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1deh

CRYSTALLIZATION OF HUMAN BETA1 ALCOHOL DEHYDROGENASE (15 MG/ML) IN 50 MM SODIUM PHOSPHATE (PH 7.5), 2.0 MM NAD+ AND 1 MM 4-IODOPYRAZOLE AT 25 OC, 13% (W/V) PEG 8000

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 103.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HUMAN BETA1 ALCOHOL DEHYDROGENASE

Homo sapiens

UniProt P00325

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–374 链 B； UniProt 1–374 未记录 ZN ZINC ION × 4 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 PYZ 4-IODOPYRAZOLE × 2 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；pH 7.5 分辨率 2.20 Å R-free 0.261

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1DEH Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1HDX THREE-DIMENSIONAL STRUCTURES OF THREE HUMAN ALCOHOL DEHYDROGENASE VARIANTS: CORRELATIONS WITH THEIR FUNCTIONAL DIFFERENCES 提交 1993-10-15 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–374（374 aa）
链 B 1–374（374 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 CXL CYCLOHEXANOL × 2 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.50 Å
1HDY THREE-DIMENSIONAL STRUCTURES OF THREE HUMAN ALCOHOL DEHYDROGENASE VARIANTS: CORRELATIONS WITH THEIR FUNCTIONAL DIFFERENCES 提交 1993-10-15 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–375（374 aa）
链 B 2–375（374 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 PYZ 4-IODOPYRAZOLE × 2 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.50 Å
1HDZ THREE-DIMENSIONAL STRUCTURES OF THREE HUMAN ALCOHOL DEHYDROGENASE VARIANTS: CORRELATIONS WITH THEIR FUNCTIONAL DIFFERENCES 提交 1993-10-15 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–374（374 aa）
链 B 1–374（374 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.50 Å
1HSZ HUMAN BETA-1 ALCOHOL DEHYDROGENASE (ADH1B*1) 提交 2000-12-27 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–374（374 aa） 片段：BETA SUBUNIT
链 B 1–374（374 aa） 片段：BETA SUBUNIT
未记录 ZN ZINC ION × 4 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；50 mM sodium phosphate, 2 mM NAD+, 14% (w/v) PEG 8000, 14 mg/ml protein, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 277K
分辨率 2.20 Å R-free 0.257
1HTB CRYSTALLIZATION OF HUMAN BETA3 ALCOHOL DEHYDROGENASE (10 MG/ML) IN 100 MM SODIUM PHOSPHATE (PH 7.5), 7.5 MM NAD+ AND 1 MM 4-IODOPYRAZOLE AT 25 C 提交 1995-08-10 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–375（374 aa）
链 B 2–375（374 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 PYZ 4-IODOPYRAZOLE × 2 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.40 Å R-free 0.243
1U3U Crystal Structure of Human Alcohol Dehydrogenase Beta-1-Beta-1 Isoform Complexed with N-Benzylformamide Determined to 1.6 Angstrom Resolution 提交 2004-07-23 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–374（374 aa）
链 B 1–374（374 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 BNF N-BENZYLFORMAMIDE × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；15mg/ml enzyme, 2mM NAD+, 50mM sodium phosphate, and 11.5-13% PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.60 Å R-free 0.190
1U3V Crystal Structure of Human Alcohol Dehydrogenase Beta-1-Beta-1 Isoform Complexed with N-Heptylformamide Determined to 1.65 Angstrom Resolution 提交 2004-07-23 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–374（374 aa）
链 B 1–374（374 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 HPL HEPTYLFORMAMIDE × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；15mg/ml enzyme, 2mM NAD+, 50mM sodium phosphate, and 11.5-13% PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.65 Å R-free 0.185
3HUD THE STRUCTURE OF HUMAN BETA 1 BETA 1 ALCOHOL DEHYDROGENASE: CATALYTIC EFFECTS OF NON-ACTIVE-SITE SUBSTITUTIONS 提交 1993-01-04 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–374（374 aa）
链 B 1–374（374 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.20 Å

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ADHB_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–374； UniProt 1–374 作者链 B； PDB构建体 1–374； UniProt 1–374

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1deh

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1deh
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1deh
沉积日期 deposition_date1995-10-14
结构标题 titleCRYSTALLIZATION OF HUMAN BETA1 ALCOHOL DEHYDROGENASE (15 MG/ML) IN 50 MM SODIUM PHOSPHATE (PH 7.5), 2.0 MM NAD+ AND 1 MM 4-IODOPYRAZOLE AT 25 OC, 13% (W/V) PEG 8000
关键词 keywordsNAD+ DEPENDENT ALCOHOL DEHYDROGENASE, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.70 Å
零角强度 I(0) i0105222000.00
分子量 molecular_weight81473.0 kDa
排除体积 excluded_volume102040 ų
包络体积 envelope_volume119480 ų
水化壳体积 shell_volume34355 ų
包络直径 envelope_diameter109.5 Å
壳层 Rg shell_rg36.10 Å
包络 Rg envelope_rg29.90 Å
形状 Rg shape_rg29.73 Å
总 Rg total_rg30.13 Å
总原子数 total_atoms5667
残基数 n_residues748
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax103.4 Å
Rg (实空间) rg_real29.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.02 Å
I(0) (实空间) i0_real1.0520e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6870e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.74 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal105200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8493
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.3 Å
偏度 Skewness skewness0.502
峰度 Kurtosis kurtosis-0.273
角度范围 angular_range— – 0.2650 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha52610000.0000
实空间数据点数 n_real_points54
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.731; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.863; Smooth: 0.985
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1deha1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.35 — GroES-like
超家族 Superfamily superfamilyb.35.1 — GroES-like
家族 Family familyb.35.1.2 — Alcohol dehydrogenase-like, N-terminal domain
结构域编号 domain_idd1deha2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamilyc.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family familyc.2.1.1 — Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal domain
结构域编号 domain_idd1dehb1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.35 — GroES-like
超家族 Superfamily superfamilyb.35.1 — GroES-like
家族 Family familyb.35.1.2 — Alcohol dehydrogenase-like, N-terminal domain
结构域编号 domain_idd1dehb2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamilyc.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family familyc.2.1.1 — Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1dehA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology180 — Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain
结构域编号 domain_id1dehA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id1dehB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology180 — Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain
结构域编号 domain_id1dehB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)