SAXSdb — 1e8r

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ENDO-1,4-BETA-XYLANASE

PSEUDOMONAS FLUORESCENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 179–228	片段：TYPE X CELLULOSE BINDING DOMAIN (CBDX)	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 4.5；323 K；离子强度（mmCIF原始值）100MM NACL；压力 AMBIENT NMR样品组成：1MM CBDX NMR样品组成：50MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER NMR样品组成：100MM SODIUM CHLORIDE	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1E8R	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CLX CATALYTIC CORE OF XYLANASE A 提交 1995-08-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 265–611（347 aa）片段：CATALYTIC CORE, RESIDUES 264 - 611 链 B 265–611（347 aa）片段：CATALYTIC CORE, RESIDUES 264 - 611	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 1.80 Å
1CLX CATALYTIC CORE OF XYLANASE A 提交 1995-08-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 265–611（347 aa）片段：CATALYTIC CORE, RESIDUES 264 - 611 链 D 265–611（347 aa）片段：CATALYTIC CORE, RESIDUES 264 - 611	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 1.80 Å
1E5N E246C mutant of P fluorescens subsp. cellulosa xylanase A in complex with xylopentaose 提交 2000-07-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 264–611（348 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN RESIDUES 264-611	突变：YES	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；HANGING DROP (10 MG/ML OF PROTEIN) WITH A RESERVOIR OF 0.1 M SODIUM CACODYLATE PH 6.5, 200 MM CALCIUM ACETATE, 1 MM BETA-MERCAPTOETHANOL, 14-18% PEG 8000	分辨率 3.20 Å R-free 0.245
1E5N E246C mutant of P fluorescens subsp. cellulosa xylanase A in complex with xylopentaose 提交 2000-07-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 264–611（348 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN RESIDUES 264-611	突变：YES	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；HANGING DROP (10 MG/ML OF PROTEIN) WITH A RESERVOIR OF 0.1 M SODIUM CACODYLATE PH 6.5, 200 MM CALCIUM ACETATE, 1 MM BETA-MERCAPTOETHANOL, 14-18% PEG 8000	分辨率 3.20 Å R-free 0.245
1QLD Solution structure of type X CBM 提交 1999-08-26	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 180–228（49 aa）片段：CELLULOSE BINDING DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.5；323 K；离子强度（mmCIF原始值）100 MM NACL；压力 AMBIENT NMR样品组成 90% WATER / 10% D2O	分辨率未提供
1W2P The 3-dimensional structure of a xylanase (Xyn10A) from Cellvibrio japonicus 提交 2004-07-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 265–609（345 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 265-611 链 A 610–611（2 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 265-611	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.45 Å R-free 0.152
1W2P The 3-dimensional structure of a xylanase (Xyn10A) from Cellvibrio japonicus 提交 2004-07-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 265–609（345 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 265-611 链 B 610–611（2 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 265-611	未记录	CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.45 Å R-free 0.152
1W2V The 3-dimensional structure of a thermostable mutant of a xylanase (Xyn10A) from Cellvibrio japonicus 提交 2004-07-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 265–611（347 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 265-611	突变：YES	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.55 Å R-free 0.186
1W2V The 3-dimensional structure of a thermostable mutant of a xylanase (Xyn10A) from Cellvibrio japonicus 提交 2004-07-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 265–611（347 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 265-611	突变：YES	CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.55 Å R-free 0.186
1W32 The 3-dimensional structure of a thermostable mutant of a xylanase (Xyn10A) from Cellvibrio japonicus 提交 2004-07-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 265–611（347 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 265-611	突变：YES	CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.20 Å R-free 0.144
1W32 The 3-dimensional structure of a thermostable mutant of a xylanase (Xyn10A) from Cellvibrio japonicus 提交 2004-07-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 265–611（347 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 265-611	突变：YES	CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.20 Å R-free 0.144
1W3H The 3-dimensional structure of a thermostable mutant of a xylanase (Xyn10A) from Cellvibrio japonicus 提交 2004-07-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 265–611（347 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 265-611	突变：YES	CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.50 Å R-free 0.251
1W3H The 3-dimensional structure of a thermostable mutant of a xylanase (Xyn10A) from Cellvibrio japonicus 提交 2004-07-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 265–611（347 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 265-611	突变：YES	CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.50 Å R-free 0.251
1XYS CATALYTIC CORE OF XYLANASE A E246C MUTANT 提交 1994-09-02	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 265–611（347 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1XYS CATALYTIC CORE OF XYLANASE A E246C MUTANT 提交 1994-09-02	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 265–611（347 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å

共 8 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	XYNA_PSEFL
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–50； UniProt 179–228

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1e8r
沉积日期 deposition_date	2000-09-28
结构标题 title	SOLUTION STRUCTURE OF TYPE X CBD
关键词 keywords	HYDROLASE, BETA STRANDS, ANTIPARALLEL SHEETS; HYDROLASE
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	10.01 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	9.78 Å
零角强度 I(0) i0	13103000.00
分子量 molecular_weight	26990.0 kDa
排除体积 excluded_volume	32828 Å³
包络体积 envelope_volume	9388 Å³
水化壳体积 shell_volume	7660 Å³
包络直径 envelope_diameter	34.4 Å
壳层 Rg shell_rg	16.12 Å
包络 Rg envelope_rg	11.43 Å
形状 Rg shape_rg	9.76 Å
总 Rg total_rg	10.38 Å
总原子数 total_atoms	3605
残基数 n_residues	250
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	34.4 Å
Rg (实空间) rg_real	9.98 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.28 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3100e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3720e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	9.98 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	13100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7674
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	12.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.188
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.406
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	34020.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.847; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.499; Positv: 1.000; Valcen: 0.959; Smooth: 0.974

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1e8ra1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.29 — Type X cellulose binding domain, CBDX
超家族 Superfamily superfamily	g.29.1 — Type X cellulose binding domain, CBDX
家族 Family family	g.29.1.1 — Type X cellulose binding domain, CBDX

结构域编号 domain_id	d1e8ra2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1e8rA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	32 — Xylanase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — CBM10

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

描述 description	ENDO-1,4-BETA-XYLANASE
分子量 formula_weight	5400.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3605

来源生物 organism	PSEUDOMONAS FLUORESCENS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	294
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

SOLUTION STRUCTURE OF TYPE X CBD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ENDO-1,4-BETA-XYLANASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/e8/1e8r/1e8r.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e8/1e8r/1e8r.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e8/1e8r/1e8r.dat