SAXSdb — 1dd3

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

50S RIBOSOMAL PROTEIN L7/L12

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–128 链 B； UniProt 1–128 链 C； UniProt 1–32 链 D； UniProt 1–32	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；291 K；3.6M AMMOMIUM SULFATE 0.1M SODIUM CITRATE 7% (V/V) POLYETHYLENE GLYCOL 200, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1DD3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1DD4 Crystal structure of ribosomal protein l12 from thermotoga maritim 提交 1999-11-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–128（128 aa）链 B 1–128（128 aa）链 C 1–40（40 aa）链 D 1–40（40 aa）	未记录	TBR HEXATANTALUM DODECABROMIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；291 K；3.23M AMMONIUM SULFATE, 0.1M CITRATE, 7% (V/V) POLYETHYLENE GLYCOL 200, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.40 Å R-free 0.241
1DD4 Crystal structure of ribosomal protein l12 from thermotoga maritim 提交 1999-11-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–128（128 aa）链 B 1–128（128 aa）链 C 1–40（40 aa）链 D 1–40（40 aa）	未记录	TBR HEXATANTALUM DODECABROMIDE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；291 K；3.23M AMMONIUM SULFATE, 0.1M CITRATE, 7% (V/V) POLYETHYLENE GLYCOL 200, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.40 Å R-free 0.241
1ZAV Ribosomal Protein L10-L12(NTD) Complex, Space Group P21 提交 2005-04-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 U 1–30（30 aa）片段：N-terminal domain 链 V 1–30（30 aa）片段：N-terminal domain 链 W 1–30（30 aa）片段：N-terminal domain 链 X 1–30（30 aa）片段：N-terminal domain 链 Y 1–30（30 aa）片段：N-terminal domain 链 Z 1–30（30 aa）片段：N-terminal domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；Na acetate, ethylene glycol, PEG 1000, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.274
1ZAW Ribosomal Protein L10-L12(NTD) Complex, Space Group P212121, Form A 提交 2005-04-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 U 1–30（30 aa）片段：N-terminal domain 链 V 1–30（30 aa）片段：N-terminal domain 链 W 1–30（30 aa）片段：N-terminal domain 链 X 1–30（30 aa）片段：N-terminal domain 链 Y 1–30（30 aa）片段：N-terminal domain 链 Z 1–30（30 aa）片段：N-terminal domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；Hepes, MPD, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.272
1ZAX Ribosomal Protein L10-L12(NTD) Complex, Space Group P212121, Form B 提交 2005-04-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 U 1–30（30 aa）片段：N-terminal domain 链 V 1–30（30 aa）片段：N-terminal domain 链 W 1–30（30 aa）片段：N-terminal domain 链 X 1–30（30 aa）片段：N-terminal domain 链 Y 1–30（30 aa）片段：N-terminal domain 链 Z 1–30（30 aa）片段：N-terminal domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；imidazole, MgCl2, MPD, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.286
4V42 Crystal structure of the ribosome at 5.5 A resolution. 提交 2001-03-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：49-meric	链 BI 1–128（128 aa）链 BJ 1–128（128 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 5.50 Å

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL7_THEMA
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–128； UniProt 1–128 作者链 B； PDB构建体 1–128； UniProt 1–128 作者链 C； PDB构建体 1–32； UniProt 1–32 作者链 D； PDB构建体 1–32； UniProt 1–32

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1dd3
沉积日期 deposition_date	1999-11-08
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF RIBOSOMAL PROTEIN L12 FROM THERMOTOGA MARITIMA
关键词 keywords	;DIMER FORMATION, FLEXIBILITY, HINGE REGION, FOUR-HELIX-BUNDLE, FIVE-HELIX- BUNDLE, ALPHA-BETA STRUCTURE, HELICAL HAIRPIN, DOMAINS, RIBOSOME ;; RIBOSOME
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.41 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.59 Å
零角强度 I(0) i0	18114800.00
分子量 molecular_weight	34041.0 kDa
排除体积 excluded_volume	43537 Å³
包络体积 envelope_volume	49995 Å³
水化壳体积 shell_volume	20674 Å³
包络直径 envelope_diameter	71.7 Å
壳层 Rg shell_rg	26.71 Å
包络 Rg envelope_rg	20.74 Å
形状 Rg shape_rg	20.57 Å
总 Rg total_rg	21.52 Å
总原子数 total_atoms	2390
残基数 n_residues	320
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	69.6 Å
Rg (实空间) rg_real	21.38 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8110e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4240e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	18110000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8807
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.327
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.336
角度范围 angular_range	— – 0.3700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4411000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.876; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.822

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	50S RIBOSOMAL PROTEIN L7/L12
分子量 formula_weight	13475.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2637

MTIDEIIEAIEKLTVSELAELVKKLEDKFGVTAAAPVAVAAAPVAGAAAGAAQEEKTEFDVVLKSFGQNKIQVIKVVREITGLGLKEAKDLVEKAGSPDAVIKSGVSKEEAEEIKKKLEEAGAEVELK

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	50S RIBOSOMAL PROTEIN L7/L12
分子量 formula_weight	3610.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MTIDEIIEAIEKLTVSELAELVKKLEDKFGVT

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	247

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1dd3a1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.108 — Ribosomal protein L7/12, oligomerisation (N-terminal) domain
超家族 Superfamily superfamily	a.108.1 — Ribosomal protein L7/12, oligomerisation (N-terminal) domain
家族 Family family	a.108.1.1 — Ribosomal protein L7/12, oligomerisation (N-terminal) domain

结构域编号 domain_id	d1dd3a2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.45 — ClpS-like
超家族 Superfamily superfamily	d.45.1 — ClpS-like
家族 Family family	d.45.1.1 — Ribosomal protein L7/12, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1dd3b1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.108 — Ribosomal protein L7/12, oligomerisation (N-terminal) domain
超家族 Superfamily superfamily	a.108.1 — Ribosomal protein L7/12, oligomerisation (N-terminal) domain
家族 Family family	a.108.1.1 — Ribosomal protein L7/12, oligomerisation (N-terminal) domain

结构域编号 domain_id	d1dd3b2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.45 — ClpS-like
超家族 Superfamily superfamily	d.45.1 — ClpS-like
家族 Family family	d.45.1.1 — Ribosomal protein L7/12, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1dd3c_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.108 — Ribosomal protein L7/12, oligomerisation (N-terminal) domain
超家族 Superfamily superfamily	a.108.1 — Ribosomal protein L7/12, oligomerisation (N-terminal) domain
家族 Family family	a.108.1.1 — Ribosomal protein L7/12, oligomerisation (N-terminal) domain

结构域编号 domain_id	d1dd3d_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.108 — Ribosomal protein L7/12, oligomerisation (N-terminal) domain
超家族 Superfamily superfamily	a.108.1 — Ribosomal protein L7/12, oligomerisation (N-terminal) domain
家族 Family family	a.108.1.1 — Ribosomal protein L7/12, oligomerisation (N-terminal) domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1dd3A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	710 — Single helix bin

结构域编号 domain_id	1dd3A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1390 — Ribosomal Protein L30; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribosomal protein L7/L12, C-terminal domain/Adaptor protein ClpS

结构域编号 domain_id	1dd3B01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	710 — Single helix bin

结构域编号 domain_id	1dd3B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1390 — Ribosomal Protein L30; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribosomal protein L7/L12, C-terminal domain/Adaptor protein ClpS

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	54.330 Å
晶胞边长 b length_b	89.130 Å
晶胞边长 c length_c	119.630 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	6.000 Å
R 因子 r_factor	0.2260
R_work r_work	0.2260
R_free r_free	0.2350

fit	/app/data/saxs_computation/dd/1dd3/1dd3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dd/1dd3/1dd3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dd/1dd3/1dd3.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF RIBOSOMAL PROTEIN L12 FROM THERMOTOGA MARITIMA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

50S RIBOSOMAL PROTEIN L7/L12

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)