SAXSdb — 1dgw

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CANAVALIN

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 46–223 链 X； UniProt 246–324 链 Y； UniProt 331–423	片段：RESIDUES 46-223 片段：RESIDUES 246-324 片段：RESIDUES 331-423	PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：LIQUID DIFFUSION；pH 6.8；293 K；DULBECCO'S PHOSPHATE BUFFERED SALINE, AMMONIUM HYDROXIDE (TRACE), MICROGRAVITY, pH 6.8, LIQUID DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.252

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1DGW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CAU DETERMINATION OF THREE CRYSTAL STRUCTURES OF CANAVALIN BY MOLECULAR REPLACEMENT 提交 1993-07-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 44–224（181 aa）链 B 241–424（184 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1CAV THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF CANAVALIN FROM JACK BEAN (CANAVALIA ENSIFORMIS) 提交 1993-05-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 44–224（181 aa）链 B 241–424（184 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å
1CAW DETERMINATION OF THREE CRYSTAL STRUCTURES OF CANAVALIN BY MOLECULAR REPLACEMENT 提交 1993-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 44–224（181 aa）链 B 241–424（184 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å
1CAX DETERMINATION OF THREE CRYSTAL STRUCTURES OF CANAVALIN BY MOLECULAR REPLACEMENT 提交 1993-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 44–224（181 aa）链 B 241–424（184 aa）链 C 44–224（181 aa）链 D 241–424（184 aa）链 E 44–224（181 aa）链 F 241–424（184 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å
1DGR Refined crystal structure of canavalin from jack bean 提交 1999-11-25	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 46–223（178 aa）片段：RESIDUES 46-223 链 B 46–223（178 aa）片段：RESIDUES 46-223 链 C 46–223（178 aa）片段：RESIDUES 46-223 链 M 331–423（93 aa）片段：RESIDUES 331-423 链 N 246–324（79 aa）片段：RESIDUES 246-324 链 V 246–324（79 aa）片段：RESIDUES 246-324 链 W 331–423（93 aa）片段：RESIDUES 331-423 链 X 246–324（79 aa）片段：RESIDUES 246-324 链 Y 331–423（93 aa）片段：RESIDUES 331-423	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；277 K；Dulbeccos phosphate buffered saline, ammonium hydroxide, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.226
2CAU CANAVALIN FROM JACK BEAN 提交 1998-11-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–445（445 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.8；THIS CRYSTAL FORM COULD BE GROWN ONLY OCCASIONALLY. BASICALLY IT WAS CRYSTALLIZED FROM PURIFIED PROTEIN AFTER TRYPSIN TREATMENT IN PHOSPHATE BUFFERED SALINE, BUT WAS DIFFICULT TO REPRODUCE., pH 6.8	分辨率 2.10 Å R-free 0.235
2CAV CANAVALIN FROM JACK BEAN 提交 1998-11-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–445（445 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.8；30 - 40 MG/ML PROTEIN SOLUTION WAS PREPARED BY DISSOLVING 4-TIME RECRYSTALLIZED CANAVALIN IN DISTILLED WATER PLUS TRACE NH4OH. RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 2.0 % NACL IN 50 MM PHOSPHATE BUFFER AT PH 6.8. CRYSTALS WERE OBTAINED BY MIXING PROTEIN AND RESERVOIR SOLUTION IN SITTING DROPS FOLLOWED BY VAPOR DIFFUSION AGAINST THE RESERVOIR., vapor diffusion	分辨率 2.00 Å R-free 0.264
6V7G Binding of Benzoic Acid and Anions Within the Cupin Domains of the Vicillin Protein Canavalin from Jack Bean (canavalia ensiformis): Crystal Structures 提交 2019-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–445（445 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ACT ACETATE ION × 3 BEZ BENZOIC ACID × 3 CIT CITRIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；Vapor diffusion in sitting drop Cryschem plates. Reservoirs were 1.0 M sodium citrate titrated with acetic acid to pH6.0. Drops were initially equal amounts of the reservoir solution with a protein stock solution of 30 mg/ml canavalin in water with a trace of ammonium hydroxide. At room temperature crystallization time was about three weeks.	分辨率 1.40 Å R-free 0.188
6V7J The C2221 crystal form of canavalin at 173 K 提交 2019-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–445（445 aa）链 B 1–445（445 aa）链 C 1–445（445 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	BEZ BENZOIC ACID × 3 GOL GLYCEROL × 3 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；Vapor diffusion in Cryschem sitting drop plates at room temperature. Reservoirs were Dulbeccos Phosphate buffered saline at pH 6.5. Drops were equal amounts of the reservoir and a 40 mg/ml solution of the protein dissolved in water with a trace of ammonium hydroxide. Crystallization time was 24 to 48 hours.	分辨率 2.00 Å R-free 0.247
6V7L The structure of the P212121 crystal form of canavalin at 173 K 提交 2019-12-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–445（445 aa）链 B 1–445（445 aa）链 C 1–445（445 aa）	未记录	BEZ BENZOIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；Crystals were grown by sitting drop vapor diffusion from 18% PEG 3350 in 0.1 M HEPES reservoirs. The drops were equal amounts of a 40 mg/ml solution of precanavalin (not treated with any exogenous protease) in water. Crystals grew only after six to eight weeks at room temperature.	分辨率 2.80 Å R-free 0.252

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CANA_CANEN
Isoform	—
PDB实体	1, 2, 3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–178； UniProt 46–223 作者链 X； PDB构建体 1–79； UniProt 246–324 作者链 Y； PDB构建体 1–93； UniProt 331–423

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1dgw
沉积日期 deposition_date	1999-11-26
结构标题 title	Structure of the rhombohedral crystal of canavalin from jack bean
关键词 keywords	DUPLICATED SWISS-ROLL BETA BARRELS, LOOPS WITH ALPHA HELICES, MEROHEDRAL/ HEMIHEDRAL TWINNING, PLANT PROTEIN; PLANT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.90 Å
零角强度 I(0) i0	26707600.00
分子量 molecular_weight	39491.0 kDa
排除体积 excluded_volume	49437 Å³
包络体积 envelope_volume	62150 Å³
水化壳体积 shell_volume	23209 Å³
包络直径 envelope_diameter	96.6 Å
壳层 Rg shell_rg	29.20 Å
包络 Rg envelope_rg	24.78 Å
形状 Rg shape_rg	23.92 Å
总 Rg total_rg	24.47 Å
总原子数 total_atoms	2787
残基数 n_residues	346
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	94.9 Å
Rg (实空间) rg_real	24.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.27 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6710e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.5820e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.88 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	26710000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7612
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	27.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.762
峰度 Kurtosis kurtosis	0.611
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3149000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.425; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.647; Smooth: 0.971

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CANAVALIN
分子量 formula_weight	20640.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3079

NNPYLFRSNKFLTLFKNQHGSLRLLQRFNEDTEKLENLRDYRVLEYCSKPNTLLLPHHSDSDLLVLVLEGQAILVLVNPDGRDTYKLDQGDAIKIQAGTPFYLINPDNNQNLRILKFAITFRRPGTVEDFFLSSTKRLPSYLSAFSKNFLEASYDSPYDEIEQTLLQEEQEGVIVKMP

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CANAVALIN
分子量 formula_weight	9073.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X

DKPFNLRSRDPIYSNNYGKLYEITPEKNSQLRDLDILLNCLQMNEGALFVPHYNSRATVILVANEGRAEVELVGLEQQQ

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	CANAVALIN
分子量 formula_weight	10269.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y

MQLRRYAATLSEGDIIVIPSSFPVALKAASDLNMVGIGVNAENNERNFLAGHKENVIRQIPRQVSDLTFPGSGEEVEELLENQKESYFVDGQP

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	292

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1dgw.1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.1 — RmlC-like cupins
家族 Family family	b.82.1.2 — Germin/Seed storage 7S protein

结构域编号 domain_id	d1dgwa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.1 — RmlC-like cupins
家族 Family family	b.82.1.2 — Germin/Seed storage 7S protein

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1dgwA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Jelly Rolls

结构域编号 domain_id	1dgwX00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1450 —

结构域编号 domain_id	1dgwY01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	840 —

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	136.876 Å
晶胞边长 b length_b	136.876 Å
晶胞边长 c length_c	76.004 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	9

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	300.000 Å
R 因子 r_factor	0.1920
R_work r_work	0.1890
R_free r_free	0.2520

fit	/app/data/saxs_computation/dg/1dgw/1dgw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dg/1dgw/1dgw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dg/1dgw/1dgw.dat

Structure of the rhombohedral crystal of canavalin from jack bean

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CANAVALIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)