1e7d

Endonuclease VII (ENDOVII) Ffrom Phage T4

Method: X-RAY DIFFRACTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RECOMBINATION ENDONUCLEASE VII

BACTERIOPHAGE T4

UniProt P13340

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 ZINC ION × 2 CALCIUM ION × 2 CHLORIDE ION × 3 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 END7_BPT4
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–157; UniProt 1–157 作者链 B; PDB构建体 1–157; UniProt 1–157

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1e7d
沉积日期 deposition_date2000-08-28
结构标题 titleEndonuclease VII (ENDOVII) Ffrom Phage T4
关键词 keywordsHYDROLASE, ENDONUCLEASE, RESOLVASE, HOLLIDAY JUNCTION, DNASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1e7d__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1e7d__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1e7d__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)25.88 Å
Rg(电子密度)25.77 Å
总 Rg26.29 Å
原子数2551
残基数314
排除体积45360 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1e7d__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1e7da1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.140 — LEM/SAP HeH motif
超家族 Superfamily superfamilya.140.4 — Recombination endonuclease VII, C-terminal and dimerization domains
家族 Family familya.140.4.1 — Recombination endonuclease VII, C-terminal and dimerization domains
结构域编号 domain_idd1e7da2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.4 — His-Me finger endonucleases
超家族 Superfamily superfamilyd.4.1 — His-Me finger endonucleases
家族 Family familyd.4.1.5 — Recombination endonuclease VII, N-terminal domain
结构域编号 domain_idd1e7db1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.140 — LEM/SAP HeH motif
超家族 Superfamily superfamilya.140.4 — Recombination endonuclease VII, C-terminal and dimerization domains
家族 Family familya.140.4.1 — Recombination endonuclease VII, C-terminal and dimerization domains
结构域编号 domain_idd1e7db2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.4 — His-Me finger endonucleases
超家族 Superfamily superfamilyd.4.1 — His-Me finger endonucleases
家族 Family familyd.4.1.5 — Recombination endonuclease VII, N-terminal domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1e7dA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology1800 — His-Me finger endonuclease fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — His-Me finger endonucleases
结构域编号 domain_id1e7dA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology720 — Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id1e7dB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology1800 — His-Me finger endonuclease fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — His-Me finger endonucleases
结构域编号 domain_id1e7dB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology720 — Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10

7. 引用文献 (2)