SAXSdb — 1e5n

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ENDO-1,4-BETA-XYLANASE A

PSEUDOMONAS FLUORESCENS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose × 1 CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致
2	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose × 1 CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	XYNA_PSEFL
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–348； UniProt 264–611 作者链 B； PDB构建体 1–348； UniProt 264–611

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1e5n
沉积日期 deposition_date	2000-07-27
结构标题 title	E246C mutant of P fluorescens subsp. cellulosa xylanase A in complex with xylopentaose
关键词 keywords	GLYCOSYL HYDROLASE, FAMILY 10, XYLAN DEGRADATION, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1e5n__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1e5n__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1e5n__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.66 Å
Rg（电子密度）	19.35 Å
总 Rg	20.21 Å
原子数	2747
残基数	346
排除体积	48074 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1e5n__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1e5n__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ENDO-1,4-BETA-XYLANASE A
分子量 formula_weight	38548.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.8
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5494

NGLASLADFPIGVAVAASGGNADIFTSSARQNIVRAEFNQITAENIMKMSYMYSGSNFSFTNSDRLVSWAAQNGQTVHGHALVWHPSYQLPNWASDSNANFRQDFARHIDTVAAHFAGQVKSWDVVNEALFDSADDPDGRGSANGYRQSVFYRQFGGPEYIDEAFRRARAADPTAELYYNDFNTEENGAKTTALVNLVQRLLNNGVPIDGVGFQMHVMNDYPSIANIRQAMQKIVALSPTLKIKITCLDVRLNNPYDGNSSNDYTNRNDCAVSCAGLDRQKARYKEIVQAYLEVVPPGRRGGITVWGIADPDSWLYTHQNLPDWPLLFNDNLQPKPAYQGVVEALSGR

来源 Source

来源生物 organism	PSEUDOMONAS FLUORESCENS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	294
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose
分子量 formula_weight	678.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1e5na_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.3 — beta-glycanases

结构域编号 domain_id	d1e5nb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.3 — beta-glycanases

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1e5nA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	1e5nB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

▶

晶胞边长 a length_a	96.700 Å
晶胞边长 b length_b	96.700 Å
晶胞边长 c length_c	152.700 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	29.700 Å
R 因子 r_factor	0.1900
R_work r_work	0.1900
R_free r_free	0.2450

E246C mutant of P fluorescens subsp. cellulosa xylanase A in complex with xylopentaose

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ENDO-1,4-BETA-XYLANASE A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1e5n__assembly_1__model_1

1e5n__assembly_1__model_1 | I(q)

1e5n__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (4)

E246C mutant of P fluorescens subsp. cellulosa xylanase A in complex with xylopentaose

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ENDO-1,4-BETA-XYLANASE A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1e5n__assembly_1__model_1

1e5n__assembly_1__model_1 | I(q)

1e5n__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (4)