1e9v

XENON BOUND IN HYDROPHOBIC CHANNEL OF HYBRID CLUSTER PROTEIN FROM DESULFOVIBRIO VULGARIS

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HYDROXYLAMINE REDUCTASE

DESULFOVIBRIO VULGARIS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	IRON/SULFUR/OXYGEN HYBRID CLUSTER × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 XENON × 13 1,2-ETHANEDIOL × 1 ACETIC ACID × 1 GLYCEROL × 1 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PRIS_DESVH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–553； UniProt 1–553

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1e9v
沉积日期 deposition_date	2000-10-27
结构标题 title	XENON BOUND IN HYDROPHOBIC CHANNEL OF HYBRID CLUSTER PROTEIN FROM DESULFOVIBRIO VULGARIS
关键词 keywords	OXIDOREDUCTASE, CUBANE, IRON SULFUR, THIOCYSTEINE, PRISMANE, HYDROPHOBIC CAVITY, S-MERCAPTOCYSTEINE, FUSCOREDOXIN; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1e9v__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1e9v__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1e9v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.74 Å
Rg（电子密度）	23.14 Å
总 Rg	23.55 Å
原子数	4270
残基数	552
排除体积	77079 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1e9v__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HYDROXYLAMINE REDUCTASE
分子量 formula_weight	60074.7 kDa
EC 编号 ec_number	1.7.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5026

MFCFQCQETAKNTGCTVKGMCGKPEETANLQDLLIFVLRGIAIYGEKLKELGQPDRSNDDFVLQGLFATITNANWDDARFEAMISEGLARRDKLRNAFLAVYKAKNGKDFSEPLPEAATWTGDSTAFAEKAKSVGILATENEDVRSLRELLIIGLKGVAAYAEHAAVLGFRKTEIDEFMLEALASTTKDLSVDEMVALVMKAGGMAVTTMALLDEANTTTYGNPEITQVNIGVGKNPGILISGHDLKDMAELLKQTEGTGVDVYTHGEMLPANYYPAFKKYPHFVGNYGGSWWQQNPEFESFNGPILLTTNCLVPLKKENTYLDRLYTTGVVGYEGAKHIADRPAGGAKDFSALIAQAKKCPPPVEIETGSIVGGFAHHQVLALADKVVEAVKSGAIKRFVVMAGCDGRQKSRSYYTEVAENLPKDTVILTAGCAKYRYNKLNLGDIGGIPRVLDAGQCNDSYSLAVIALKLKEVFGLDDINDLPVSYDIAWYEQKAVAVLLALLFLGVKGIRLGPTLPAFLSPNVAKVLVENFNIKPIGTVQDDIAAMMAGK

来源 Source

来源生物 organism	DESULFOVIBRIO VULGARIS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	881
宿主生物 host_organism	DESULFOVIBRIO VULGARIS

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR/OXYGEN HYBRID CLUSTER
分子量 formula_weight	367.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	XENON
分子量 formula_weight	131.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ACETIC ACID
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	748

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1e9va_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.26 — Prismane protein-like
超家族 Superfamily superfamily	e.26.1 — Prismane protein-like
家族 Family family	e.26.1.1 — Hybrid cluster protein (prismane protein)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1e9vA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1270 — Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1e9vA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1270 — Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1e9vA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2030 —

结构域编号 domain_id	1e9vA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2030 —

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晶胞边长 a length_a	63.620 Å
晶胞边长 b length_b	64.598 Å
晶胞边长 c length_c	152.254 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.790 Å
最低分辨率 resolution_low	38.070 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1610
R_free r_free	0.1970

XENON BOUND IN HYDROPHOBIC CHANNEL OF HYBRID CLUSTER PROTEIN FROM DESULFOVIBRIO VULGARIS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HYDROXYLAMINE REDUCTASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1e9v__assembly_1__model_1

1e9v__assembly_1__model_1 | I(q)

1e9v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

XENON BOUND IN HYDROPHOBIC CHANNEL OF HYBRID CLUSTER PROTEIN FROM DESULFOVIBRIO VULGARIS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HYDROXYLAMINE REDUCTASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1e9v__assembly_1__model_1

1e9v__assembly_1__model_1 | I(q)

1e9v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)