-meric	链 A 569–867（299 aa）链 B 70–330（261 aa）链 C 331–568（238 aa）链 D 2–69（68 aa）	未记录	A1IEH ~{N}-[[3,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]aniline × 60	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Sample was incubated for 15 s on the grid before blotted from the front for 1.5 s.	分辨率 2.69 Å
9FP5 Coxsackievirus A9 bound with CL213. 提交 2024-06-13	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 240 PDB 声明：240-meric	链 A 569–867（299 aa）链 B 70–330（261 aa）链 C 331–568（238 aa）链 D 2–69（68 aa）	未记录	PLM PALMITIC ACID × 60 MYR MYRISTIC ACID × 60	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Sample was incubated for 15 s on the grid before blotted from the front for 1.5 s.	分辨率 2.50 Å

共 12 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLG_CXA9
Isoform	—
PDB实体	1, 2, 3, 4
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–299； UniProt 568–866 作者链 2； PDB构建体 1–261； UniProt 69–329 作者链 3； PDB构建体 1–238； UniProt 330–567 作者链 4； PDB构建体 1–68； UniProt 1–68

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1d4m
沉积日期 deposition_date	1999-10-04
结构标题 title	THE CRYSTAL STRUCTURE OF COXSACKIEVIRUS A9 TO 2.9 A RESOLUTION
关键词 keywords	PICORNAVIRUS STRUCTURE, RGD, UNCOATING, VIRUS-RECEPTOR INTERACTION, WIN COMPOUND, VIRUS/VIRAL PROTEIN, Icosahedral virus, Virus; VIRUS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.79 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.86 Å
零角强度 I(0) i0	143043000.00
分子量 molecular_weight	93946.0 kDa
排除体积 excluded_volume	117110 Å³
包络体积 envelope_volume	146160 Å³
水化壳体积 shell_volume	41014 Å³
包络直径 envelope_diameter	101.6 Å
壳层 Rg shell_rg	37.10 Å
包络 Rg envelope_rg	29.54 Å
形状 Rg shape_rg	28.85 Å
总 Rg total_rg	29.65 Å
总原子数 total_atoms	6603
残基数 n_residues	835
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	93.8 Å
Rg (实空间) rg_real	29.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4300e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1830e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.75 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	143000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8955
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.292
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.341
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	27760000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.917; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.890

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (COXSACKIEVIRUS A9)
分子量 formula_weight	33869.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1
原子数 atom_count	7051

GDVEEAIERAVVHVADTMRSGPSNSASVPALTAVETGHTSQVTPSDTMQTRHVKNYHSRSESTVENFLGRSACVYMEEYKTTDNDVNKKFVAWPINTKQMVQMRRKLEMFTYLRFDMEVTFVITSRQDPGTTLAQDMPVLTHQIMYVPPGGPIPAKVDDYAWQTSTNPSIFWTEGNAPARMSIPFISIGNAYSNFYDGWSNFDQRGSYGYNTLNNLGHIYVRHVSGSSPHPITSTIRVYFKPKHTRAWVPRPPRLCQYKKAFSVDFTPTPITDTRKDINTVTTVAQSRRRGDMSTLNTH

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PROTEIN (COXSACKIEVIRUS A9)
分子量 formula_weight	28885.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2

SPTVEECGYSDRVRSITLGNSTITTQECANVVVGYGRWPTYLRDDEATAEDQPTQPDVATCRFYTLDSIKWEKGSVGWWWKFPEALSDMGLFGQNMQYHYLGRAGYTIHVQCNASKFHQGCLLVVCVPEAEMGGAVVGQAFSATAMANGDKAYEFTSATQSDQTKVQTAIHNAGMGVGVGNLTIYPHQWINLRTNNSATIVMPYINSVPMDNMFRHYNFTLMVIPFVKLDYADTASTYVPITVTVAPMCAEYNGLRLAQAQ

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	PROTEIN (COXSACKIEVIRUS A9)
分子量 formula_weight	26335.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3

GLPTMNTPGSTQFLTSDDFQSPCALPQFDVTPSMNIPGEVKNLMEIAEVDSVVPVNNVQDTTDQMEMFRIPVTINAPLQQQVFGLRLQPGLDSVFKHTLLGEILNYYAHWSGSMKLTFVFCGSAMATGKFLIAYSPPGANPPKTRKDAMLGTHIIWDIGLQSSCVLCVPWISQTHYRLVQQDEYTSAGYVTCWYQTGMIVPPGTPNSSSIMCFASACNDFSVRMLRDTPFISQDNKLQ

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	PROTEIN (COXSACKIEVIRUS A9)
分子量 formula_weight	7352.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4

GAQVSTQKTGAHETSLSAAGNSIIHYTNINYYKDAASNSANRQDFTQDPSKFTEPVKDVMIKSLPALN

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	5-(7-(4-(4,5-DIHYDRO-2-OXAZOLYL)PHENOXY)HEPTYL)-3-METHYL ISOXAZOLE
分子量 formula_weight	342.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MYRISTIC ACID
分子量 formula_weight	228.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	448

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1d4m.1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)

结构域编号 domain_id	d1d4m1_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)

结构域编号 domain_id	d1d4m3_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1d4m100
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1d4m200
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1d4m300
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1d4m400
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	80 — Rhinovirus 14, subunit 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Picornavirus coat protein VP4

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	487.300 Å
晶胞边长 b length_b	358.100 Å
晶胞边长 c length_c	305.700 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	128.10 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	120

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1690
R_work r_work	0.1690
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/d4/1d4m/1d4m.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d4/1d4m/1d4m.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d4/1d4m/1d4m.dat

THE CRYSTAL STRUCTURE OF COXSACKIEVIRUS A9 TO 2.9 A RESOLUTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (COXSACKIEVIRUS A9)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)