SAXSdb — 1d6p

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LYSOZYME

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合单体蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 19–148	突变：Y63L	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；298 K；5M NH4NO3 IN 10 MM NAOAC(PH 4.5), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.23 Å R-free 0.216

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1D6P	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1D6Q HUMAN LYSOZYME E102 MUTANT LABELLED WITH 2',3'-EPOXYPROPYL GLYCOSIDE OF N-ACETYLLACTOSAMINE 提交 1999-10-15	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–148（130 aa）	突变：D102E	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；298 K；5M NH4NO3 IN 10 MM NAOAC (PH4.5), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.96 Å R-free 0.248
1LMT STRUCTURE OF A CONFORMATIONALLY CONSTRAINED ARG-GLY-ASP SEQUENCE INSERTED INTO HUMAN LYSOZYME 提交 1995-01-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–142（124 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.60 Å
1LZR STRUCTURAL CHANGES OF THE ACTIVE SITE CLEFT AND DIFFERENT SACCHARIDE BINDING MODES IN HUMAN LYSOZYME CO-CRYSTALLIZED WITH HEXA-N-ACETYL-CHITOHEXAOSE AT PH 4.0 提交 1994-09-14	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–148（130 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.50 Å
1LZS STRUCTURAL CHANGES OF THE ACTIVE SITE CLEFT AND DIFFERENT SACCHARIDE BINDING MODES IN HUMAN LYSOZYME CO-CRYSTALLIZED WITH HEXA-N-ACETYL-CHITOHEXAOSE AT PH 4.0 提交 1994-09-14	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–148（130 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.60 Å
1LZS STRUCTURAL CHANGES OF THE ACTIVE SITE CLEFT AND DIFFERENT SACCHARIDE BINDING MODES IN HUMAN LYSOZYME CO-CRYSTALLIZED WITH HEXA-N-ACETYL-CHITOHEXAOSE AT PH 4.0 提交 1994-09-14	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 19–148（130 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.60 Å
1RE2 HUMAN LYSOZYME LABELLED WITH TWO 2',3'-EPOXYPROPYL BETA-GLYCOSIDE OF N-ACETYLLACTOSAMINE 提交 1998-11-05	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–148（130 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.247
1REM HUMAN LYSOZYME WITH MAN-B1,4-GLCNAC COVALENTLY ATTACHED TO ASP53 提交 1998-01-14	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–148（130 aa）	未记录	NO3 NITRATE ION × 1 PGR R-1,2-PROPANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；5M AMMONIUM NITRATE IN 20MM SODIUM ACETATE (PH 4.5)	分辨率 2.10 Å R-free 0.248
1REY HUMAN LYSOZYME-N,N'-DIACETYLCHITOBIOSE COMPLEX 提交 1996-08-21	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–148（130 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.224
1REZ HUMAN LYSOZYME-N-ACETYLLACTOSAMINE COMPLEX 提交 1996-08-21	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–148（130 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.215
1UBZ Crystal structure of Glu102-mutant human lysozyme doubly labeled with 2',3'-epoxypropyl beta-glycoside of N-acetyllactosamine 提交 2003-04-07	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–148（130 aa）	突变：D102E	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；298 K；sodium acetate, sodium nitrate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.266
1W08 STRUCTURE OF T70N HUMAN LYSOZYME 提交 2004-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–148（130 aa）片段：RESIDUES 19-148	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；HANGING DROP METHOD AT 293K. DROPLET RESERVOIR SOLUTION MIXED 1:1 WITH 10 MG/ML PROTEIN, 10 MM HEPES BUFFER PH 7.5, 0.4 M LICL. RESERVOIR 2.5 M NACL, 20 MM NAOAC PH 4.5.	分辨率 2.50 Å R-free 0.268
207L MUTANT HUMAN LYSOZYME C77A 提交 1996-03-26	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–148（130 aa）	突变：C77A	SC2 N-ACETYL-L-CYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0	分辨率 1.80 Å
208L MUTANT HUMAN LYSOZYME C77A 提交 1996-03-26	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–148（130 aa）	突变：C77A	CYS CYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0	分辨率 2.20 Å

共 12 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LYSC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–130； UniProt 19–148

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1d6p
沉积日期 deposition_date	1999-10-15
结构标题 title	HUMAN LYSOZYME L63 MUTANT LABELLED WITH 2',3'-EPOXYPROPYL N,N'-DIACETYLCHITOBIOSE
关键词 keywords	;LYSOZYME, MURAMIDASE, HYDROLASE (O-GLYCOSYL), SITE-DIRECTED MUTAGENESIS, N, N'-DIACETYLCHITOBIOSE, AFFINITY LABELING, HYDROLASE ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.40 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.06 Å
零角强度 I(0) i0	5051270.00
分子量 molecular_weight	15142.0 kDa
排除体积 excluded_volume	18522 Å³
包络体积 envelope_volume	20270 Å³
水化壳体积 shell_volume	12325 Å³
包络直径 envelope_diameter	49.8 Å
壳层 Rg shell_rg	19.79 Å
包络 Rg envelope_rg	14.34 Å
形状 Rg shape_rg	14.04 Å
总 Rg total_rg	15.15 Å
总原子数 total_atoms	1058
残基数 n_residues	130
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	50.4 Å
Rg (实空间) rg_real	15.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.22 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.0510e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.5980e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5051000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8810
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	49.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.201
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.288
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	881200.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.833; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.950

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	LYSOZYME
分子量 formula_weight	14670.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.17
突变 mutation	Y63L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1101

KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRLWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	43

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1d6pa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamily	d.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family family	d.2.1.2 — C-type lysozyme

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1d6pA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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8. 引用文献 (5)

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晶胞边长 a length_a	58.200 Å
晶胞边长 b length_b	60.780 Å
晶胞边长 c length_c	32.730 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.230 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.1810
R_work r_work	0.1810
R_free r_free	0.2160

fit	/app/data/saxs_computation/d6/1d6p/1d6p.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d6/1d6p/1d6p.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d6/1d6p/1d6p.dat

HUMAN LYSOZYME L63 MUTANT LABELLED WITH 2',3'-EPOXYPROPYL N,N'-DIACETYLCHITOBIOSE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LYSOZYME

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction