THIOSTREPTON
物种未注明
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 | 链 A； UniProt 1–17 | 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 无其他共同聚合物 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；1ML 15.38MG/ML THIOSTREPTON IN CHLOROFORM_ISOAMYL ALCOHOL + 100 MICROL GLYCEROL + 200 MICROL ETHANOL. BATCH METHOD, pH 7.00 | 分辨率 1.02 Å R-free 0.142 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 1E9W | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1OLN Model for thiostrepton antibiotic binding to L11 substrate from 50S ribosomal RNA 提交 2003-08-08 | 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 B
1–17（17 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
实验方法未声明
NMR测量条件
pH 6.2；303 K；离子强度（mmCIF原始值）100 MM NACL, 5 MM MGCL2；压力 1
|
分辨率未提供 |
| 2JQ7 Model for thiostrepton binding to the ribosomal L11-RNA 提交 2007-05-30 | 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 C
1–17（17 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6.1；298 K；离子强度（mmCIF原始值）220；压力 1
NMR样品组成
0.3 MM [U-13C, U-15N U-2H] RIBOSOMAL PROTEIN L11, 0.3 MM RIBOSOMAL RNA, 0.3 MM THIOSTREPTON ANTIBIOTIC, 20 MM POTASSIUM PHOSPHATE, 200 MM POTASSIUM CHLORIDE, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2L2W Thiostrepton 提交 2010-08-27 | 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–17（17 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
298 K；压力 ambient
NMR样品组成
10 mM thiostrepton, chloroform-d/ethanol-d5 5:1 | chloroform-d/ethanol-d5 5:1
|
分辨率未提供 |
| 2L2X Thiostrepton, oxidized at CA-CB bond of residue 9 提交 2010-08-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–16（16 aa）
片段：residues 1-16
|
突变：(DCY)9(BB9) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
298 K；压力 ambient
NMR样品组成
10 mM thiostrepton (BB9, 9), chloroform-d/ethanol-d5 5:1 | chloroform-d/ethanol-d5 5:1
|
分辨率未提供 |
| 2L2Y Thiostrepton, epimer form of residue 9 提交 2010-08-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–16（16 aa）
片段：residues 1-16
|
突变：(DCY)9C 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
298 K；压力 ambient
NMR样品组成
10 mM thiostrepton (epi,9), chloroform-d/ethanol-d5 5:1 | chloroform-d/ethanol-d5 5:1
|
分辨率未提供 |
| 2L2Z Thiostrepton, reduced at N-CA bond of residue 14 提交 2010-08-27 | 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–17（17 aa）
|
突变：(MH6)14(DSN) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
298 K；压力 ambient
NMR样品组成
10 mM thiostrepton (DSN 14), chloroform-d/ethanol-d5 5:1 | chloroform-d/ethanol-d5 5:1
|
分辨率未提供 |
| 3CF5 Thiopeptide antibiotic Thiostrepton bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-02 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric |
链 5
1–17（17 aa）
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 36 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.318 |
| 4HP2 Invariom refinement of a new dimeric monoclinic 2 solvate of thiostrepton at 0.64 angstrom resolution 提交 2012-10-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
56–72（17 aa）
片段：UNP RESIDUES 56-72
链 B
56–72（17 aa）
片段：UNP RESIDUES 56-72
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | DMF DIMETHYLFORMAMIDE × 8 ETZ diethyl ether × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；DIMETHYLFORMAMID, DIETHYLETHER, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION
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分辨率 0.64 Å |
| 5D8H CRYSTAL STRUCTURE OF THE BASE OF THE RIBOSOMAL P STALK FROM METHANOCOCCUS JANNASCHII WITH ANTIBIOTIC THIOSTREPTON 提交 2015-08-17 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric |
链 D
0–18（19 aa）
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 11 NA SODIUM ION × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；0.1 mM Tris-HCl, pH 7.5, 10% PEG 8000, 20% glycerol, 1 mM TCEP (tris(2-carboxyethyl)phosphine), 0.125 mM CTAB
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.245 |
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查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | THCL_STRAJ |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 2–18； UniProt 1–17 |
