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1d9a

SOLUTION STRUCTURE OF THE SECOND RNA-BINDING DOMAIN (RBD2) OF HU ANTIGEN C (HUC)

Method: SOLUTION NMR Dmax: 45.7 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HU ANTIGEN C

Mus musculus

UniProt Q60900

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 124–208 片段：SECOND RNA-BINDING DOMAIN (RBD2) 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 3.6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM；压力 AMBIENT NMR样品组成：2MM PROTEIN; 20 MM POTASSIUM OXALATE BUFFER; 90% H2O; 10% D2O NMR样品组成：2MM PROTEIN U-15N; 20 MM POTASSIUM OXALATE BUFFER; 90% H2O; 10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1D9A Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1D8Z SOLUTION STRUCTURE OF THE FIRST RNA-BINDING DOMAIN (RBD1) OF HU ANTIGEN C (HUC) 提交 1999-10-26 构建体不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 36–123（88 aa） 片段：FIRST RNA-BINDING DOMAIN (RBD1)
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 3.6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM；压力 AMBIENT
NMR样品组成 2MM PROTEIN; 20 MM POTASSIUM OXALATE BUFFER; 90% H2O; 10% D2O
NMR样品组成 2MM PROTEIN U-15N; 20 MM POTASSIUM OXALATE BUFFER; 90% H2O; 10% D2O
分辨率未提供
1FNX SOLUTION STRUCTURE OF THE HUC RBD1-RBD2 COMPLEXED WITH THE AU-RICH ELEMENT 提交 2000-08-24 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 H 35–208（174 aa） 片段：THE FIRST AND THE SECOND RNA-BINDING DOMAINS
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM；压力 ambient
NMR样品组成 20mM phosphate K buffer; 0.8mM RBD1-RBD2 U-15N,13C; 0.8mM ARE; 1mM DTT; 100 units/ml ribonuclease inhibitor | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 20mM phosphate K buffer; 0.8mM RBD1-RBD2; 0.8mM ARE U-15N,13C; 1mM DTT; 100 units/ml ribonuclease inhibitor | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 20mM phosphate K buffer; 0.8mM RBD1-RBD2; 0.8mM ARE U-15N,13C; 1mM DTT; 100 units/ml ribonuclease inhibitor | 100% D2O
NMR样品组成 20mM phosphate K buffer; 0.8mM RBD1-RBD2; 0.8mM ARE U-15N,13C-Adenosine; 1mM DTT; 100 units/ml ribonuclease inhibitor | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 20mM phosphate K buffer; 0.8mM RBD1-RBD2; 0.8mM ARE U-15N,13C-Adenosine; 1mM DTT; 100 units/ml ribonuclease inhibitor | 100% D2O
分辨率未提供

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ELAV3_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–85； UniProt 124–208

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1d9a

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1d9a
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1d9a
沉积日期 deposition_date1999-10-26
结构标题 titleSOLUTION STRUCTURE OF THE SECOND RNA-BINDING DOMAIN (RBD2) OF HU ANTIGEN C (HUC)
关键词 keywordsRNA-BINDING DOMAIN, RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative, RSGI, Structural Genomics, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier14.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron12.57 Å
零角强度 I(0) i01951400.00
分子量 molecular_weight9343.0 kDa
排除体积 excluded_volume11734 ų
包络体积 envelope_volume13762 ų
水化壳体积 shell_volume9518 ų
包络直径 envelope_diameter44.6 Å
壳层 Rg shell_rg17.99 Å
包络 Rg envelope_rg13.18 Å
形状 Rg shape_rg12.53 Å
总 Rg total_rg14.07 Å
总原子数 total_atoms1329
残基数 n_residues85
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax45.7 Å
Rg (实空间) rg_real13.98 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.23 Å
I(0) (实空间) i0_real1.9510e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9390e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal13.99 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1951000.0000
解质量估计 total_estimate0.6698
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary17.4 Å
偏度 Skewness skewness0.164
峰度 Kurtosis kurtosis-0.351
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha335700.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.866; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.368; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1d9aa_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family familyd.58.7.1 — Canonical RBD

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1d9aA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily330 — RRM (RNA recognition motif) domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)