SAXSdb — 1e5n

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ENDO-1,4-BETA-XYLANASE A

PSEUDOMONAS FLUORESCENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合单体蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 264–611	片段：CATALYTIC DOMAIN RESIDUES 264-611 突变：YES	beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；HANGING DROP (10 MG/ML OF PROTEIN) WITH A RESERVOIR OF 0.1 M SODIUM CACODYLATE PH 6.5, 200 MM CALCIUM ACETATE, 1 MM BETA-MERCAPTOETHANOL, 14-18% PEG 8000	分辨率 3.20 Å R-free 0.245
2	其他组合单体蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 264–611	片段：CATALYTIC DOMAIN RESIDUES 264-611 突变：YES	beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；HANGING DROP (10 MG/ML OF PROTEIN) WITH A RESERVOIR OF 0.1 M SODIUM CACODYLATE PH 6.5, 200 MM CALCIUM ACETATE, 1 MM BETA-MERCAPTOETHANOL, 14-18% PEG 8000	分辨率 3.20 Å R-free 0.245

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1E5N	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CLX CATALYTIC CORE OF XYLANASE A 提交 1995-08-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 265–611（347 aa）片段：CATALYTIC CORE, RESIDUES 264 - 611 链 B 265–611（347 aa）片段：CATALYTIC CORE, RESIDUES 264 - 611	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 1.80 Å
1CLX CATALYTIC CORE OF XYLANASE A 提交 1995-08-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 265–611（347 aa）片段：CATALYTIC CORE, RESIDUES 264 - 611 链 D 265–611（347 aa）片段：CATALYTIC CORE, RESIDUES 264 - 611	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 1.80 Å
1E8R SOLUTION STRUCTURE OF TYPE X CBD 提交 2000-09-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 179–228（50 aa）片段：TYPE X CELLULOSE BINDING DOMAIN (CBDX)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.5；323 K；离子强度（mmCIF原始值）100MM NACL；压力 AMBIENT NMR样品组成 1MM CBDX NMR样品组成 50MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER NMR样品组成 100MM SODIUM CHLORIDE	分辨率未提供
1QLD Solution structure of type X CBM 提交 1999-08-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 180–228（49 aa）片段：CELLULOSE BINDING DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.5；323 K；离子强度（mmCIF原始值）100 MM NACL；压力 AMBIENT NMR样品组成 90% WATER / 10% D2O	分辨率未提供
1W2P The 3-dimensional structure of a xylanase (Xyn10A) from Cellvibrio japonicus 提交 2004-07-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 265–609（345 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 265-611 链 A 610–611（2 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 265-611	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.45 Å R-free 0.152
1W2P The 3-dimensional structure of a xylanase (Xyn10A) from Cellvibrio japonicus 提交 2004-07-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 265–609（345 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 265-611 链 B 610–611（2 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 265-611	未记录	CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.45 Å R-free 0.152
1W2V The 3-dimensional structure of a thermostable mutant of a xylanase (Xyn10A) from Cellvibrio japonicus 提交 2004-07-09	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 265–611（347 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 265-611	突变：YES	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.55 Å R-free 0.186
1W2V The 3-dimensional structure of a thermostable mutant of a xylanase (Xyn10A) from Cellvibrio japonicus 提交 2004-07-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 265–611（347 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 265-611	突变：YES	CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.55 Å R-free 0.186
1W32 The 3-dimensional structure of a thermostable mutant of a xylanase (Xyn10A) from Cellvibrio japonicus 提交 2004-07-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 265–611（347 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 265-611	突变：YES	CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.20 Å R-free 0.144
1W32 The 3-dimensional structure of a thermostable mutant of a xylanase (Xyn10A) from Cellvibrio japonicus 提交 2004-07-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 265–611（347 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 265-611	突变：YES	CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.20 Å R-free 0.144
1W3H The 3-dimensional structure of a thermostable mutant of a xylanase (Xyn10A) from Cellvibrio japonicus 提交 2004-07-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 265–611（347 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 265-611	突变：YES	CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.50 Å R-free 0.251
1W3H The 3-dimensional structure of a thermostable mutant of a xylanase (Xyn10A) from Cellvibrio japonicus 提交 2004-07-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 265–611（347 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 265-611	突变：YES	CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.50 Å R-free 0.251
1XYS CATALYTIC CORE OF XYLANASE A E246C MUTANT 提交 1994-09-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 265–611（347 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1XYS CATALYTIC CORE OF XYLANASE A E246C MUTANT 提交 1994-09-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 265–611（347 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å

共 8 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	XYNA_PSEFL
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–348； UniProt 264–611 作者链 B； PDB构建体 1–348； UniProt 264–611

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1e5n
沉积日期 deposition_date	2000-07-27
结构标题 title	E246C mutant of P fluorescens subsp. cellulosa xylanase A in complex with xylopentaose
关键词 keywords	GLYCOSYL HYDROLASE, FAMILY 10, XYLAN DEGRADATION, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.62 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.73 Å
零角强度 I(0) i0	104958000.00
分子量 molecular_weight	77880.0 kDa
排除体积 excluded_volume	96147 Å³
包络体积 envelope_volume	112780 Å³
水化壳体积 shell_volume	35548 Å³
包络直径 envelope_diameter	80.1 Å
壳层 Rg shell_rg	34.12 Å
包络 Rg envelope_rg	25.45 Å
形状 Rg shape_rg	25.72 Å
总 Rg total_rg	26.58 Å
总原子数 total_atoms	5494
残基数 n_residues	692
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	79.2 Å
Rg (实空间) rg_real	26.48 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.39 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0500e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3270e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.53 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	105000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9085
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	77.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.198
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.494
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	41510000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.956; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.955

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ENDO-1,4-BETA-XYLANASE A
分子量 formula_weight	38548.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.8
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5494

NGLASLADFPIGVAVAASGGNADIFTSSARQNIVRAEFNQITAENIMKMSYMYSGSNFSFTNSDRLVSWAAQNGQTVHGHALVWHPSYQLPNWASDSNANFRQDFARHIDTVAAHFAGQVKSWDVVNEALFDSADDPDGRGSANGYRQSVFYRQFGGPEYIDEAFRRARAADPTAELYYNDFNTEENGAKTTALVNLVQRLLNNGVPIDGVGFQMHVMNDYPSIANIRQAMQKIVALSPTLKIKITCLDVRLNNPYDGNSSNDYTNRNDCAVSCAGLDRQKARYKEIVQAYLEVVPPGRRGGITVWGIADPDSWLYTHQNLPDWPLLFNDNLQPKPAYQGVVEALSGR

来源 Source

来源生物 organism	PSEUDOMONAS FLUORESCENS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	294
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose
分子量 formula_weight	678.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1e5na_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.3 — beta-glycanases

结构域编号 domain_id	d1e5nb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.3 — beta-glycanases

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1e5nA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	1e5nB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

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8. 引用文献 (4)

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晶胞边长 a length_a	96.700 Å
晶胞边长 b length_b	96.700 Å
晶胞边长 c length_c	152.700 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	29.700 Å
R 因子 r_factor	0.1900
R_work r_work	0.1900
R_free r_free	0.2450

fit	/app/data/saxs_computation/e5/1e5n/1e5n.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e5/1e5n/1e5n.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e5/1e5n/1e5n.dat

E246C mutant of P fluorescens subsp. cellulosa xylanase A in complex with xylopentaose

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ENDO-1,4-BETA-XYLANASE A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction