SAXSdb — 1de9

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MAJOR APURINIC/APYRIMIDINIC ENDONUCLEASE

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 3	5'-d(CPTPAPC)-3' × 1 5'-d(P(3DR)PGPAPTPC)-3' × 1 5'-d(GPAPTPCPGPGPTPAPG)-3' × 1 MANGANESE (II) ION × 1	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 3	5'-d(CPTPAPC)-3' × 1 5'-d(P(3DR)PGPAPTPC)-3' × 1 5'-d(GPAPTPCPGPGPTPAPG)-3' × 1 MANGANESE (II) ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	APEX1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–276； UniProt 42–317 作者链 B； PDB构建体 1–276； UniProt 42–317

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1de9
沉积日期 deposition_date	1999-11-13
结构标题 title	HUMAN APE1 ENDONUCLEASE WITH BOUND ABASIC DNA AND MN2+ ION
关键词 keywords	ENZYME:DNA COMPLEX, DNA REPAIR ABASIC SITE, AP ENDONUCLEASE, LYASE-DNA COMPLEX; LYASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1de9__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1de9__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1de9__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.86 Å
Rg（电子密度）	18.62 Å
总 Rg	19.61 Å
原子数	2544
残基数	293
排除体积	44143 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1de9__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1de9__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5'-d(CPTPAPC)-3'
分子量 formula_weight	1150.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	X,U
原子数 atom_count	5088

CTAC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-d(P(3DR)PGPAPTP*C)-3'
分子量 formula_weight	1370.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	Y,V

NGATC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	5'-d(GPAPTPCPGPGPTPAP*G)-3'
分子量 formula_weight	2795.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	Z,W

GATCGGTAG

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	MAJOR APURINIC/APYRIMIDINIC ENDONUCLEASE
分子量 formula_weight	31198.6 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.99.18
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

ALYEDPPDHKTSPSGKPATLKICSWNVDGLRAWIKKKGLDWVKEEAPDILCLQETKCSENKLPAELQELPGLSHQYWSAPSDKEGYSGVGLLSRQCPLKVSYGIGDEEHDQEGRVIVAEFDSFVLVTAYVPNAGRGLVRLEYRQRWDEAFRKFLKGLASRKPLVLCGDLNVAHEEIDLRNPKGNKKNAGFTPQERQGFGELLQAVPLADSFRHLYPNTPYAYTFWTYMMNARSKNVGWRLDYFLLSHSLLPALCDSKIRSKALGSDHCPITLYLAL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1de9a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.151 — DNase I-like
超家族 Superfamily superfamily	d.151.1 — DNase I-like
家族 Family family	d.151.1.1 — DNase I-like

结构域编号 domain_id	d1de9b_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.151 — DNase I-like
超家族 Superfamily superfamily	d.151.1 — DNase I-like
家族 Family family	d.151.1.1 — DNase I-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1de9A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	10 — Deoxyribonuclease I; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Endonuclease/exonuclease/phosphatase

结构域编号 domain_id	1de9B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	10 — Deoxyribonuclease I; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Endonuclease/exonuclease/phosphatase

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晶胞边长 a length_a	90.060 Å
晶胞边长 b length_b	98.350 Å
晶胞边长 c length_c	101.050 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1831
R_work r_work	0.1830
R_free r_free	0.2740

HUMAN APE1 ENDONUCLEASE WITH BOUND ABASIC DNA AND MN2+ ION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MAJOR APURINIC/APYRIMIDINIC ENDONUCLEASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1de9__assembly_2__model_1

1de9__assembly_2__model_1 | I(q)

1de9__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

HUMAN APE1 ENDONUCLEASE WITH BOUND ABASIC DNA AND MN2+ ION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MAJOR APURINIC/APYRIMIDINIC ENDONUCLEASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1de9__assembly_2__model_1

1de9__assembly_2__model_1 | I(q)

1de9__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)