SAXSdb — 1dom

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MCP-1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 24–99 链 B； UniProt 24–99	未记录	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1DOM	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1DOK MONOCYTE CHEMOATTRACTANT PROTEIN 1, P-FORM 提交 1996-11-27	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 24–99（76 aa）链 B 24–99（76 aa）	突变：N-TERMINAL METHIONINE NOT REMOVED POST-TRANSLATIONALLY 突变：N-TERMINAL METHIONINE NOT REMOVED POST-TRANSLATIONALLY	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；10 MG/ML PROTEIN IN 50 MM TRIS BUFFER PH 7.5-8 EQUILIBRATED AGAINST 50-55% AMMONIUM SULFATE USING HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD., pH 8.0, vapor diffusion - hanging drop	分辨率 1.85 Å R-free 0.245
1DOK MONOCYTE CHEMOATTRACTANT PROTEIN 1, P-FORM 提交 1996-11-27	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 24–99（76 aa）链 B 24–99（76 aa）	突变：N-TERMINAL METHIONINE NOT REMOVED POST-TRANSLATIONALLY 突变：N-TERMINAL METHIONINE NOT REMOVED POST-TRANSLATIONALLY	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；10 MG/ML PROTEIN IN 50 MM TRIS BUFFER PH 7.5-8 EQUILIBRATED AGAINST 50-55% AMMONIUM SULFATE USING HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD., pH 8.0, vapor diffusion - hanging drop	分辨率 1.85 Å R-free 0.245
1DOL MONOCYTE CHEMOATTRACTANT PROTEIN 1, I-FORM 提交 1996-11-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–99（76 aa）	突变：INS(MET0)	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；10 MG/ML PROTEIN IN 50 MM TRIS BUFFER PH 7.5-8 EQUILIBRATED AGAINST 50-55% AMMONIUM SULFATE USING HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD., pH 8.0, vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.40 Å R-free 0.275
1DOL MONOCYTE CHEMOATTRACTANT PROTEIN 1, I-FORM 提交 1996-11-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 24–99（76 aa）	突变：INS(MET0)	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；10 MG/ML PROTEIN IN 50 MM TRIS BUFFER PH 7.5-8 EQUILIBRATED AGAINST 50-55% AMMONIUM SULFATE USING HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD., pH 8.0, vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.40 Å R-free 0.275
1DON SOLUTION STRUCTURE OF THE MONOCYTE CHEMOATTRACTANT PROTEIN-1 DIMER USING HETERONUCLEAR, NMR, 20 STRUCTURES 提交 1996-01-21	当前字段一致	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 24–99（76 aa）链 B 24–99（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1ML0 VIRAL CHEMOKINE BINDING PROTEIN M3 FROM MURINE GAMMAHERPESVIRUS68 IN COMPLEX WITH THE P8A VARIANT OF CC-CHEMOKINE MCP-1 提交 2002-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 24–99（76 aa）	突变：P8A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.1；293 K；14% PEG4000 200MM, SODIUM ACETATE, 100MM MAGNESIUM CHLORIDE, pH 4.10, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.282
1ML0 VIRAL CHEMOKINE BINDING PROTEIN M3 FROM MURINE GAMMAHERPESVIRUS68 IN COMPLEX WITH THE P8A VARIANT OF CC-CHEMOKINE MCP-1 提交 2002-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 D 24–99（76 aa）	突变：P8A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.1；293 K；14% PEG4000 200MM, SODIUM ACETATE, 100MM MAGNESIUM CHLORIDE, pH 4.10, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.282
2BDN Crystal structure of human MCP-1 bound to a blocking antibody, 11K2 提交 2005-10-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 24–99（76 aa）片段：monocyte chemotactic protein -1	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；13% PEG 4000, 100 mM Hepes, pH 7.5, 30 mM glycl-glycl-glycine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.53 Å R-free 0.277
2NZ1 Viral Chemokine Binding Protein M3 From Murine Gammaherpesvirus68 In Complex With The CC-Chemokine CCL2/MCP-1 提交 2006-11-22	突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 24–99（76 aa）链 E 24–99（76 aa）	突变：M87I 突变：M87I	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.1；293 K；12% PEG 4000, 100 mM sodium acetate, 200 mM magnesium chloride, pH 4.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.300
2NZ1 Viral Chemokine Binding Protein M3 From Murine Gammaherpesvirus68 In Complex With The CC-Chemokine CCL2/MCP-1 提交 2006-11-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 Y 24–99（76 aa）	突变：M87I	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.1；293 K；12% PEG 4000, 100 mM sodium acetate, 200 mM magnesium chloride, pH 4.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.300
3IFD Human synthetic monocyte chemoattractant protein 1 (MCP-1) 提交 2009-07-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 24–99（76 aa）片段：residues 24-99	未记录	K POTASSIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M TRIS PH 8.5, 2.4 M K/NA PHOSPHATE, 2% PEG 400 CRYO CONDITIONS: 0.1 M TRIS PH 8.5, 2.2 M K/NA PHOSPHATE, 2% PEG 400, 17% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.255
4DN4 Crystal structure of the complex between cnto888 fab and mcp-1 mutant p8a 提交 2012-02-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 M 24–99（76 aa）	突变：P8A	ACT ACETATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M ACETATE, CRYO CONDITIONS: 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M ACETATE PH 5.5, 25% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.266
4R8I High Resolution Structure of a Mirror-Image RNA Oligonucleotide Aptamer in Complex with the Chemokine CCL2 提交 2014-09-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 24–99（76 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 SR STRONTIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；After thorough optimization of crystallization conditions needle shaped crystals (approx. 300x50x50um) could be obtained by mixing 1uL of the NOX-E36-CCL2 complex (in 20 mM HEPES pH 7.4, 100 mM NaCl, 5 mM KCl, 1 mM MgCl2, 1 mM CaCl2) with 1uL of a solution containing 40 mM Na cacodylate pH 5.5, 12 mM spermine tetrahydrochloride, 40 mM LiCl, 80 mM SrCl2 and 20 mM MgCl2 and subsequent vapor-diffusion equilibration against 1 mL of reservoir (35% (v/v) MPD, 5 mM KCl, 1 mM MgCl2 and 1 mM CaCl2). Crystals used for data collection grew within three weeks at 277K. VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.05 Å R-free 0.250
4ZK9 The chemokine binding protein of orf virus complexed with CCL2 提交 2015-04-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 24–99（76 aa）片段：UNP residues 17-99	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；289 K；0.2M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate pH5.6, 2.0M ammonium citrate	分辨率 2.60 Å R-free 0.281
7SO0 Crystal Structure of the Engineered Tick Evasin EVA-P974(F31A) Complexed to Human Chemokine CCL2 提交 2021-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 24–99（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.5；293 K；0.1 M Na3 Cit 3.5 pH (Buffer) 25 %w/v PEG 3350 (Precipitant)	分辨率 1.74 Å R-free 0.202
7XA3 Cryo-EM structure of the CCL2 bound CCR2-Gi complex 提交 2022-03-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 L 24–92（69 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8FJ0 Crystal Structure of the Tick Evasin EVA-AAM1001(Y44A) Complexed to Human Chemokine CCL2 提交 2022-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 24–99（76 aa）链 E 24–99（76 aa）链 F 24–99（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；2 M NH4SO4, 0.1 M bis-tris, Ph 5.6	分辨率 2.91 Å R-free 0.284

共 13 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CCL2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–76； UniProt 24–99 作者链 B； PDB构建体 1–76； UniProt 24–99

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1dom
沉积日期 deposition_date	1996-01-21
结构标题 title	SOLUTION STRUCTURE OF THE MONOCYTE CHEMOATTRACTANT PROTEIN-1 DIMER USING HETERONUCLEAR, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
关键词 keywords	HOMODIMER, HIGH RESOLUTION STRUCTURE, CHEMOATTRACTANT CYTOKINE, CHEMOKINE (CHEMOATTRACTANT CYTOKINE); CHEMOKINE (CHEMOATTRACTANT CYTOKINE)
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.89 Å
零角强度 I(0) i0	5936720.00
分子量 molecular_weight	17382.0 kDa
排除体积 excluded_volume	21705 Å³
包络体积 envelope_volume	28256 Å³
水化壳体积 shell_volume	13105 Å³
包络直径 envelope_diameter	65.7 Å
壳层 Rg shell_rg	24.11 Å
包络 Rg envelope_rg	19.48 Å
形状 Rg shape_rg	18.90 Å
总 Rg total_rg	19.79 Å
总原子数 total_atoms	2452
残基数 n_residues	152
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	65.5 Å
Rg (实空间) rg_real	19.79 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.44 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.9370e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.5000e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5937000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8609
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	17.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.326
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.631
角度范围 angular_range	— – 0.4050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1918000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.821; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.786; Smooth: 0.938

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1doma_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.9 — IL8-like
超家族 Superfamily superfamily	d.9.1 — Interleukin 8-like chemokines
家族 Family family	d.9.1.1 — Interleukin 8-like chemokines

结构域编号 domain_id	d1domb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.9 — IL8-like
超家族 Superfamily superfamily	d.9.1 — Interleukin 8-like chemokines
家族 Family family	d.9.1.1 — Interleukin 8-like chemokines

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1domA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	1domB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

描述 description	MCP-1
分子量 formula_weight	8699.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2452

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

SOLUTION STRUCTURE OF THE MONOCYTE CHEMOATTRACTANT PROTEIN-1 DIMER USING HETERONUCLEAR, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MCP-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/do/1dom/1dom.fit
pddf	/app/data/pr_computation/do/1dom/1dom.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/do/1dom/1dom.dat