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1d5w

PHOSPHORYLATED FIXJ RECEIVER DOMAIN

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 92.8 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN FIXJ

Sinorhizobium meliloti

UniProt P10958

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–126 片段：FIXJ RECEIVER DOMAIN (RESIDUES 1-126) 突变：T2Q, A125L 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；AMMONIUM SULFATE, 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL, HEPES, TRITON X-100, EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 2.30 Å R-free 0.244
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–126 链 C； UniProt 1–126 片段：FIXJ RECEIVER DOMAIN (RESIDUES 1-126) 突变：T2Q, A125L 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；AMMONIUM SULFATE, 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL, HEPES, TRITON X-100, EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 2.30 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1D5W Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1DBW CRYSTAL STRUCTURE OF FIXJ-N 提交 1999-11-03 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–126（126 aa） 片段：FIXJ RECEIVER DOMAIN (RESIDUES 1-126)
突变：T2Q, A125L 15P POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 1500, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K
分辨率 1.60 Å R-free 0.224
1DBW CRYSTAL STRUCTURE OF FIXJ-N 提交 1999-11-03 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–126（126 aa） 片段：FIXJ RECEIVER DOMAIN (RESIDUES 1-126)
突变：T2Q, A125L 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 1500, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K
分辨率 1.60 Å R-free 0.224
1DCK STRUCTURE OF UNPHOSPHORYLATED FIXJ-N COMPLEXED WITH MN2+ 提交 1999-11-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–126（126 aa） 片段：N-TERMINAL DOMAIN (RESIDUES 1-126)
突变：T2Q, A125L MN MANGANESE (II) ION × 1 15P POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG1500, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K
分辨率 2.00 Å R-free 0.253
1DCK STRUCTURE OF UNPHOSPHORYLATED FIXJ-N COMPLEXED WITH MN2+ 提交 1999-11-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–126（126 aa） 片段：N-TERMINAL DOMAIN (RESIDUES 1-126)
突变：T2Q, A125L MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG1500, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K
分辨率 2.00 Å R-free 0.253
1DCM STRUCTURE OF UNPHOSPHORYLATED FIXJ-N WITH AN ATYPICAL CONFORMER (MONOMER A) 提交 1999-11-05 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–126（126 aa） 片段：FIXJ RECEIVER DOMAIN (RESIDUES 1-126)
突变：T2Q, A125L 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；277 K；PEG1500, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K
分辨率 3.00 Å R-free 0.335
1DCM STRUCTURE OF UNPHOSPHORYLATED FIXJ-N WITH AN ATYPICAL CONFORMER (MONOMER A) 提交 1999-11-05 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–126（126 aa） 片段：FIXJ RECEIVER DOMAIN (RESIDUES 1-126)
突变：T2Q, A125L MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；277 K；PEG1500, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K
分辨率 3.00 Å R-free 0.335
1X3U Solution structure of the C-terminal transcriptional activator domain of FixJ from Sinorhizobium melilot 提交 2005-05-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 130–204（75 aa） 片段：C-TERMINAL DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.5；298 K；压力 1
NMR样品组成 1mM FixJC U-15N,13C; 20mM NaHPO4-NaH2PO4 (pH 5.5), 100mM NaCl, 50mM Na2SO4; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供

共 4 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FIXJ_RHIME
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–126； UniProt 1–126 作者链 B； PDB构建体 1–126； UniProt 1–126 作者链 C； PDB构建体 1–126； UniProt 1–126

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1d5w

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1d5w
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1d5w
沉积日期 deposition_date1999-10-12
结构标题 titlePHOSPHORYLATED FIXJ RECEIVER DOMAIN
关键词 keywordsDOUBLY WOUND FIVE-STRANDED BETA/ALPHA FOLD, PHOSPHORYLATED PROTEIN, NITROGEN FIXATION REGULATION, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.16 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.93 Å
零角强度 I(0) i028573200.00
分子量 molecular_weight40609.0 kDa
排除体积 excluded_volume50604 ų
包络体积 envelope_volume63068 ų
水化壳体积 shell_volume21766 ų
包络直径 envelope_diameter97.5 Å
壳层 Rg shell_rg31.32 Å
包络 Rg envelope_rg26.94 Å
形状 Rg shape_rg26.90 Å
总 Rg total_rg27.53 Å
总原子数 total_atoms2834
残基数 n_residues364
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax92.8 Å
Rg (实空间) rg_real27.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.72 Å
I(0) (实空间) i0_real2.8570e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.2230e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal28570000.0000
解质量估计 total_estimate0.5802
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary22.4 Å
偏度 Skewness skewness0.576
峰度 Kurtosis kurtosis-0.385
角度范围 angular_range— – 0.2900 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha17840000.0000
实空间数据点数 n_real_points59
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.620; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.051; Positv: 1.000; Valcen: 0.625; Smooth: 0.900
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1d5wa_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.1 — CheY-like
家族 Family familyc.23.1.1 — CheY-related
结构域编号 domain_idd1d5wb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.1 — CheY-like
家族 Family familyc.23.1.1 — CheY-related
结构域编号 domain_idd1d5wc_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.1 — CheY-like
家族 Family familyc.23.1.1 — CheY-related

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id1d5wA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2300 — Response regulator
结构域编号 domain_id1d5wB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2300 — Response regulator
结构域编号 domain_id1d5wC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2300 — Response regulator
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)