1deq

THE CRYSTAL STRUCTURE OF MODIFIED BOVINE FIBRINOGEN (AT ~4 ANGSTROM RESOLUTION)

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FIBRINOGEN (ALPHA CHAIN)

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	FIBRINOGEN (BETA CHAIN) × 2 （P02676） FIBRINOGEN (GAMMA CHAIN) × 2 （P12799） FIBRINOGEN × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	FIBRINOGEN (BETA CHAIN) × 2 （P02676） FIBRINOGEN (GAMMA CHAIN) × 2 （P12799） FIBRINOGEN × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FIBA_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–390； UniProt 20–409 作者链 D； PDB构建体 1–390； UniProt 20–409 作者链 N； PDB构建体 1–390； UniProt 20–409 作者链 Q； PDB构建体 1–390； UniProt 20–409

FIBRINOGEN (BETA CHAIN)

物种未注明

UniProt P02676

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	FIBRINOGEN (ALPHA CHAIN) × 2 （P02672） FIBRINOGEN (GAMMA CHAIN) × 2 （P12799） FIBRINOGEN × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	FIBRINOGEN (ALPHA CHAIN) × 2 （P02672） FIBRINOGEN (GAMMA CHAIN) × 2 （P12799） FIBRINOGEN × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FIBB_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–408； UniProt 61–468 作者链 E； PDB构建体 1–408； UniProt 61–468 作者链 O； PDB构建体 1–408； UniProt 61–468 作者链 R； PDB构建体 1–408； UniProt 61–468

FIBRINOGEN (GAMMA CHAIN)

物种未注明

UniProt P12799

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	FIBRINOGEN (ALPHA CHAIN) × 2 （P02672） FIBRINOGEN (BETA CHAIN) × 2 （P02676） FIBRINOGEN × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	FIBRINOGEN (ALPHA CHAIN) × 2 （P02672） FIBRINOGEN (BETA CHAIN) × 2 （P02676） FIBRINOGEN × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FIBG_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–407； UniProt 25–432 作者链 F； PDB构建体 1–407； UniProt 25–432 作者链 P； PDB构建体 1–407； UniProt 25–432 作者链 S； PDB构建体 1–407； UniProt 25–432

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1deq
沉积日期 deposition_date	1999-11-15
结构标题 title	THE CRYSTAL STRUCTURE OF MODIFIED BOVINE FIBRINOGEN (AT ~4 ANGSTROM RESOLUTION)
关键词 keywords	COILED-COIL, BLOOD CLOTTING; BLOOD CLOTTING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1deq__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1deq__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1deq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	152.10 Å
总 Rg	151.20 Å
原子数	0
残基数	0
排除体积	278440 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1deq__assembly_1__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1deq__assembly_2__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	FIBRINOGEN (ALPHA CHAIN)
分子量 formula_weight	42767.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,N,Q
原子数 atom_count	3900

EDGSDPPSGDFLTEGGGVRGPRLVERQQSACKETGWPFCSDEDWNTKCPSGCRMKGLIDEVDQDFTSRINKLRDSLFNYQKNSKDSNTLTKNIVELMRGDFAKANNNDNTFKQINEDLRSRIEILRRKVIEQVQRINLLQKNVRDQLVDMKRLEVDIDIKIRSCKGSCSRALEHKVDLEDYKNQQKQLEQVIAINLLPSRDIQYLPILKMSTITGPVPREFKSQLQEAPLEWKALLEMQQTKMVLETFGGDGHARGDSVSQGTGLAPGSPRKPGTSSIGNVNPGSYGPGSSGTWNPGRPEPGSAGTWNPGRPEPGSAGTWNPGRPEPGSAGTWNPGRPEPGSAGTWNPGRPEPGSAGTWNTGSSGSSSFRPDSSGHGNIRPSSPDWGTFR

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	FIBRINOGEN (BETA CHAIN)
分子量 formula_weight	46901.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,O,R

KVERKPPDADGCLHADPDLGVLCPTGCKLQDTLVRQERPIRKSIEDLRNTVDSVSRTSSSTFQYITLLKNMWKGRQNQVQDNENVVNEYSSHLEKHQLYIDETVKNNIPTKLRVLRSILENLRSKIQKLESDVSTQMEYCRTPCTVTCNIPVVSGKECEKIIRNEGETSEMYLIQPEDSSKPYRVYCDMKTEKGGWTVIQNRQDGSVDFGRKWDPYKQGFGNIATNAEGKKYCGVPGEYWLGNDRISQLTNMGPTKLLIEMEDWKGDKVTALYEGFTVQNEANKYQLSVSKYKGTAGNALIEGASQLVGENRTMTIHNSMFFSTYDRDNDGWKTTDPRKQCSKEDGGGWWYNRCHAANPNGRYYWGGAYTWDMAKHGTDDGVVWMNWQGSWYSMKKMSKMIRPYFPEQ

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	FIBRINOGEN (GAMMA CHAIN)
分子量 formula_weight	46626.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,P,S

YVATRDNCCILDERFGSYCPTTCGIADFLNNYQTSVDKDLRTLEGILYQVENKTSEARELVKAIQISYNPDQPSKPNNIESATKNSKSMMEEIMKYETLISTHESTIRFLQEIYNSNSQKIVNLRDKVVQLEANCQEPCQDTVKIHDVTGRDCQDVANKGAKESGLYFIRPLKAKQQFLVYCEIDGSGNGWTVFQKRLDGSLDFKKNWIQYKEGFGHLSPTGNTEFWLGNEKIHLISTQSTIPYVLRIQLEDWNGRTSTADYASFKVTGENDKYRLTYAYFIGGDAGDAFDGYDFGDDSSDKFFTSHNGMQFSTWDSDNDKYDGNCAEQDGSGWWMNKCHAGHLNGVYYQGGTYSKTSTPNGYDNGIIWATWKSRWYSMKKTTMKIIPLNRLAIGEGQQHQLGGAKQAGDV

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	FIBRINOGEN
分子量 formula_weight	7677.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,Z

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (14 domains)

结构域编号 domain_id	d1deqa_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.9 — Blood clotting
超家族 Superfamily superfamily	i.9.1 — Blood clotting
家族 Family family	i.9.1.1 — Blood clotting

结构域编号 domain_id	d1deqb_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.9 — Blood clotting
超家族 Superfamily superfamily	i.9.1 — Blood clotting
家族 Family family	i.9.1.1 — Blood clotting

结构域编号 domain_id	d1deqc_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.9 — Blood clotting
超家族 Superfamily superfamily	i.9.1 — Blood clotting
家族 Family family	i.9.1.1 — Blood clotting

结构域编号 domain_id	d1deqd_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.9 — Blood clotting
超家族 Superfamily superfamily	i.9.1 — Blood clotting
家族 Family family	i.9.1.1 — Blood clotting

结构域编号 domain_id	d1deqe_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.9 — Blood clotting
超家族 Superfamily superfamily	i.9.1 — Blood clotting
家族 Family family	i.9.1.1 — Blood clotting

结构域编号 domain_id	d1deqf_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.9 — Blood clotting
超家族 Superfamily superfamily	i.9.1 — Blood clotting
家族 Family family	i.9.1.1 — Blood clotting

结构域编号 domain_id	d1deqm_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.9 — Blood clotting
超家族 Superfamily superfamily	i.9.1 — Blood clotting
家族 Family family	i.9.1.1 — Blood clotting

结构域编号 domain_id	d1deqn_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.9 — Blood clotting
超家族 Superfamily superfamily	i.9.1 — Blood clotting
家族 Family family	i.9.1.1 — Blood clotting

结构域编号 domain_id	d1deqo_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.9 — Blood clotting
超家族 Superfamily superfamily	i.9.1 — Blood clotting
家族 Family family	i.9.1.1 — Blood clotting

结构域编号 domain_id	d1deqp_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.9 — Blood clotting
超家族 Superfamily superfamily	i.9.1 — Blood clotting
家族 Family family	i.9.1.1 — Blood clotting

结构域编号 domain_id	d1deqq_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.9 — Blood clotting
超家族 Superfamily superfamily	i.9.1 — Blood clotting
家族 Family family	i.9.1.1 — Blood clotting

结构域编号 domain_id	d1deqr_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.9 — Blood clotting
超家族 Superfamily superfamily	i.9.1 — Blood clotting
家族 Family family	i.9.1.1 — Blood clotting

结构域编号 domain_id	d1deqs_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.9 — Blood clotting
超家族 Superfamily superfamily	i.9.1 — Blood clotting
家族 Family family	i.9.1.1 — Blood clotting

结构域编号 domain_id	d1deqz_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.9 — Blood clotting
超家族 Superfamily superfamily	i.9.1 — Blood clotting
家族 Family family	i.9.1.1 — Blood clotting

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晶胞边长 a length_a	176.006 Å
晶胞边长 b length_b	94.935 Å
晶胞边长 c length_c	209.805 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.41 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.500 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.2630
R_work r_work	0.2570
R_free r_free	0.3700

THE CRYSTAL STRUCTURE OF MODIFIED BOVINE FIBRINOGEN (AT ~4 ANGSTROM RESOLUTION)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FIBRINOGEN (ALPHA CHAIN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

FIBRINOGEN (BETA CHAIN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

FIBRINOGEN (GAMMA CHAIN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1deq__assembly_1__model_1

1deq__assembly_1__model_1 | I(q)

1deq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (14 domains)

7. 引用文献 (4)

THE CRYSTAL STRUCTURE OF MODIFIED BOVINE FIBRINOGEN (AT ~4 ANGSTROM RESOLUTION)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FIBRINOGEN (ALPHA CHAIN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

FIBRINOGEN (BETA CHAIN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

FIBRINOGEN (GAMMA CHAIN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1deq__assembly_1__model_1

1deq__assembly_1__model_1 | I(q)

1deq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (14 domains)

7. 引用文献 (4)