1djh

PHOSPHOINOSITIDE-SPECIFIC PHOSPHOLIPASE C-DELTA1 FROM RAT COMPLEXED WITH BARIUM

Method: X-RAY DIFFRACTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHOSPHOINOSITIDE-SPECIFIC PHOSPHOLIPASE C, ISOZYME DELTA1

Rattus norvegicus

UniProt P10688

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白单体 单体 蛋白 1 BARIUM ION × 3 ACETATE ION × 1 water × 1 与蛋白数一致
2 蛋白单体 单体 蛋白 1 BARIUM ION × 3 ACETATE ION × 1 water × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PLCD1_RAT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–624; UniProt 133–756 作者链 B; PDB构建体 1–624; UniProt 133–756

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1djh
沉积日期 deposition_date1996-09-25
结构标题 titlePHOSPHOINOSITIDE-SPECIFIC PHOSPHOLIPASE C-DELTA1 FROM RAT COMPLEXED WITH BARIUM
关键词 keywordsPHOSPHORIC DIESTER HYDROLASE, HYDROLASE, LIPID DEGRADATION, TRANSDUCER, CALCIUM-BINDING, PHOSPHOLIPASE C, PHOSPHOINOSITIDE-SPECIFIC; LIPID DEGRADATION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1djh__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1djh__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1djh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)26.09 Å
Rg(电子密度)25.27 Å
总 Rg26.09 Å
原子数4063
残基数513
排除体积72149 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1djh__assembly_1__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 1djh__assembly_2__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd1djha1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamilya.39.1 — EF-hand
家族 Family familya.39.1.7 — EF-hand modules in multidomain proteins
结构域编号 domain_idd1djha2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.7 — C2 domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.7.1 — C2 domain (Calcium/lipid-binding domain, CaLB)
家族 Family familyb.7.1.1 — PLC-like (P variant)
结构域编号 domain_idd1djha3
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.18 — PLC-like phosphodiesterases
家族 Family familyc.1.18.1 — Mammalian PLC
结构域编号 domain_idd1djhb1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamilya.39.1 — EF-hand
家族 Family familya.39.1.7 — EF-hand modules in multidomain proteins
结构域编号 domain_idd1djhb2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.7 — C2 domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.7.1 — C2 domain (Calcium/lipid-binding domain, CaLB)
家族 Family familyb.7.1.1 — PLC-like (P variant)
结构域编号 domain_idd1djhb3
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.18 — PLC-like phosphodiesterases
家族 Family familyc.1.18.1 — Mammalian PLC

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id1djhA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
结构域编号 domain_id1djhA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily190 — Phosphatidylinositol (PI) phosphodiesterase
结构域编号 domain_id1djhA03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — C2 domain
结构域编号 domain_id1djhB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
结构域编号 domain_id1djhB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
结构域编号 domain_id1djhB03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily190 — Phosphatidylinositol (PI) phosphodiesterase
结构域编号 domain_id1djhB04
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — C2 domain

7. 引用文献 (1)