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1dgr

Refined crystal structure of canavalin from jack bean

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 103.5 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CANAVALIN

物种未注明

UniProt P50477

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 46–223 链 B； UniProt 46–223 链 C； UniProt 46–223 链 M； UniProt 331–423 链 N； UniProt 246–324 链 V； UniProt 246–324 链 W； UniProt 331–423 链 X； UniProt 246–324 链 Y； UniProt 331–423 片段：RESIDUES 46-223 片段：RESIDUES 246-324 片段：RESIDUES 331-423 PO4 PHOSPHATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；277 K；Dulbeccos phosphate buffered saline, ammonium hydroxide, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 2.60 Å R-free 0.226

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1DGR Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1CAU DETERMINATION OF THREE CRYSTAL STRUCTURES OF CANAVALIN BY MOLECULAR REPLACEMENT 提交 1993-07-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 44–224（181 aa）
链 B 241–424（184 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.30 Å
1CAV THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF CANAVALIN FROM JACK BEAN (CANAVALIA ENSIFORMIS) 提交 1993-05-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 44–224（181 aa）
链 B 241–424（184 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.60 Å
1CAW DETERMINATION OF THREE CRYSTAL STRUCTURES OF CANAVALIN BY MOLECULAR REPLACEMENT 提交 1993-06-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 44–224（181 aa）
链 B 241–424（184 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.60 Å
1CAX DETERMINATION OF THREE CRYSTAL STRUCTURES OF CANAVALIN BY MOLECULAR REPLACEMENT 提交 1993-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 44–224（181 aa）
链 B 241–424（184 aa）
链 C 44–224（181 aa）
链 D 241–424（184 aa）
链 E 44–224（181 aa）
链 F 241–424（184 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.60 Å
1DGW Structure of the rhombohedral crystal of canavalin from jack bean 提交 1999-11-26 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 46–223（178 aa） 片段：RESIDUES 46-223
链 X 246–324（79 aa） 片段：RESIDUES 246-324
链 Y 331–423（93 aa） 片段：RESIDUES 331-423
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 LIQUID DIFFUSION；pH 6.8；293 K；DULBECCO'S PHOSPHATE BUFFERED SALINE, AMMONIUM HYDROXIDE (TRACE), MICROGRAVITY, pH 6.8, LIQUID DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 1.70 Å R-free 0.252
2CAU CANAVALIN FROM JACK BEAN 提交 1998-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–445（445 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.8；THIS CRYSTAL FORM COULD BE GROWN ONLY OCCASIONALLY. BASICALLY IT WAS CRYSTALLIZED FROM PURIFIED PROTEIN AFTER TRYPSIN TREATMENT IN PHOSPHATE BUFFERED SALINE, BUT WAS DIFFICULT TO REPRODUCE., pH 6.8
分辨率 2.10 Å R-free 0.235
2CAV CANAVALIN FROM JACK BEAN 提交 1998-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–445（445 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.8；30 - 40 MG/ML PROTEIN SOLUTION WAS PREPARED BY DISSOLVING 4-TIME RECRYSTALLIZED CANAVALIN IN DISTILLED WATER PLUS TRACE NH4OH. RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 2.0 % NACL IN 50 MM PHOSPHATE BUFFER AT PH 6.8. CRYSTALS WERE OBTAINED BY MIXING PROTEIN AND RESERVOIR SOLUTION IN SITTING DROPS FOLLOWED BY VAPOR DIFFUSION AGAINST THE RESERVOIR., vapor diffusion
分辨率 2.00 Å R-free 0.264
6V7G Binding of Benzoic Acid and Anions Within the Cupin Domains of the Vicillin Protein Canavalin from Jack Bean (canavalia ensiformis): Crystal Structures 提交 2019-12-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–445（445 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ACT ACETATE ION × 3 BEZ BENZOIC ACID × 3 CIT CITRIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；Vapor diffusion in sitting drop Cryschem plates. Reservoirs were 1.0 M sodium citrate titrated with acetic acid to pH6.0. Drops were initially equal amounts of the reservoir solution with a protein stock solution of 30 mg/ml canavalin in water with a trace of ammonium hydroxide. At room temperature crystallization time was about three weeks.
分辨率 1.40 Å R-free 0.188
6V7J The C2221 crystal form of canavalin at 173 K 提交 2019-12-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–445（445 aa）
链 B 1–445（445 aa）
链 C 1–445（445 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） BEZ BENZOIC ACID × 3 GOL GLYCEROL × 3 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；Vapor diffusion in Cryschem sitting drop plates at room temperature. Reservoirs were Dulbeccos Phosphate buffered saline at pH 6.5. Drops were equal amounts of the reservoir and a 40 mg/ml solution of the protein dissolved in water with a trace of ammonium hydroxide. Crystallization time was 24 to 48 hours.
分辨率 2.00 Å R-free 0.247
6V7L The structure of the P212121 crystal form of canavalin at 173 K 提交 2019-12-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–445（445 aa）
链 B 1–445（445 aa）
链 C 1–445（445 aa）
未记录 BEZ BENZOIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；Crystals were grown by sitting drop vapor diffusion from 18% PEG 3350 in 0.1 M HEPES reservoirs. The drops were equal amounts of a 40 mg/ml solution of precanavalin (not treated with any exogenous protease) in water. Crystals grew only after six to eight weeks at room temperature.
分辨率 2.80 Å R-free 0.252

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CANA_CANEN
Isoform —
PDB实体 1, 2, 3
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–178； UniProt 46–223 作者链 B； PDB构建体 1–178； UniProt 46–223 作者链 C； PDB构建体 1–178； UniProt 46–223 作者链 N； PDB构建体 1–79； UniProt 246–324 作者链 V； PDB构建体 1–79； UniProt 246–324 作者链 X； PDB构建体 1–79； UniProt 246–324 作者链 M； PDB构建体 1–93； UniProt 331–423 作者链 W； PDB构建体 1–93； UniProt 331–423 作者链 Y； PDB构建体 1–93； UniProt 331–423

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1dgr

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1dgr
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1dgr
沉积日期 deposition_date1999-11-25
结构标题 titleRefined crystal structure of canavalin from jack bean
关键词 keywordsDUPLICATED DOMAINS BETA BARREL HELICAL LOOP, PLANT PROTEIN; PLANT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.59 Å
零角强度 I(0) i0217135000.00
分子量 molecular_weight118510.0 kDa
排除体积 excluded_volume148400 ų
包络体积 envelope_volume182540 ų
水化壳体积 shell_volume45711 ų
包络直径 envelope_diameter101.4 Å
壳层 Rg shell_rg40.41 Å
包络 Rg envelope_rg32.23 Å
形状 Rg shape_rg32.59 Å
总 Rg total_rg33.18 Å
总原子数 total_atoms8362
残基数 n_residues1039
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax103.5 Å
Rg (实空间) rg_real33.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.55 Å
I(0) (实空间) i0_real2.1710e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.4620e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal217100000.0000
解质量估计 total_estimate0.9086
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary35.2 Å
偏度 Skewness skewness0.175
峰度 Kurtosis kurtosis-0.677
角度范围 angular_range— – 0.2350 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha151900000.0000
实空间数据点数 n_real_points48
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.964; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.917
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd1dgr.1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamilyb.82.1 — RmlC-like cupins
家族 Family familyb.82.1.2 — Germin/Seed storage 7S protein
结构域编号 domain_idd1dgr.2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamilyb.82.1 — RmlC-like cupins
家族 Family familyb.82.1.2 — Germin/Seed storage 7S protein
结构域编号 domain_idd1dgr.4
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamilyb.82.1 — RmlC-like cupins
家族 Family familyb.82.1.2 — Germin/Seed storage 7S protein
结构域编号 domain_idd1dgra_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamilyb.82.1 — RmlC-like cupins
家族 Family familyb.82.1.2 — Germin/Seed storage 7S protein
结构域编号 domain_idd1dgrb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamilyb.82.1 — RmlC-like cupins
家族 Family familyb.82.1.2 — Germin/Seed storage 7S protein
结构域编号 domain_idd1dgrc_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamilyb.82.1 — RmlC-like cupins
家族 Family familyb.82.1.2 — Germin/Seed storage 7S protein

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id1dgrA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Jelly Rolls
结构域编号 domain_id1dgrB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Jelly Rolls
结构域编号 domain_id1dgrC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Jelly Rolls
结构域编号 domain_id1dgrM01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily840 —
结构域编号 domain_id1dgrN00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1450 —
结构域编号 domain_id1dgrV00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1450 —
结构域编号 domain_id1dgrW01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily840 —
结构域编号 domain_id1dgrX00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1450 —
结构域编号 domain_id1dgrY01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily840 —
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)