SAXSdb — 1dfd

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FERREDOXIN I

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–64	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7.2；298 K；压力 1 NMR样品组成：90%H2O/10%D2O, 99.9%D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1DFD	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1DAX OXIDISED DESULFOVIBRIO AFRICANUS FERREDOXIN I, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1997-12-01	当前字段一致	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–64（64 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.2；298 K；压力 1 NMR样品组成 90%H2O/10%D2O, 99.9%D2O	分辨率未提供
1FXR CRYSTAL STRUCTURE OF THE FERREDOXIN I FROM DESULFOVIBRIO AFRICANUS AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1994-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.227

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FER1_DESAF
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–64； UniProt 1–64

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1dfd
沉积日期 deposition_date	1997-12-01
结构标题 title	OXIDISED DESULFOVIBRIO AFRICANUS FERREDOXIN I, NMR, 19 STRUCTURES
关键词 keywords	ELECTRON TRANSPORT, OXIDISED DESULFOVIBRIO AFRICANUS FERREDOXIN I, ELECTRON-TRANSFER PROTEIN, 4FE-4S CLUSTER; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	10.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	10.75 Å
零角强度 I(0) i0	362750000.00
分子量 molecular_weight	142620.0 kDa
排除体积 excluded_volume	169480 Å³
包络体积 envelope_volume	15256 Å³
水化壳体积 shell_volume	10417 Å³
包络直径 envelope_diameter	40.9 Å
壳层 Rg shell_rg	18.29 Å
包络 Rg envelope_rg	12.97 Å
形状 Rg shape_rg	10.84 Å
总 Rg total_rg	10.65 Å
总原子数 total_atoms	18069
残基数 n_residues	1216
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	37.0 Å
Rg (实空间) rg_real	10.69 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.36 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.6280e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.5910e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	10.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	362800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8681
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	36.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.201
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.279
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	50670.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.778; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.963

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1dfda_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.1 — 4Fe-4S ferredoxins
家族 Family family	d.58.1.4 — Single 4Fe-4S cluster ferredoxin

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1dfdA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

描述 description	FERREDOXIN I
分子量 formula_weight	7206.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	18069

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

OXIDISED DESULFOVIBRIO AFRICANUS FERREDOXIN I, NMR, 19 STRUCTURES

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FERREDOXIN I

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/df/1dfd/1dfd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/df/1dfd/1dfd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/df/1dfd/1dfd.dat