SAXSdb — 1dux

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ETS-DOMAIN PROTEIN ELK-1

Homo sapiens

UniProt P19419

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 4 PDB 声明：hexameric（6）与全部聚合物数一致	链 C； UniProt 1–94 链 F； UniProt 1–94	片段：RESIDUES 1-94	;DNA (5'-D(TPGPAPCPCPGPGPAPAPGPTPGPT)-3') ; × 2 ;DNA (5'-D(APCPAPCPTPTPCPCPGPGPTPCPA)-3') ; × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；293 K；50 mM sodium Cacodylate, 10% PEG 2000, 100 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 3 mM ZnCl2, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1DUX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9F6Y CryoEM structure of Human Mediator subunit MED23 complexed with phosphorylated Elk-1 transcription factor 提交 2024-05-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 308–401（94 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.98 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ELK1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–94； UniProt 1–94 作者链 F； PDB构建体 1–94； UniProt 1–94

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1dux
沉积日期 deposition_date	2000-01-19
结构标题 title	ELK-1/DNA STRUCTURE REVEALS HOW RESIDUES DISTAL FROM DNA-BINDING SURFACE AFFECT DNA-RECOGNITION
关键词 keywords	ETS-DOMAIN, DNA-BINDING DOMAIN, WINGED HELIX-TURN-HELIX, DNA-BINDING SPECIFICITY, Transcription-DNA COMPLEX; Transcription/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.85 Å
零角强度 I(0) i0	35172700.00
分子量 molecular_weight	36423.0 kDa
排除体积 excluded_volume	41489 Å³
包络体积 envelope_volume	53103 Å³
水化壳体积 shell_volume	20689 Å³
包络直径 envelope_diameter	82.0 Å
壳层 Rg shell_rg	28.40 Å
包络 Rg envelope_rg	22.71 Å
形状 Rg shape_rg	22.72 Å
总 Rg total_rg	23.70 Å
总原子数 total_atoms	2512
残基数 n_residues	224
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	80.7 Å
Rg (实空间) rg_real	24.82 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.63 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.5170e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.7160e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.79 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	35170000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8785
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	24.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.437
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.432
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2914000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.893; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.830; Smooth: 0.909

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPGPAPCPCPGPGPAPAPGPTPGP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	4031.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	2775

TGACCGGAAGTGT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APCPAPCPTPTPCPCPGPGPTPCP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	3911.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B,E

ACACTTCCGGTCA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	ETS-DOMAIN PROTEIN ELK-1
分子量 formula_weight	11067.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

MDPSVTLWQFLLQLLREQGNGHIISWTSRDGGEFKLVDAEEVARLWGLRKNKTNMNYDKLSRALRYYYDKNIIRKVSGQKFVYKFVSYPEVAGC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	225

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1duxc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.21 — ets domain

结构域编号 domain_id	d1duxf_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.21 — ets domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1duxC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	1duxF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	33.245 Å
晶胞边长 b length_b	140.523 Å
晶胞边长 c length_c	38.620 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	115.52 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2020
R_free r_free	0.2360

fit	/app/data/saxs_computation/du/1dux/1dux.fit
pddf	/app/data/pr_computation/du/1dux/1dux.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/du/1dux/1dux.dat

ELK-1/DNA STRUCTURE REVEALS HOW RESIDUES DISTAL FROM DNA-BINDING SURFACE AFFECT DNA-RECOGNITION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ETS-DOMAIN PROTEIN ELK-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)