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1d8c

MALATE SYNTHASE G COMPLEXED WITH MAGNESIUM AND GLYOXYLATE

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 82.9 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MALATE SYNTHASE G

Escherichia coli

UniProt P37330

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–722 突变：S2A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SOR sorbitol × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 5 GLV GLYOXYLIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；ammonium sulfate, sorbitol, imidazole, magnesium, DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1D8C Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1P7T Structure of Escherichia coli malate synthase G:pyruvate:acetyl-Coenzyme A abortive ternary complex at 1.95 angstrom resolution 提交 2003-05-05 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–722（722 aa）
突变：S2A, C-terminal LEHHHHHH tag 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 1 ACO ACETYL COENZYME *A × 1 PYR PYRUVIC ACID × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.9；298 K；MgCl2, Tris, DTT, pyruvate, acetyl-Coenzyme A, HEPES, PEG-8000, sodium acetate, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.95 Å R-free 0.294
1P7T Structure of Escherichia coli malate synthase G:pyruvate:acetyl-Coenzyme A abortive ternary complex at 1.95 angstrom resolution 提交 2003-05-05 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–722（722 aa）
突变：S2A, C-terminal LEHHHHHH tag 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 1 ACO ACETYL COENZYME *A × 1 PYR PYRUVIC ACID × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.9；298 K；MgCl2, Tris, DTT, pyruvate, acetyl-Coenzyme A, HEPES, PEG-8000, sodium acetate, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 1.95 Å R-free 0.294
1Y8B Solution NMR-Derived Global Fold of Malate Synthase G from E.coli 提交 2004-12-10 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–722（722 aa）
突变：S2A 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.1；310 K；离子强度（mmCIF原始值）25 mM sodium phosphate; 20 mM Magnesium Chloride；压力 ambient
分辨率未提供
2JQX Solution structure of Malate Synthase G from joint refinement against NMR and SAXS data 提交 2007-06-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–723（723 aa）
突变：S2A 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.1；293 K；离子强度（mmCIF原始值）170；压力 ambient
NMR样品组成 0.17 mM [U-100% 15N], Ile CD1-[13CH3] MALATE SYNTHASE G, 20 mM sodium phosphate, 5 mM DTT, 150 mM sodium chloride, 100% H2O | 100% H2O
分辨率未提供
7YQM 2.9-angstrom cryo-EM structure of Ecoli malate synthase G 提交 2022-08-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–723（723 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.89 Å
7YQN Crystal structure of Ecoli malate synthase G 提交 2022-08-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–723（723 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 1 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；19-22% PEG4000, 0.2M NaCl, 0.1M Tris pH 7.6-8.5
分辨率 1.60 Å R-free 0.172
7YQN Crystal structure of Ecoli malate synthase G 提交 2022-08-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–723（723 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；19-22% PEG4000, 0.2M NaCl, 0.1M Tris pH 7.6-8.5
分辨率 1.60 Å R-free 0.172

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MASZ_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–723； UniProt 1–722

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1d8c

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1d8c
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1d8c
沉积日期 deposition_date1999-10-22
结构标题 titleMALATE SYNTHASE G COMPLEXED WITH MAGNESIUM AND GLYOXYLATE
关键词 keywordsALPHA-BETA BARREL, TIM BARREL, GLYOXYLATE CYCLE, ENOLIZATION, CONDENSATION, CONCERTED ACID-BASE CATALYSIS, LYASE; LYASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.00 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.08 Å
零角强度 I(0) i0104929000.00
分子量 molecular_weight77468.0 kDa
排除体积 excluded_volume95188 ų
包络体积 envelope_volume111640 ų
水化壳体积 shell_volume34996 ų
包络直径 envelope_diameter88.2 Å
壳层 Rg shell_rg34.11 Å
包络 Rg envelope_rg26.33 Å
形状 Rg shape_rg26.16 Å
总 Rg total_rg26.59 Å
总原子数 total_atoms5374
残基数 n_residues688
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax82.9 Å
Rg (实空间) rg_real26.90 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.44 Å
I(0) (实空间) i0_real1.0490e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5360e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.93 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal104900000.0000
解质量估计 total_estimate0.9056
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary32.3 Å
偏度 Skewness skewness0.251
峰度 Kurtosis kurtosis-0.425
角度范围 angular_range— – 0.2950 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha26300000.0000
实空间数据点数 n_real_points60
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.943; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.940
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1d8ca_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.13 — Malate synthase G
家族 Family familyc.1.13.1 — Malate synthase G

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id1d8cA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily360 — Malate synthase, domain 3
结构域编号 domain_id1d8cA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology170 — Malate synthase G - maily-beta sub-domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily11 — Malate synthase G - maily-beta sub-domain
结构域编号 domain_id1d8cA03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1220 — Malate Synthase G; Chain: A; Domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily12 — Malate synthase, domain III
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)