SAXSdb — 1dar

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ELONGATION FACTOR G

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–691	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 3；pH 3.	分辨率 2.40 Å R-free 0.290

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1DAR	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1ELO ELONGATION FACTOR G WITHOUT NUCLEOTIDE 提交 1996-03-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–691（691 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å R-free 0.320
4V5F The structure of the ribosome with elongation factor G trapped in the post-translocational state 提交 2009-09-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：62-meric	链 AY 1–691（691 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 FUA FUSIDIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；100 MM MES PH 6.5, 12%PEG 20K, 50 MM KCL, 10 MM NH4CL, 3UM DEOXY-BIG-CHAP	分辨率 3.60 Å R-free 0.260
4V5F The structure of the ribosome with elongation factor G trapped in the post-translocational state 提交 2009-09-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：62-meric	链 CY 1–691（691 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 FUA FUSIDIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；100 MM MES PH 6.5, 12%PEG 20K, 50 MM KCL, 10 MM NH4CL, 3UM DEOXY-BIG-CHAP	分辨率 3.60 Å R-free 0.260
4V5M tRNA tranlocation on the 70S ribosome: the pre-translocational translocation intermediate TI(PRE) 提交 2010-10-01	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric	链 AY 1–691（691 aa）	未记录	FUA FUSIDIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- VITROBOT (FEI)	分辨率 7.80 Å
4V5N tRNA translocation on the 70S ribosome: the post- translocational translocation intermediate TI(POST) 提交 2010-10-21	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric	链 AY 1–691（691 aa）	未记录	FUA FUSIDIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- VITROBOT (FEI)	分辨率 7.60 Å
4V8U Crystal Structure of 70S Ribosome with Both Cognate tRNAs in the E and P Sites Representing an Authentic Elongation Complex. 提交 2012-08-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：57-meric	链 AY 1–691（691 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 FUA FUSIDIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.4；0.1M MES, PH6.5, 8.5-9.0% PEG20K, 0-25MM KCL, pH 6.4	分辨率 3.70 Å R-free 0.249
4V8U Crystal Structure of 70S Ribosome with Both Cognate tRNAs in the E and P Sites Representing an Authentic Elongation Complex. 提交 2012-08-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：57-meric	链 CY 1–691（691 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 FUA FUSIDIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.4；0.1M MES, PH6.5, 8.5-9.0% PEG20K, 0-25MM KCL, pH 6.4	分辨率 3.70 Å R-free 0.249
4V90 Thermus thermophilus Ribosome 提交 2014-02-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric	链 AY 1–691（691 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 523 ZN ZINC ION × 3 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1M MES PH 6.5, 5.8-6.8%PEG20K, 30-120 MM KCL AND 0.8-2.5% GLYCEROL	分辨率 2.95 Å R-free 0.244
4V9H Crystal structure of the ribosome bound to elongation factor G in the guanosine triphosphatase state 提交 2013-03-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric	链 AY 10–689（680 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 138 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；294 K；100mM MES pH 6.3, 75mM KCl, 6.0% PEG 20K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.86 Å R-free 0.250
4WPO Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with elongation factor G in the pre-translocational state 提交 2014-10-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：59-meric	链 BZ 8–691（684 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1163 K POTASSIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 6 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.6；292 K；0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.6-3.0% PEG-20K, 7-10% MPD, 0.5mM BME	分辨率 2.80 Å R-free 0.252
4WPO Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with elongation factor G in the pre-translocational state 提交 2014-10-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：59-meric	链 DZ 8–691（684 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 893 ZN ZINC ION × 6 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.6；292 K；0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.6-3.0% PEG-20K, 7-10% MPD, 0.5mM BME	分辨率 2.80 Å R-free 0.252
4WQF Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with elongation factor G and fusidic acid in the post-translocational state 提交 2014-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric	链 BZ 8–691（684 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1147 ZN ZINC ION × 6 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 FUA FUSIDIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.6；292 K；0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.6-3.0% PEG-20K, 7-10% MPD, 0.5mM BME	分辨率 2.80 Å R-free 0.255
4WQF Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with elongation factor G and fusidic acid in the post-translocational state 提交 2014-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric	链 DZ 8–691（684 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 893 ZN ZINC ION × 6 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 FUA FUSIDIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.6；292 K；0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.6-3.0% PEG-20K, 7-10% MPD, 0.5mM BME	分辨率 2.80 Å R-free 0.255
4WQU Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with elongation factor G trapped by the antibiotic dityromycin 提交 2014-10-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric	链 BZ 8–691（684 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1147 ZN ZINC ION × 6 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.6；292 K；0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.6-3.0% PEG-20K, 7-10% MPD, 0.5mM BME	分辨率 2.80 Å R-free 0.264
4WQU Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with elongation factor G trapped by the antibiotic dityromycin 提交 2014-10-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric	链 DZ 8–691（684 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 893 ZN ZINC ION × 6 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.6；292 K；0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.6-3.0% PEG-20K, 7-10% MPD, 0.5mM BME	分辨率 2.80 Å R-free 0.264
4WQY Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with elongation factor G in the post-translocational state (without fusitic acid) 提交 2014-10-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric	链 BZ 8–691（684 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1155 K POTASSIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 6 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.6；292 K；0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.6-3.0% PEG-20K, 7-10% MPD, 0.5mM BME	分辨率 2.80 Å R-free 0.266
4WQY Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with elongation factor G in the post-translocational state (without fusitic acid) 提交 2014-10-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric	链 DZ 8–691（684 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 890 ZN ZINC ION × 6 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.6；292 K；0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.6-3.0% PEG-20K, 7-10% MPD, 0.5mM BME	分辨率 2.80 Å R-free 0.266
5HAU Crystal structure of antimicrobial peptide Bac7(1-19) bound to the Thermus thermophilus 70S ribosome 提交 2015-12-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric	链 1z 8–691（684 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1081 ZN ZINC ION × 6 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；292 K；0.15M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.3-7.6, 2.6-2.9% PEG-20K, 9-10% MPD, 0.5 mM BME	分辨率 3.00 Å R-free 0.265
5HAU Crystal structure of antimicrobial peptide Bac7(1-19) bound to the Thermus thermophilus 70S ribosome 提交 2015-12-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric	链 2z 8–691（684 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 848 ZN ZINC ION × 6 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；292 K；0.15M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.3-7.6, 2.6-2.9% PEG-20K, 9-10% MPD, 0.5 mM BME	分辨率 3.00 Å R-free 0.265
5OT7 Elongation factor G-ribosome complex captures in the absence of inhibitors. 提交 2017-08-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：59-meric	链 U 4–690（687 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 462 ZN ZINC ION × 3 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6UCQ Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome recycling complex 提交 2019-09-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric	链 1v 8–691（684 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1523 ZN ZINC ION × 6 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.3；292 K；0.15 M L-arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.3, 2.4-2.7% PEG-20K, 7-9% MPD, 0.5 mM BME	分辨率 3.50 Å R-free 0.294
6UCQ Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome recycling complex 提交 2019-09-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric	链 2v 8–691（684 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1350 ZN ZINC ION × 6 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.3；292 K；0.15 M L-arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.3, 2.4-2.7% PEG-20K, 7-9% MPD, 0.5 mM BME	分辨率 3.50 Å R-free 0.294

共 14 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5SHN5_THET8
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–691； UniProt 1–691

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1dar
沉积日期 deposition_date	1996-02-15
结构标题 title	ELONGATION FACTOR G IN COMPLEX WITH GDP
关键词 keywords	RIBOSOMAL TRANSLOCASE, TRANSLATIONAL GTPASE; TRANSLATIONAL GTPASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.14 Å
零角强度 I(0) i0	72216700.00
分子量 molecular_weight	67621.0 kDa
排除体积 excluded_volume	84853 Å³
包络体积 envelope_volume	111180 Å³
水化壳体积 shell_volume	31113 Å³
包络直径 envelope_diameter	119.8 Å
壳层 Rg shell_rg	36.10 Å
包络 Rg envelope_rg	32.32 Å
形状 Rg shape_rg	32.15 Å
总 Rg total_rg	32.44 Å
总原子数 total_atoms	4760
残基数 n_residues	619
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	113.6 Å
Rg (实空间) rg_real	32.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.18 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.2220e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1760e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	72210000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8254
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.622
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.019
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11070000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.720; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.803; Smooth: 0.763

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ELONGATION FACTOR G
分子量 formula_weight	76977.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4893

MAVKVEYDLKRLRNIGIAAHIDAGKTTTTERILYYTGRIHKIGEVHEGAATMDFMEQERERGITITAAVTTCFWKDHRINIIDTPGHVDFTIEVERSMRVLDGAIVVFDSSQGVEPQSETVWRQAEKYKVPRIAFANKMDKTGADLWLVIRTMQERLGARPVVMQLPIGREDTFSGIIDVLRMKAYTYGNDLGTDIREIPIPEEYLDQAREYHEKLVEVAADFDENIMLKYLEGEEPTEEELVAAIRKGTIDLKITPVFLGSALKNKGVQLLLDAVVDYLPSPLDIPPIKGTTPEGEVVEIHPDPNGPLAALAFKIMADPYVGRLTFIRVYSGTLTSGSYVYNTTKGRKERVARLLRMHANHREEVEELKAGDLGAVVGLKETITGDTLVGEDAPRVILESIEVPEPVIDVAIEPKTKADQEKLSQALARLAEEDPTFRVSTHPETGQTIISGMGELHLEIIVDRLKREFKVDANVGKPQVAYRETITKPVDVEGKFIRQTGGRGQYGHVKIKVEPLPRGSGFEFVNAIVGGVIPKEYIPAVQKGIEEAMQSGPLIGFPVVDIKVTLYDGSYHEVDSSEMAFKIAGSMAIKEAVQKGDPVILEPIMRVEVTTPEEYMGDVIGDLNARRGQILGMEPRGNAQVIRAFVPLAEMFGYATDLRSKTQGRGSFVMFFDHYQEVPKQVQEKLIKGQ

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	133

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1dara1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.43 — Reductase/isomerase/elongation factor common domain
超家族 Superfamily superfamily	b.43.3 — Translation proteins
家族 Family family	b.43.3.1 — Elongation factors

结构域编号 domain_id	d1dara2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d1dara3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.14 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.14.1 — Ribosomal protein S5 domain 2-like
家族 Family family	d.14.1.1 — Translational machinery components

结构域编号 domain_id	d1dara4
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.11 — EF-G C-terminal domain-like
家族 Family family	d.58.11.1 — EF-G/eEF-2 domains III and V

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	1darA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	1darA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

结构域编号 domain_id	1darA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	870 — Elongation Factor G (Translational Gtpase), domain 3

结构域编号 domain_id	1darA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1darA05
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	240 —

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8. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	76.300 Å
晶胞边长 b length_b	106.400 Å
晶胞边长 c length_c	115.600 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.2200
R_work r_work	0.2200
R_free r_free	0.2900

fit	/app/data/saxs_computation/da/1dar/1dar.fit
pddf	/app/data/pr_computation/da/1dar/1dar.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/da/1dar/1dar.dat

ELONGATION FACTOR G IN COMPLEX WITH GDP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ELONGATION FACTOR G

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction