SAXSdb — 1dqb

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

THROMBOMODULIN

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 344–426	片段：THE FOURTH AND FIFTH EGF-LIKE DOMAINS	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；310 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 1 NMR样品组成：1mM TM45 U-15N; 90% H2O, 10% D2O, pH 6.5 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1mM TM45; 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1DQB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1ADX FIFTH EGF-LIKE DOMAIN OF THROMBOMODULIN (TMEGF5), NMR, 14 STRUCTURES 提交 1997-02-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 405–444（40 aa）片段：FIFTH EGF-LIKE DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；298 K	分辨率未提供
1DX5 Crystal structure of the thrombin-thrombomodulin complex 提交 1999-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 I 363–480（118 aa）片段：EGF-LIKE DOMAINS 4 - 6	突变：YES	FMT FORMIC ACID × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 0GJ L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1 M NA ACETATE (PH 4.6), 1.8 M NA FORMATE, 0.002 M CA CHLORIDE	分辨率 2.30 Å R-free 0.241
1DX5 Crystal structure of the thrombin-thrombomodulin complex 提交 1999-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 J 363–480（118 aa）片段：EGF-LIKE DOMAINS 4 - 6	突变：YES	FMT FORMIC ACID × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 0GJ L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1 M NA ACETATE (PH 4.6), 1.8 M NA FORMATE, 0.002 M CA CHLORIDE	分辨率 2.30 Å R-free 0.241
1DX5 Crystal structure of the thrombin-thrombomodulin complex 提交 1999-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 K 363–480（118 aa）片段：EGF-LIKE DOMAINS 4 - 6	突变：YES	FMT FORMIC ACID × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 0GJ L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1 M NA ACETATE (PH 4.6), 1.8 M NA FORMATE, 0.002 M CA CHLORIDE	分辨率 2.30 Å R-free 0.241
1DX5 Crystal structure of the thrombin-thrombomodulin complex 提交 1999-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 L 363–480（118 aa）片段：EGF-LIKE DOMAINS 4 - 6	突变：YES	FMT FORMIC ACID × 2 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 0GJ L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1 M NA ACETATE (PH 4.6), 1.8 M NA FORMATE, 0.002 M CA CHLORIDE	分辨率 2.30 Å R-free 0.241
1EGT THROMBIN-BOUND STRUCTURE OF AN EGF SUBDOMAIN FROM HUMAN THROMBOMODULIN DETERMINED BY TRANSFERRED NUCLEAR OVERHAUSER EFFECTS 提交 1994-10-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 427–444（18 aa）	突变：DEL(ILE 420)	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1FGD EPIDERMAL GROWTH FACTOR (EGF) SUBDOMAIN OF HUMAN THROMBOMODULIN (NMR, 11 STRUCTURES) 提交 1995-11-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 427–444（18 aa）片段：C-TERMINAL SUBDOMAIN, RESIDUES 409 - 426, OF 5TH EPIDERMAL GROWTH FACTOR (EGF)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1FGE EPIDERMAL GROWTH FACTOR (EGF) SUBDOMAIN OF HUMAN THROMBOMODULIN (NMR, 14 STRUCTURES) 提交 1995-11-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 425–444（20 aa）片段：C-TERMINAL SUBDOMAIN, RESIDUES 407 - 426, OF 5TH EPIDERMAL GROWTH FACTOR (EGF)	突变：C409A	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1HLT THE STRUCTURE OF A NONADECAPEPTIDE OF THE FIFTH EGF DOMAIN OF THROMBOMODULIN COMPLEXED WITH THROMBIN 提交 1994-08-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 426–444（19 aa）	未记录	0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
1TMR THE STRUCTURE OF A 19 RESIDUE FRAGMENT FROM THE C-LOOP OF THE FOURTH EPIDERMAL GROWTH FACTOR-LIKE DOMAIN OF THROMBOMODULIN 提交 1994-05-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 389–407（19 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1ZAQ FOURTH EGF-LIKE DOMAIN OF THROMBOMODULIN, NMR, 12 STRUCTURES 提交 1995-09-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 364–407（44 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
2ADX FIFTH EGF-LIKE DOMAIN OF THROMBOMODULIN (TMEGF5), NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1997-02-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 405–444（40 aa）片段：FIFTH EGF-LIKE DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；298 K	分辨率未提供
3GIS Crystal Structure of Na-free Thrombin in Complex with Thrombomodulin 提交 2009-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 X 363–483（121 aa）片段：Thrombomodulin EGF domains 4-5-6, UNP residues 363-483	突变：M388L,R456G,H457Q	SO4 SULFATE ION × 7 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；294 K；0.2M LiSO4, 22% PEG3350, pH7.0, vapor diffusion, temperature 294K, VAPOR DIFFUSION	分辨率 2.40 Å R-free 0.259
3GIS Crystal Structure of Na-free Thrombin in Complex with Thrombomodulin 提交 2009-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 Y 363–483（121 aa）片段：Thrombomodulin EGF domains 4-5-6, UNP residues 363-483	突变：M388L,R456G,H457Q	SO4 SULFATE ION × 5 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；294 K；0.2M LiSO4, 22% PEG3350, pH7.0, vapor diffusion, temperature 294K, VAPOR DIFFUSION	分辨率 2.40 Å R-free 0.259
3GIS Crystal Structure of Na-free Thrombin in Complex with Thrombomodulin 提交 2009-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 Z 363–483（121 aa）片段：Thrombomodulin EGF domains 4-5-6, UNP residues 363-483	突变：M388L,R456G,H457Q	SO4 SULFATE ION × 3 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；294 K；0.2M LiSO4, 22% PEG3350, pH7.0, vapor diffusion, temperature 294K, VAPOR DIFFUSION	分辨率 2.40 Å R-free 0.259
5TO3 Crystal structure of thrombin mutant W215A/E217A fused to EGF456 of thrombomodulin via a 31-residue linker and bound to PPACK 提交 2016-10-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 363–483（121 aa）	突变：W215A, E217A	0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 K POTASSIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；100 mM HEPES and 20% PEG 8000	分辨率 2.34 Å R-free 0.255
7T4R CryoEM structure of the HCMV Pentamer gH/gL/UL128/UL130/UL131A in complex with THBD and neutralizing fabs MSL-109 and 13H11 提交 2021-12-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：nonadecameric	链 A 1–516（516 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 3.5s before plunging	分辨率 3.30 Å

共 12 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRBM_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–83； UniProt 344–426

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1dqb
沉积日期 deposition_date	2000-01-03
结构标题 title	NMR STRUCTURE OF THROMBOMODULIN EGF(4-5)
关键词 keywords	THROMBIN, EGF MODULE, ANTICOAGULANT, GLYCOSYLATION, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	14.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.13 Å
零角强度 I(0) i0	242797000.00
分子量 molecular_weight	116300.0 kDa
排除体积 excluded_volume	139120 Å³
包络体积 envelope_volume	31545 Å³
水化壳体积 shell_volume	15504 Å³
包络直径 envelope_diameter	63.0 Å
壳层 Rg shell_rg	23.21 Å
包络 Rg envelope_rg	18.05 Å
形状 Rg shape_rg	15.16 Å
总 Rg total_rg	15.29 Å
总原子数 total_atoms	15000
残基数 n_residues	996
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	58.2 Å
Rg (实空间) rg_real	15.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4280e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9720e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.11 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	242800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7600
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	14.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.553
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.167
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	554400.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.528; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.296; Smooth: 0.997

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1dqba1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.11 — EGF/Laminin
家族 Family family	g.3.11.1 — EGF-type module

结构域编号 domain_id	d1dqba2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.11 — EGF/Laminin
家族 Family family	g.3.11.1 — EGF-type module

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1dqbA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Laminin

结构域编号 domain_id	1dqbA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Laminin

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

描述 description	THROMBOMODULIN
分子量 formula_weight	9300.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	15000

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Pichia pastoris

NMR STRUCTURE OF THROMBOMODULIN EGF(4-5)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

THROMBOMODULIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

fit	/app/data/saxs_computation/dq/1dqb/1dqb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dq/1dqb/1dqb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dq/1dqb/1dqb.dat