SAXSdb — 1e3o

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

OCTAMER-BINDING TRANSCRIPTION FACTOR 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 4 PDB 声明：hexameric（6）与全部聚合物数一致	链 C； UniProt 280–438	片段：DNA-BINDING DOMAIN 突变：YES	5'-D(APTPGPCPAPTPGPAPGPGPA)-3' × 2 5'-D(TPCPCPTPCPAPTPGPCPAPT)-3' × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；22% PEG3350, 50MM HEPES, PH 7.0, 1.8MM SPERMINE	分辨率 1.90 Å R-free 0.242

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1E3O	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CQT CRYSTAL STRUCTURE OF A TERNARY COMPLEX CONTAINING AN OCA-B PEPTIDE, THE OCT-1 POU DOMAIN, AND AN OCTAMER ELEMENT 提交 1999-08-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 277–439（163 aa）片段：OCT-1 POU DOMAIN, RESIDUES 278-439	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.20 Å R-free 0.326
1CQT CRYSTAL STRUCTURE OF A TERNARY COMPLEX CONTAINING AN OCA-B PEPTIDE, THE OCT-1 POU DOMAIN, AND AN OCTAMER ELEMENT 提交 1999-08-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 277–439（163 aa）片段：OCT-1 POU DOMAIN, RESIDUES 278-439	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.20 Å R-free 0.326
1GT0 Crystal structure of a POU/HMG/DNA ternary complex 提交 2002-01-09	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 C 280–438（159 aa）片段：POU DOMAIN RESIDUES 280-438	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；18% PEG3350, 50 MM HEPES PH 7.0, 20 MM MGCL2, 5% GLYCEROL	分辨率 2.60 Å R-free 0.285
1HF0 Crystal structure of the DNA-binding domain of Oct-1 bound to DNA as a dimer 提交 2000-11-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 280–438（159 aa）片段：DNA-BINDING DOMAIN 链 B 280–438（159 aa）片段：DNA-BINDING DOMAIN	突变：YES 突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.3；pH 5.30	分辨率 2.70 Å R-free 0.294
1O4X TERNARY COMPLEX OF THE DNA BINDING DOMAINS OF THE OCT1 AND SOX2 TRANSCRIPTION FACTORS WITH A 19MER OLIGONUCLEOTIDE FROM THE HOXB1 REGULATORY ELEMENT 提交 2003-07-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 303–465（163 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM SODIUM PHOSPHATE	分辨率未提供
1OCT CRYSTAL STRUCTURE OF THE OCT-1 POU DOMAIN BOUND TO AN OCTAMER SITE: DNA RECOGNITION WITH TETHERED DNA-BINDING MODULES 提交 1994-05-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 C 284–439（156 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
1POG SOLUTION STRUCTURE OF THE OCT-1 POU-HOMEO DOMAIN DETERMINED BY NMR AND RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS 提交 1994-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 378–437（60 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1POU THE SOLUTION STRUCTURE OF THE OCT-1 POU-SPECIFIC DOMAIN REVEALS A STRIKING SIMILARITY TO THE BACTERIOPHAGE LAMBDA REPRESSOR DNA-BINDING DOMAIN 提交 1993-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 284–354（71 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供

共 7 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	OCT1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–160； UniProt 280–438

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1e3o
沉积日期 deposition_date	2000-06-20
结构标题 title	Crystal structure of Oct-1 POU dimer bound to MORE
关键词 keywords	TRANSCRIPTION, POU DOMAIN, DIMER, DNA BINDING; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.86 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.61 Å
零角强度 I(0) i0	11930600.00
分子量 molecular_weight	21542.0 kDa
排除体积 excluded_volume	25105 Å³
包络体积 envelope_volume	30720 Å³
水化壳体积 shell_volume	15189 Å³
包络直径 envelope_diameter	60.5 Å
壳层 Rg shell_rg	23.01 Å
包络 Rg envelope_rg	17.83 Å
形状 Rg shape_rg	17.63 Å
总 Rg total_rg	18.32 Å
总原子数 total_atoms	1493
残基数 n_residues	154
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	62.1 Å
Rg (实空间) rg_real	17.86 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1930e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6570e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	11930000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8601
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.391
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.169
角度范围 angular_range	— – 0.4450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2336000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.736; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.974; Smooth: 0.997

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(APTPGPCPAPTPGPAPGPGP*A)-3'
分子量 formula_weight	3422.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1631

ATGCATGAGGA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(TPCPCPTPCPAPTPGPCPAP*T)-3'
分子量 formula_weight	3284.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

TCCTCATGCAT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	OCTAMER-BINDING TRANSCRIPTION FACTOR 1
分子量 formula_weight	18398.9 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

EEPSDLEELEQFAKTFKQRRIKLGFTQGDVGLAMGKLYGNDFSQTTISRFEALNLSFKNMSKLKPLLEKWLNDAEANLSSDSSLSSPSALNSPGIEGLSRRRKKRTSIETNIRVALEKSFMENQKPTSEDITLIAEQLNMEKEVIRVWFSNRRQKEKRIN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	138

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1e3oc1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family family	a.4.1.1 — Homeodomain

结构域编号 domain_id	d1e3oc2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.35 — lambda repressor-like DNA-binding domains
超家族 Superfamily superfamily	a.35.1 — lambda repressor-like DNA-binding domains
家族 Family family	a.35.1.1 — POU-specific domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1e3oC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — lambda repressor-like DNA-binding domains

结构域编号 domain_id	1e3oC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	93.300 Å
晶胞边长 b length_b	52.400 Å
晶胞边长 c length_c	69.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	127.60 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2200
R_work r_work	0.2200
R_free r_free	0.2420

fit	/app/data/saxs_computation/e3/1e3o/1e3o.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e3/1e3o/1e3o.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e3/1e3o/1e3o.dat

Crystal structure of Oct-1 POU dimer bound to MORE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

OCTAMER-BINDING TRANSCRIPTION FACTOR 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)