SAXSdb — 1d9y

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (PERIPLASMIC IRON-BINDING PROTEIN)

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 23–331	未记录	FE FE (III) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10；290 K；PEG 4K CAPS NASCN, pH 10, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.20 Å R-free 0.377

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1D9Y	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1O7T Metal nanoclusters bound to the Ferric Binding Protein from Neisseria gonorrhoeae. 提交 2002-11-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–331（309 aa）	未记录	HF5 HF OXO CLUSTER HF5 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；290 K；4MG/ML PROTEIN IN 4MM PHOSPHATE, 25MM NAHCO3 PLUS 20% PEG 4000, 0.2M KCL, 0.4M IMIDAZOLE/MALATE BUFFER PH7.7, pH 7.40	分辨率 1.65 Å R-free 0.262
1O7T Metal nanoclusters bound to the Ferric Binding Protein from Neisseria gonorrhoeae. 提交 2002-11-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 23–331（309 aa）	未记录	HF5 HF OXO CLUSTER HF5 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；290 K；4MG/ML PROTEIN IN 4MM PHOSPHATE, 25MM NAHCO3 PLUS 20% PEG 4000, 0.2M KCL, 0.4M IMIDAZOLE/MALATE BUFFER PH7.7, pH 7.40	分辨率 1.65 Å R-free 0.262
1O7T Metal nanoclusters bound to the Ferric Binding Protein from Neisseria gonorrhoeae. 提交 2002-11-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 23–331（309 aa）	未记录	HF5 HF OXO CLUSTER HF5 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；290 K；4MG/ML PROTEIN IN 4MM PHOSPHATE, 25MM NAHCO3 PLUS 20% PEG 4000, 0.2M KCL, 0.4M IMIDAZOLE/MALATE BUFFER PH7.7, pH 7.40	分辨率 1.65 Å R-free 0.262
1O7T Metal nanoclusters bound to the Ferric Binding Protein from Neisseria gonorrhoeae. 提交 2002-11-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 23–331（309 aa）	未记录	HF3 SMALLEST HF-OXO-PHOSPHATE CLUSTER HF3 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；290 K；4MG/ML PROTEIN IN 4MM PHOSPHATE, 25MM NAHCO3 PLUS 20% PEG 4000, 0.2M KCL, 0.4M IMIDAZOLE/MALATE BUFFER PH7.7, pH 7.40	分辨率 1.65 Å R-free 0.262
1O7T Metal nanoclusters bound to the Ferric Binding Protein from Neisseria gonorrhoeae. 提交 2002-11-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 23–331（309 aa）	未记录	HF5 HF OXO CLUSTER HF5 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；290 K；4MG/ML PROTEIN IN 4MM PHOSPHATE, 25MM NAHCO3 PLUS 20% PEG 4000, 0.2M KCL, 0.4M IMIDAZOLE/MALATE BUFFER PH7.7, pH 7.40	分辨率 1.65 Å R-free 0.262
1O7T Metal nanoclusters bound to the Ferric Binding Protein from Neisseria gonorrhoeae. 提交 2002-11-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 23–331（309 aa）	未记录	HF5 HF OXO CLUSTER HF5 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；290 K；4MG/ML PROTEIN IN 4MM PHOSPHATE, 25MM NAHCO3 PLUS 20% PEG 4000, 0.2M KCL, 0.4M IMIDAZOLE/MALATE BUFFER PH7.7, pH 7.40	分辨率 1.65 Å R-free 0.262
1O7T Metal nanoclusters bound to the Ferric Binding Protein from Neisseria gonorrhoeae. 提交 2002-11-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 23–331（309 aa）	未记录	PHF HF-OXO-PHOSPHATE CLUSTER PHF × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；290 K；4MG/ML PROTEIN IN 4MM PHOSPHATE, 25MM NAHCO3 PLUS 20% PEG 4000, 0.2M KCL, 0.4M IMIDAZOLE/MALATE BUFFER PH7.7, pH 7.40	分辨率 1.65 Å R-free 0.262
1O7T Metal nanoclusters bound to the Ferric Binding Protein from Neisseria gonorrhoeae. 提交 2002-11-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 H 23–331（309 aa）	未记录	PHF HF-OXO-PHOSPHATE CLUSTER PHF × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；290 K；4MG/ML PROTEIN IN 4MM PHOSPHATE, 25MM NAHCO3 PLUS 20% PEG 4000, 0.2M KCL, 0.4M IMIDAZOLE/MALATE BUFFER PH7.7, pH 7.40	分辨率 1.65 Å R-free 0.262
1O7T Metal nanoclusters bound to the Ferric Binding Protein from Neisseria gonorrhoeae. 提交 2002-11-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 I 23–331（309 aa）	未记录	PHF HF-OXO-PHOSPHATE CLUSTER PHF × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；290 K；4MG/ML PROTEIN IN 4MM PHOSPHATE, 25MM NAHCO3 PLUS 20% PEG 4000, 0.2M KCL, 0.4M IMIDAZOLE/MALATE BUFFER PH7.7, pH 7.40	分辨率 1.65 Å R-free 0.262
3TYH Crystal structure of oxo-cupper clusters binding to ferric binding protein from Neisseria gonorrhoeae 提交 2011-09-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–331（309 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.8；290 K；0.2M Sodium chloride, 20% PEG 4000, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 290K	分辨率 2.10 Å R-free 0.169
3TYH Crystal structure of oxo-cupper clusters binding to ferric binding protein from Neisseria gonorrhoeae 提交 2011-09-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 23–331（309 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.8；290 K；0.2M Sodium chloride, 20% PEG 4000, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 290K	分辨率 2.10 Å R-free 0.169
3TYH Crystal structure of oxo-cupper clusters binding to ferric binding protein from Neisseria gonorrhoeae 提交 2011-09-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 23–331（309 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.8；290 K；0.2M Sodium chloride, 20% PEG 4000, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 290K	分辨率 2.10 Å R-free 0.169
3TYH Crystal structure of oxo-cupper clusters binding to ferric binding protein from Neisseria gonorrhoeae 提交 2011-09-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 23–331（309 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.8；290 K；0.2M Sodium chloride, 20% PEG 4000, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 290K	分辨率 2.10 Å R-free 0.169
3TYH Crystal structure of oxo-cupper clusters binding to ferric binding protein from Neisseria gonorrhoeae 提交 2011-09-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 23–331（309 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.8；290 K；0.2M Sodium chloride, 20% PEG 4000, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 290K	分辨率 2.10 Å R-free 0.169
3TYH Crystal structure of oxo-cupper clusters binding to ferric binding protein from Neisseria gonorrhoeae 提交 2011-09-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 23–331（309 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.8；290 K；0.2M Sodium chloride, 20% PEG 4000, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 290K	分辨率 2.10 Å R-free 0.169
3TYH Crystal structure of oxo-cupper clusters binding to ferric binding protein from Neisseria gonorrhoeae 提交 2011-09-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 23–331（309 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.8；290 K；0.2M Sodium chloride, 20% PEG 4000, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 290K	分辨率 2.10 Å R-free 0.169
3TYH Crystal structure of oxo-cupper clusters binding to ferric binding protein from Neisseria gonorrhoeae 提交 2011-09-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 H 23–331（309 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.8；290 K；0.2M Sodium chloride, 20% PEG 4000, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 290K	分辨率 2.10 Å R-free 0.169
3TYH Crystal structure of oxo-cupper clusters binding to ferric binding protein from Neisseria gonorrhoeae 提交 2011-09-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 I 23–331（309 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.8；290 K；0.2M Sodium chloride, 20% PEG 4000, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 290K	分辨率 2.10 Å R-free 0.169

共 2 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q50964_NEIGO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–309； UniProt 23–331

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1d9y
沉积日期 deposition_date	1999-10-30
结构标题 title	NEISSERIA GONORRHOEAE FERRIC BINDING PROTEIN
关键词 keywords	FERRIC BINDING PROTEIN, PERIPLASMIC BINDING PROTEIN, FBPA, GHONNORHEA, NEISSERIA, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.20 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.18 Å
零角强度 I(0) i0	19427400.00
分子量 molecular_weight	33817.0 kDa
排除体积 excluded_volume	42548 Å³
包络体积 envelope_volume	48288 Å³
水化壳体积 shell_volume	20865 Å³
包络直径 envelope_diameter	63.4 Å
壳层 Rg shell_rg	25.68 Å
包络 Rg envelope_rg	19.34 Å
形状 Rg shape_rg	19.17 Å
总 Rg total_rg	20.11 Å
总原子数 total_atoms	2384
残基数 n_residues	309
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	63.6 Å
Rg (实空间) rg_real	20.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.32 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9430e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2160e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.13 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	19430000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7542
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.237
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.429
角度范围 angular_range	— – 0.3950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5623000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.897; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.406; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.897

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (PERIPLASMIC IRON-BINDING PROTEIN)
分子量 formula_weight	33704.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2756

DITVYNGQHKEAAQAVADAFTRATGIKVKLNCAKGDQLAGQIKEEGSRSPADVFYSEQIPALATLSAANLLEPLPASTINETRGKGVPVAAKKDWVALSGRSRVVVYDTRKLSEKDLEKSVLNYATPKWKNRIGYVPTSGAFLEQIVAIVKLKGEAAALKWLKGLKEYGKPYAKNSVALQAVENGEIDAALINNYYWHAFAREKGVQNVHTRLNFVRHRDPGALVTYSGAAVLKSSQNKDEAKKFVAFLAGKEGQRALTAVRAEYPLNPHVVSTFNLEPIAKLEAPQVSATTVSEKEHATRLLEQAGMK

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	335

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1d9ya_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamily	c.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family family	c.94.1.1 — Phosphate binding protein-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1d9yA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

结构域编号 domain_id	1d9yA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	40.583 Å
晶胞边长 b length_b	111.009 Å
晶胞边长 c length_c	140.423 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.1850
R_work r_work	0.2310
R_free r_free	0.3770

fit	/app/data/saxs_computation/d9/1d9y/1d9y.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d9/1d9y/1d9y.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d9/1d9y/1d9y.dat

NEISSERIA GONORRHOEAE FERRIC BINDING PROTEIN

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (PERIPLASMIC IRON-BINDING PROTEIN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction