SAXSdb — 1dev

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MAD (mothers against decapentaplegic, Drosophila) homolog 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 261–456	片段：SMAD2 MH2 DOMAIN	Smad anchor for receptor activation × 1 （O95405）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；TRIS, DIOXANE, AMMONIUM SULFATE, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K	分辨率 2.20 Å R-free 0.276
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 261–456	片段：SMAD2 MH2 DOMAIN	Smad anchor for receptor activation × 1 （O95405）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；TRIS, DIOXANE, AMMONIUM SULFATE, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K	分辨率 2.20 Å R-free 0.276

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1DEV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1KHX Crystal structure of a phosphorylated Smad2 提交 2001-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 241–467（227 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；dioxane, potassium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.241
1U7V Crystal Structure of the phosphorylated Smad2/Smad4 heterotrimeric complex 提交 2004-08-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 270–466（197 aa）片段：MH2 and Linker domains 链 C 270–466（197 aa）片段：MH2 and Linker domains	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；50 mM Tris-HCl, 0-15 mM magnesium chloride, 5-15% ethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.279
2LB3 Structure of the WW domain of PIN1 in complex with a human phosphorylated Smad3 derived peptide 提交 2011-03-22	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 217–224（8 aa）片段：residues 176-183	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；285 K；离子强度（mmCIF原始值）0.420；压力 ambient NMR样品组成 1 mM NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
5XOD Crystal structure of human Smad2-Ski complex 提交 2017-05-27	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 262–458（197 aa）片段：UNP residues 262-458	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；0.1 M sodium acetate tri-hydrate pH 4.6 and 1.85 M sodium formate	分辨率 1.85 Å R-free 0.254
5ZOJ Crystal structure of human SMAD2-MAN1 complex 提交 2018-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 262–458（197 aa）片段：UNP residues 262-458 链 B 262–458（197 aa）片段：UNP residues 262-458 链 C 262–458（197 aa）片段：UNP residues 262-458	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.1；277 K；0.1M acetate, 7.5% PEG4000, 10% 2-propanol	分辨率 2.79 Å R-free 0.269
6M64 Crystal structure of SMAD2 in complex with CBP 提交 2020-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 262–464（203 aa）链 C 262–464（203 aa）链 E 262–464（203 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；0.1 M HEPES pH 7.2, 0.2 M NaCl and 31% PEG3350	分辨率 1.45 Å R-free 0.189
6ZVQ Complex between SMAD2 MH2 domain and peptide from Ski corepressor 提交 2020-07-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 241–467（227 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 24 TAR D(-)-TARTARIC ACID × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；1.5M Ammonium Sulphate, 0.15M Sodium Potassium Tartrate, 0.08M Tri-Sodium Citrate pH 5.6, 25% v/v Glycerol	分辨率 2.03 Å R-free 0.210
7CO1 Crystal structure of SMAD2 in complex with wild-type CBP 提交 2020-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 262–467（206 aa）链 C 262–467（206 aa）链 E 262–467（206 aa）	突变：S465E, S467E 突变：S465E, S467E 突变：S465E, S467E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；293 K；1 M sodium phosphate monobasic monohydrate-potassium phosphate dibasic	分辨率 3.30 Å R-free 0.283

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SMAD2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–196； UniProt 261–456 作者链 C； PDB构建体 1–196； UniProt 261–456

Smad anchor for receptor activation

Homo sapiens

UniProt O95405

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 669–709	片段：SARA SMAD2-BINDING DOMAIN	MAD (mothers against decapentaplegic, Drosophila) homolog 2 × 1 （Q15796）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；TRIS, DIOXANE, AMMONIUM SULFATE, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K	分辨率 2.20 Å R-free 0.276
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 669–709	片段：SARA SMAD2-BINDING DOMAIN	MAD (mothers against decapentaplegic, Drosophila) homolog 2 × 1 （Q15796）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；TRIS, DIOXANE, AMMONIUM SULFATE, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K	分辨率 2.20 Å R-free 0.276

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1DEV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1MK2 SMAD3 SBD complex 提交 2002-08-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 773–810（38 aa）片段：SARA SBD domain, residues 773-810	未记录	ACY ACETIC ACID × 8	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.74 Å R-free 0.271
1MK2 SMAD3 SBD complex 提交 2002-08-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 773–810（38 aa）片段：SARA SBD domain, residues 773-810	未记录	ACY ACETIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.74 Å R-free 0.271
4BKW Crystal structure of the C-terminal region of human ZFYVE9 提交 2013-04-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 895–1425（531 aa）片段：PROTEIN INTERACTING DOMAIN, RESIDUES 895-1425	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1M BIS-TRIS PH 6.5, 0.15M MAGNESIUM CHLORIDE, 30% PEG 3350	分辨率 2.53 Å R-free 0.247
5MJY Crystal structure of the His Domain Protein Tyrosine Phosphatase (HD-PTP/PTPN23) Bro1 domain (SARA complex structure) 提交 2016-12-02	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 1–22（22 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；277 K；0.1 M MMT buffer pH 9.0, 25% PEG1500	分辨率 2.25 Å R-free 0.235
5MJY Crystal structure of the His Domain Protein Tyrosine Phosphatase (HD-PTP/PTPN23) Bro1 domain (SARA complex structure) 提交 2016-12-02	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 1–22（22 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；277 K；0.1 M MMT buffer pH 9.0, 25% PEG1500	分辨率 2.25 Å R-free 0.235

共 3 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ZFYV9_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–41； UniProt 669–709 作者链 D； PDB构建体 1–41； UniProt 669–709

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1dev
沉积日期 deposition_date	1999-11-15
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF SMAD2 MH2 DOMAIN BOUND TO THE SMAD-BINDING DOMAIN OF SARA
关键词 keywords	BETA SHEET, THREE-HELIX BUNDLE, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.57 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.32 Å
零角强度 I(0) i0	45269900.00
分子量 molecular_weight	51856.0 kDa
排除体积 excluded_volume	64488 Å³
包络体积 envelope_volume	82277 Å³
水化壳体积 shell_volume	23944 Å³
包络直径 envelope_diameter	100.0 Å
壳层 Rg shell_rg	35.43 Å
包络 Rg envelope_rg	29.74 Å
形状 Rg shape_rg	30.30 Å
总 Rg total_rg	30.87 Å
总原子数 total_atoms	3643
残基数 n_residues	466
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	94.8 Å
Rg (实空间) rg_real	30.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.79 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.5270e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.4780e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	45270000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8446
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.345
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.794
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6131000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.855; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.742; Smooth: 0.668

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	MAD (mothers against decapentaplegic, Drosophila) homolog 2
分子量 formula_weight	22276.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	3643

LDLQPVTYSEPAFWCSIAYYELNQRVGETFHASQPSLTVDGFTDPSNSERFCLGLLSNVNRNATVEMTRRHIGRGVRLYYIGGEVFAECLSDSAIFVQSPNCNQRYGWHPATVCKIPPGCNLKIFNNQEFAALLAQSVNQGFEAVYQLTRMCTIRMSFVKGWGAEYRRQTVTSTPCWIELHLNGPLQWLDKVLTQM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Smad anchor for receptor activation
分子量 formula_weight	4132.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

SQSPNPNNPAEYCSTIPPLQQAQASGALSSPPPTVMVPVGV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1deva_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.26 — SMAD/FHA domain
超家族 Superfamily superfamily	b.26.1 — SMAD/FHA domain
家族 Family family	b.26.1.1 — SMAD domain

结构域编号 domain_id	d1devb_
类 Class class	j — Peptides
折叠类型 Fold fold	j.64 — Smad-binding domain of Sara
超家族 Superfamily superfamily	j.64.1 — Smad-binding domain of Sara
家族 Family family	j.64.1.1 — Smad-binding domain of Sara

结构域编号 domain_id	d1devc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.26 — SMAD/FHA domain
超家族 Superfamily superfamily	b.26.1 — SMAD/FHA domain
家族 Family family	b.26.1.1 — SMAD domain

结构域编号 domain_id	d1devd_
类 Class class	j — Peptides
折叠类型 Fold fold	j.64 — Smad-binding domain of Sara
超家族 Superfamily superfamily	j.64.1 — Smad-binding domain of Sara
家族 Family family	j.64.1.1 — Smad-binding domain of Sara

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1devA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Tumour Suppressor Smad4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1devB00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	720 — Smad Anchor For Receptor Activation; Chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Smad anchor for receptor activation, Smad-binding domain

结构域编号 domain_id	1devC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Tumour Suppressor Smad4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	138.500 Å
晶胞边长 b length_b	138.500 Å
晶胞边长 c length_c	55.900 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2200
R_work r_work	0.2180
R_free r_free	0.2760

fit	/app/data/saxs_computation/de/1dev/1dev.fit
pddf	/app/data/pr_computation/de/1dev/1dev.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/de/1dev/1dev.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF SMAD2 MH2 DOMAIN BOUND TO THE SMAD-BINDING DOMAIN OF SARA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MAD (mothers against decapentaplegic, Drosophila) homolog 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Smad anchor for receptor activation

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)