1dq2

Unlocked metal-free concanavalin A

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 84.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Concanavalin-Br

物种未注明

UniProt P55915

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–237 链 B; UniProt 1–237 未记录 ACY ACETIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5;277 K;2 M ammonium sulphate, 100 mM sodium acetate, 3% (w/v) PEG4000, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.0K 分辨率 2.05 Å R-free 0.279

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 19 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CONA_CANBR
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–237; UniProt 1–237 作者链 B; PDB构建体 1–237; UniProt 1–237

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1dq2

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1dq2
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1dq2
沉积日期 deposition_date1999-12-29
结构标题 titleUnlocked metal-free concanavalin A
关键词 keywordsdemetallized, LECTIN, metal-free, unlocked, concanavalin A, SUGAR BINDING PROTEIN; SUGAR BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.71
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.68
零角强度 I(0) i036710000.00
分子量 molecular_weight47453.0 kDa
排除体积 excluded_volume59645 ų
包络体积 envelope_volume69171 ų
水化壳体积 shell_volume24788 ų
包络直径 envelope_diameter84.6
壳层 Rg shell_rg30.39
包络 Rg envelope_rg24.02
形状 Rg shape_rg23.65
总 Rg total_rg24.58
总原子数 total_atoms3356
残基数 n_residues444
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax84.0
Rg (实空间) rg_real24.77
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.58
I(0) (实空间) i0_real3.6710e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.4180e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.76
I(0) (倒空间) i0_reciprocal36710000.0000
解质量估计 total_estimate0.8707
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.7
偏度 Skewness skewness0.423
峰度 Kurtosis kurtosis-0.337
角度范围 angular_range— – 0.3200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7240000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.806; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.909; Smooth: 0.987

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1dq2a_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamilyb.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family familyb.29.1.1 — Legume lectins
结构域编号 domain_idd1dq2b_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamilyb.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family familyb.29.1.1 — Legume lectins

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1dq2A00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200
结构域编号 domain_id1dq2B00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)