1dvh

STRUCTURE AND DYNAMICS OF FERROCYTOCHROME C553 FROM DESULFOVIBRIO VULGARIS STUDIED BY NMR SPECTROSCOPY AND RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS

Method: SOLUTION NMR

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CYTOCHROME C553

Desulfovibrio vulgaris

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	HEME C × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CY553_DESVH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–79； UniProt 25–103

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1dvh
沉积日期 deposition_date	1995-02-24
结构标题 title	STRUCTURE AND DYNAMICS OF FERROCYTOCHROME C553 FROM DESULFOVIBRIO VULGARIS STUDIED BY NMR SPECTROSCOPY AND RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS
关键词 keywords	ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1dvh__assembly_1__model_16

Assembly 1 · Model 16 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1dvh__assembly_1__model_16 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1dvh__assembly_1__model_16 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	12.17 Å
Rg（电子密度）	10.90 Å
总 Rg	12.24 Å
原子数	620
残基数	79
排除体积	11091 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1dvh__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	2	`1dvh__assembly_1__model_2`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	3	`1dvh__assembly_1__model_3`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	4	`1dvh__assembly_1__model_4`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	5	`1dvh__assembly_1__model_5`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	6	`1dvh__assembly_1__model_6`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	7	`1dvh__assembly_1__model_7`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	8	`1dvh__assembly_1__model_8`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	9	`1dvh__assembly_1__model_9`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	10	`1dvh__assembly_1__model_10`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	11	`1dvh__assembly_1__model_11`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	12	`1dvh__assembly_1__model_12`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	13	`1dvh__assembly_1__model_13`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	14	`1dvh__assembly_1__model_14`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	15	`1dvh__assembly_1__model_15`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	16	`1dvh__assembly_1__model_16`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	17	`1dvh__assembly_1__model_17`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	18	`1dvh__assembly_1__model_18`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	19	`1dvh__assembly_1__model_19`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	20	`1dvh__assembly_1__model_20`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	21	`1dvh__assembly_1__model_21`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	22	`1dvh__assembly_1__model_22`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	23	`1dvh__assembly_1__model_23`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	24	`1dvh__assembly_1__model_24`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	25	`1dvh__assembly_1__model_25`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	26	`1dvh__assembly_1__model_26`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	27	`1dvh__assembly_1__model_27`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	28	`1dvh__assembly_1__model_28`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	29	`1dvh__assembly_1__model_29`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	30	`1dvh__assembly_1__model_30`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	31	`1dvh__assembly_1__model_31`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	32	`1dvh__assembly_1__model_32`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	33	`1dvh__assembly_1__model_33`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	34	`1dvh__assembly_1__model_34`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	35	`1dvh__assembly_1__model_35`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	36	`1dvh__assembly_1__model_36`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1dvha_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.1 — monodomain cytochrome c

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1dvhA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

描述 description	CYTOCHROME C553
分子量 formula_weight	8317.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	22320

来源生物 organism	Desulfovibrio vulgaris
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	881

STRUCTURE AND DYNAMICS OF FERROCYTOCHROME C553 FROM DESULFOVIBRIO VULGARIS STUDIED BY NMR SPECTROSCOPY AND RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CYTOCHROME C553

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1dvh__assembly_1__model_16

1dvh__assembly_1__model_16 | I(q)

1dvh__assembly_1__model_16 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (2)

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

STRUCTURE AND DYNAMICS OF FERROCYTOCHROME C553 FROM DESULFOVIBRIO VULGARIS STUDIED BY NMR SPECTROSCOPY AND RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CYTOCHROME C553

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1dvh__assembly_1__model_16

1dvh__assembly_1__model_16 | I(q)

1dvh__assembly_1__model_16 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (2)