1dch

CRYSTAL STRUCTURE OF DCOH, A BIFUNCTIONAL, PROTEIN-BINDING TRANSCRIPTION COACTIVATOR

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 114.5 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DCOH (DIMERIZATION COFACTOR OF HNF-1)

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–103 链 B； UniProt 1–103 链 C； UniProt 1–103 链 D； UniProt 1–103	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.2；pH 7.2 COMPND ROOM TEMP., 1.7M AMSO4, .1M HEPES, PH 7.2.	分辨率 3.00 Å
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–103 链 F； UniProt 1–103 链 G； UniProt 1–103 链 H； UniProt 1–103	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.2；pH 7.2 COMPND ROOM TEMP., 1.7M AMSO4, .1M HEPES, PH 7.2.	分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1DCH	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1DCO DCOH, A BIFUNCTIONAL PROTEIN-BINDING TRANSCRIPTIONAL COACTIVATOR 提交 1996-05-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–103（103 aa）链 B 1–103（103 aa）链 C 1–103（103 aa）链 D 1–103（103 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；ROOM TEMPERATURE, 1.7M AMSO4, 0.1M HEPES, PH 7.4	分辨率 2.30 Å
1DCO DCOH, A BIFUNCTIONAL PROTEIN-BINDING TRANSCRIPTIONAL COACTIVATOR 提交 1996-05-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–103（103 aa）链 F 1–103（103 aa）链 G 1–103（103 aa）链 H 1–103（103 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；ROOM TEMPERATURE, 1.7M AMSO4, 0.1M HEPES, PH 7.4	分辨率 2.30 Å
1DCP DCOH, A BIFUNCTIONAL PROTEIN-BINDING TRANSCRIPTIONAL COACTIVATOR, COMPLEXED WITH BIOPTERIN 提交 1996-05-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–103（103 aa）链 B 1–103（103 aa）链 C 1–103（103 aa）链 D 1–103（103 aa）	未记录	HBI 7,8-DIHYDROBIOPTERIN × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；ROOM TEMPERATURE, 1.7M AMSO4, 0.1M HEPES, PH 7.4	分辨率 2.30 Å
1DCP DCOH, A BIFUNCTIONAL PROTEIN-BINDING TRANSCRIPTIONAL COACTIVATOR, COMPLEXED WITH BIOPTERIN 提交 1996-05-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–103（103 aa）链 F 1–103（103 aa）链 G 1–103（103 aa）链 H 1–103（103 aa）	未记录	HBI 7,8-DIHYDROBIOPTERIN × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；ROOM TEMPERATURE, 1.7M AMSO4, 0.1M HEPES, PH 7.4	分辨率 2.30 Å
1F93 CRYSTAL STRUCTURE OF A COMPLEX BETWEEN THE DIMERIZATION DOMAIN OF HNF-1 ALPHA AND THE COACTIVATOR DCOH 提交 2000-07-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–104（104 aa）链 B 1–104（104 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；PEG 8000, potassium succinate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 2.60 Å R-free 0.299
1F93 CRYSTAL STRUCTURE OF A COMPLEX BETWEEN THE DIMERIZATION DOMAIN OF HNF-1 ALPHA AND THE COACTIVATOR DCOH 提交 2000-07-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–104（104 aa）链 D 1–104（104 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；PEG 8000, potassium succinate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 2.60 Å R-free 0.299
3HXA Crystal Structure of DCoH1Thr51Ser 提交 2009-06-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–104（104 aa）链 B 1–104（104 aa）链 C 1–104（104 aa）链 D 1–104（104 aa）	突变：T51S 突变：T51S 突变：T51S 突变：T51S	SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 Hanging drop；pH 7.5；291 K；HEPES, Ammonium Sulfate, PEG 200, Glycerol, pH 7.5, Hanging drop, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.226
3HXA Crystal Structure of DCoH1Thr51Ser 提交 2009-06-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–104（104 aa）链 F 1–104（104 aa）链 G 1–104（104 aa）链 H 1–104（104 aa）	突变：T51S 突变：T51S 突变：T51S 突变：T51S	SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 Hanging drop；pH 7.5；291 K；HEPES, Ammonium Sulfate, PEG 200, Glycerol, pH 7.5, Hanging drop, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.226

共 4 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHS_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–104； UniProt 1–103 作者链 B； PDB构建体 2–104； UniProt 1–103 作者链 C； PDB构建体 2–104； UniProt 1–103 作者链 D； PDB构建体 2–104； UniProt 1–103 作者链 E； PDB构建体 2–104； UniProt 1–103 作者链 F； PDB构建体 2–104； UniProt 1–103 作者链 G； PDB构建体 2–104； UniProt 1–103 作者链 H； PDB构建体 2–104； UniProt 1–103

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1dch
沉积日期 deposition_date	1995-01-24
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF DCOH, A BIFUNCTIONAL, PROTEIN-BINDING TRANSCRIPTION COACTIVATOR
关键词 keywords	;TRANSCRIPTIONAL SIMULATOR, DIMERIZATION COFACTOR, DEHYDRATASE, 4A-CARBINOLAMINE DEHYDRATASE, TRANSREGULATOR OF HOMEODOMAIN PROTEINS, TRANSCRIPTIONAL STIMULATOR, DIMERIZATION ;; TRANSCRIPTIONAL STIMULATOR,DIMERIZATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.87 Å
零角强度 I(0) i0	137497000.00
分子量 molecular_weight	92022.0 kDa
排除体积 excluded_volume	114080 Å³
包络体积 envelope_volume	146290 Å³
水化壳体积 shell_volume	35990 Å³
包络直径 envelope_diameter	116.4 Å
壳层 Rg shell_rg	40.02 Å
包络 Rg envelope_rg	34.57 Å
形状 Rg shape_rg	34.84 Å
总 Rg total_rg	35.30 Å
总原子数 total_atoms	6494
残基数 n_residues	792
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	114.5 Å
Rg (实空间) rg_real	35.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.77 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3750e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1540e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.54 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	137500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8945
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	35.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.294
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.712
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11260000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.915; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.940; Smooth: 0.939

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1dcha_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.74 — DCoH-like
超家族 Superfamily superfamily	d.74.1 — PCD-like
家族 Family family	d.74.1.1 — PCD-like

结构域编号 domain_id	d1dchb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.74 — DCoH-like
超家族 Superfamily superfamily	d.74.1 — PCD-like
家族 Family family	d.74.1.1 — PCD-like

结构域编号 domain_id	d1dchc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.74 — DCoH-like
超家族 Superfamily superfamily	d.74.1 — PCD-like
家族 Family family	d.74.1.1 — PCD-like

结构域编号 domain_id	d1dchd_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.74 — DCoH-like
超家族 Superfamily superfamily	d.74.1 — PCD-like
家族 Family family	d.74.1.1 — PCD-like

结构域编号 domain_id	d1dche_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.74 — DCoH-like
超家族 Superfamily superfamily	d.74.1 — PCD-like
家族 Family family	d.74.1.1 — PCD-like

结构域编号 domain_id	d1dchf_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.74 — DCoH-like
超家族 Superfamily superfamily	d.74.1 — PCD-like
家族 Family family	d.74.1.1 — PCD-like

结构域编号 domain_id	d1dchg_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.74 — DCoH-like
超家族 Superfamily superfamily	d.74.1 — PCD-like
家族 Family family	d.74.1.1 — PCD-like

结构域编号 domain_id	d1dchh_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.74 — DCoH-like
超家族 Superfamily superfamily	d.74.1 — PCD-like
家族 Family family	d.74.1.1 — PCD-like

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1dchA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Transcriptional coactivator/pterin dehydratase

结构域编号 domain_id	1dchB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Transcriptional coactivator/pterin dehydratase

结构域编号 domain_id	1dchC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Transcriptional coactivator/pterin dehydratase

结构域编号 domain_id	1dchD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Transcriptional coactivator/pterin dehydratase

结构域编号 domain_id	1dchE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Transcriptional coactivator/pterin dehydratase

结构域编号 domain_id	1dchF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Transcriptional coactivator/pterin dehydratase

结构域编号 domain_id	1dchG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Transcriptional coactivator/pterin dehydratase

结构域编号 domain_id	1dchH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Transcriptional coactivator/pterin dehydratase

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	105.650 Å
晶胞边长 b length_b	105.650 Å
晶胞边长 c length_c	196.230 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	6.000 Å
R 因子 r_factor	0.1840
R_work r_work	—
R_free r_free	—

描述 description	DCOH (DIMERIZATION COFACTOR OF HNF-1)
分子量 formula_weight	12017.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	6494

CRYSTAL STRUCTURE OF DCOH, A BIFUNCTIONAL, PROTEIN-BINDING TRANSCRIPTION COACTIVATOR

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DCOH (DIMERIZATION COFACTOR OF HNF-1)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

fit	/app/data/saxs_computation/dc/1dch/1dch.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dc/1dch/1dch.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dc/1dch/1dch.dat