SAXSdb — 1die

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

D-XYLOSE ISOMERASE

Arthrobacter sp.

UniProt P12070

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–394 链 B； UniProt 1–394	未记录	MG MAGNESIUM ION × 8 NOJ 1-DEOXYNOJIRIMYCIN × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1DIE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1DID OBSERVATIONS OF REACTION INTERMEDIATES AND THE MECHANISM OF ALDOSE-KETOSE INTERCONVERSION BY D-XYLOSE ISOMERASE 提交 1992-06-04	配体/离子不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）	未记录	DIG 2,5-DIDEOXY-2,5-IMINO-D-GLUCITOL × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1XLA MECHANISM FOR ALDOSE-KETOSE INTERCONVERSION BY D-XYLOSE ISOMERASE INVOLVING RING OPENING FOLLOWED BY A 1,2-HYDRIDE SHIFT 提交 1991-10-09	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1XLB MECHANISM FOR ALDOSE-KETOSE INTERCONVERSION BY D-XYLOSE ISOMERASE INVOLVING RING OPENING FOLLOWED BY A 1,2-HYDRIDE SHIFT 提交 1991-10-09	配体/离子不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1XLC MECHANISM FOR ALDOSE-KETOSE INTERCONVERSION BY D-XYLOSE ISOMERASE INVOLVING RING OPENING FOLLOWED BY A 1,2-HYDRIDE SHIFT 提交 1991-10-09	配体/离子不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）	未记录	XYL Xylitol × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1XLD MECHANISM FOR ALDOSE-KETOSE INTERCONVERSION BY D-XYLOSE ISOMERASE INVOLVING RING OPENING FOLLOWED BY A 1,2-HYDRIDE SHIFT 提交 1991-10-09	配体/离子不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）	未记录	XYL Xylitol × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1XLE MECHANISM FOR ALDOSE-KETOSE INTERCONVERSION BY D-XYLOSE ISOMERASE INVOLVING RING OPENING FOLLOWED BY A 1,2-HYDRIDE SHIFT 提交 1991-10-09	配体/离子不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 8	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1XLF MECHANISM FOR ALDOSE-KETOSE INTERCONVERSION BY D-XYLOSE ISOMERASE INVOLVING RING OPENING FOLLOWED BY A 1,2-HYDRIDE SHIFT 提交 1991-10-09	配体/离子不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）	未记录	GCO D-gluconic acid × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1XLG MECHANISM FOR ALDOSE-KETOSE INTERCONVERSION BY D-XYLOSE ISOMERASE INVOLVING RING OPENING FOLLOWED BY A 1,2-HYDRIDE SHIFT 提交 1991-10-09	配体/离子不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）	未记录	XYL Xylitol × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 AL ALUMINUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1XLH MECHANISM FOR ALDOSE-KETOSE INTERCONVERSION BY D-XYLOSE ISOMERASE INVOLVING RING OPENING FOLLOWED BY A 1,2-HYDRIDE SHIFT 提交 1991-10-09	配体/离子不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）	未记录	AL ALUMINUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1XLI MECHANISM FOR ALDOSE-KETOSE INTERCONVERSION BY D-XYLOSE ISOMERASE INVOLVING RING OPENING FOLLOWED BY A 1,2-HYDRIDE SHIFT 提交 1991-10-09	配体/离子不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）	未记录	GLT 5-thio-alpha-D-glucopyranose × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1XLJ MECHANISM FOR ALDOSE-KETOSE INTERCONVERSION BY D-XYLOSE ISOMERASE INVOLVING RING OPENING FOLLOWED BY A 1,2-HYDRIDE SHIFT 提交 1991-10-09	配体/离子不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）	未记录	XYL Xylitol × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1XLK MECHANISM FOR ALDOSE-KETOSE INTERCONVERSION BY D-XYLOSE ISOMERASE INVOLVING RING OPENING FOLLOWED BY A 1,2-HYDRIDE SHIFT 提交 1991-10-09	配体/离子不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 8	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1XLL MECHANISM FOR ALDOSE-KETOSE INTERCONVERSION BY D-XYLOSE ISOMERASE INVOLVING RING OPENING FOLLOWED BY A 1,2-HYDRIDE SHIFT 提交 1991-10-09	配体/离子不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1XLM D254E, D256E MUTANT OF D-XYLOSE ISOMERASE COMPLEXED WITH AL3 AND XYLITOL 提交 1997-07-22	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–394（394 aa）链 B 1–394（394 aa）	突变：D254E, D256E 突变：D254E, D256E	XYL Xylitol × 4 AL ALUMINUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 0.75 M (NH4)2SO4, 1.50 MM THYMOL, 0.05 TRIS, PH 7.0, THEN SOAKED INTO A SOLUTION CONTAINING 5 MM AL3+, 1.5 M XYLITOL, 1.50 M (NH4)2SO4 AND 6.0 M THYMOL IN 1.50 M TRIS-HCL PH 8.0 FOR TWO DAYS	分辨率 2.40 Å R-free 0.222
4XIA STRUCTURES OF D-XYLOSE ISOMERASE FROM ARTHROBACTER STRAIN B3728 CONTAINING THE INHIBITORS XYLITOL AND D-SORBITOL AT 2.5 ANGSTROMS AND 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION, RESPECTIVELY 提交 1989-07-05	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–394（393 aa）链 B 2–394（393 aa）	未记录	SOR sorbitol × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
5XIA STRUCTURES OF D-XYLOSE ISOMERASE FROM ARTHROBACTER STRAIN B3728 CONTAINING THE INHIBITORS XYLITOL AND D-SORBITOL AT 2.5 ANGSTROMS AND 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION, RESPECTIVELY 提交 1989-07-05	构建体不同配体/离子不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–394（393 aa）链 B 2–394（393 aa）	未记录	XYL Xylitol × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å

共 16 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	XYLA_ARTS7
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–394； UniProt 1–394 作者链 B； PDB构建体 1–394； UniProt 1–394

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1die
沉积日期 deposition_date	1992-06-04
结构标题 title	OBSERVATIONS OF REACTION INTERMEDIATES AND THE MECHANISM OF ALDOSE-KETOSE INTERCONVERSION BY D-XYLOSE ISOMERASE
关键词 keywords	ISOMERASE(INTRAMOLECULAR OXIDOREDUCTASE); ISOMERASE(INTRAMOLECULAR OXIDOREDUCTASE)
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.70 Å
零角强度 I(0) i0	121062000.00
分子量 molecular_weight	85997.0 kDa
排除体积 excluded_volume	107020 Å³
包络体积 envelope_volume	140940 Å³
水化壳体积 shell_volume	39190 Å³
包络直径 envelope_diameter	102.4 Å
壳层 Rg shell_rg	37.30 Å
包络 Rg envelope_rg	29.59 Å
形状 Rg shape_rg	29.69 Å
总 Rg total_rg	30.43 Å
总原子数 total_atoms	6078
残基数 n_residues	786
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	97.9 Å
Rg (实空间) rg_real	30.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.66 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2110e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7400e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.64 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	121100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8956
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.221
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.511
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	37510000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.924; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.868

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	D-XYLOSE ISOMERASE
分子量 formula_weight	43209.2 kDa
EC 编号 ec_number	5.3.1.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6659

SVQPTPADHFTFGLWTVGWTGADPFGVATRKNLDPVEAVHKLAELGAYGITFHDNDLIPFDATEAEREKILGDFNQALKDTGLKVPMVTTNLFSHPVFKDGGFTSNDRSIRRFALAKVLHNIDLAAEMGAETFVMWGGREGSEYDGSKDLAAALDRMREGVDTAAGYIKDKGYNLRIALEPKPNEPRGDIFLPTVGHGLAFIEQLEHGDIVGLNPETGHEQMAGLNFTHGIAQALWAEKLFHIDLNGQRGIKYDQDLVFGHGDLTSAFFTVDLLENGFPNGGPKYTGPRHFDYKPSRTDGYDGVWDSAKANMSMYLLLKERALAFRADPEVQEAMKTSGVFELGETTLNAGESAADLMNDSASFAGFDAEAAAERNFAFIRLNQLAIEHLLGSR

来源 Source

来源生物 organism	Arthrobacter sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1669

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1-DEOXYNOJIRIMYCIN
分子量 formula_weight	163.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	581

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1diea_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.15 — Xylose isomerase-like
家族 Family family	c.1.15.3 — Xylose isomerase

结构域编号 domain_id	d1dieb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.15 — Xylose isomerase-like
家族 Family family	c.1.15.3 — Xylose isomerase

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1dieA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes

结构域编号 domain_id	1dieB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes

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8. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	105.600 Å
晶胞边长 b length_b	105.600 Å
晶胞边长 c length_c	153.400 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.1510
R_work r_work	—
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/di/1die/1die.fit
pddf	/app/data/pr_computation/di/1die/1die.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/di/1die/1die.dat

OBSERVATIONS OF REACTION INTERMEDIATES AND THE MECHANISM OF ALDOSE-KETOSE INTERCONVERSION BY D-XYLOSE ISOMERASE