SAXSdb — 1e9y

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UREASE SUBUNIT ALPHA

HELICOBACTER PYLORI

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	UREASE SUBUNIT BETA × 12 （P69996） ACETOHYDROXAMIC ACID × 12 NICKEL (II) ION × 24 water × 24	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	URE23_HELPY
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–238； UniProt 1–238

UREASE SUBUNIT BETA

HELICOBACTER PYLORI

UniProt P69996

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	UREASE SUBUNIT ALPHA × 12 （P14916） ACETOHYDROXAMIC ACID × 12 NICKEL (II) ION × 24 water × 24	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	URE1_HELPY
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–569； UniProt 1–569

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1e9y
沉积日期 deposition_date	2000-11-01
结构标题 title	Crystal structure of Helicobacter pylori urease in complex with acetohydroxamic acid
关键词 keywords	HYDROLASE, DODECAMER; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1e9y__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1e9y__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1e9y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	60.84 Å
Rg（电子密度）	59.98 Å
总 Rg	60.27 Å
原子数	74472
残基数	9672
排除体积	1322300 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1e9y__assembly_1__model_1`	24-meric （24）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	UREASE SUBUNIT ALPHA
分子量 formula_weight	26571.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6272

MKLTPKELDKLMLHYAGELAKKRKEKGIKLNYVEAVALISAHIMEEARAGKKTAAELMQEGRTLLKPDDVMDGVASMIHEVGIEAMFPDGTKLVTVHTPIEANGKLVPGELFLKNEDITINEGKKAVSVKVKNVGDRPVQIGSHFHFFEVNRCLDFDREKTFGKRLDIAAGTAVRFEPGEEKSVELIDIGGNRRIFGFNALVDRQADNESKKIALHRAKERGFHGAKSDDNYVKTIKE

来源 Source

来源生物 organism	HELICOBACTER PYLORI
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	210
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	UREASE SUBUNIT BETA
分子量 formula_weight	61761.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MKKISRKEYVSMYGPTTGDKVRLGDTDLIAEVEHDYTIYGEELKFGGGKTLREGMSQSNNPSKEELDLIITNALIVDYTGIYKADIGIKDGKIAGIGKGGNKDMQDGVKNNLSVGPATEALAGEGLIVTAGGIDTHIHFISPQQIPTAFASGVTTMIGGGTGPADGTNATTITPGRRNLKWMLRAAEEYSMNLGFLAKGNASNDASLADQIEAGAIGFKIHEDWGTTPSAINHALDVADKYDVQVAIHTDTLNEAGCVEDTMAAIAGRTMHTFHTEGAGGGHAPDIIKVAGEHNILPASTNPTIPFTVNTEAEHMDMLMVCHHKDKSIKEDVQFADSRIRPQTIAAEDTLHDMGAFSITSSDSQAMGRVGEVITRTWQTADKNKKEFGRLKEEKGDNDNFRIKRYLSKYTINPAIAHGISEYVGSVEVGKVADLVLWSPAFFGVKPNMIIKGGFIALSQMGDANASIPTPQPVYYREMFAHHGKAKYDANITFVSQAAYDKGIKEELGLERQVLPVKNCRNVTKKDMQFNNTTAHIEVNPETYHVFVDGKEVTSKPANKVSLAQLFSIF

来源 Source

来源生物 organism	HELICOBACTER PYLORI
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	210
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ACETOHYDROXAMIC ACID
分子量 formula_weight	75.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	66

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1e9ya1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.3 — Urease, beta-subunit
家族 Family family	b.85.3.1 — Urease, beta-subunit

结构域编号 domain_id	d1e9ya2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.8 — Urease, gamma-subunit
超家族 Superfamily superfamily	d.8.1 — Urease, gamma-subunit
家族 Family family	d.8.1.1 — Urease, gamma-subunit

结构域编号 domain_id	d1e9yb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.92 — Composite domain of metallo-dependent hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	b.92.1 — Composite domain of metallo-dependent hydrolases
家族 Family family	b.92.1.1 — alpha-Subunit of urease

结构域编号 domain_id	d1e9yb2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.9 — Metallo-dependent hydrolases
家族 Family family	c.1.9.2 — alpha-subunit of urease, catalytic domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1e9yA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	150 — Urease, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Urease, beta subunit

结构域编号 domain_id	1e9yA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	280 — Urease; subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Urease, gamma-like subunit

结构域编号 domain_id	1e9yB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	40 — Urease, subunit C; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Urease, subunit C, domain 1

结构域编号 domain_id	1e9yB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Metal-dependent hydrolases

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晶胞边长 a length_a	178.160 Å
晶胞边长 b length_b	178.160 Å
晶胞边长 c length_c	178.160 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	I 2 3
空间群编号 int_tables_number	197
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2130
R_work r_work	0.2130
R_free r_free	0.2820

Crystal structure of Helicobacter pylori urease in complex with acetohydroxamic acid

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UREASE SUBUNIT ALPHA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

UREASE SUBUNIT BETA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1e9y__assembly_1__model_1

1e9y__assembly_1__model_1 | I(q)

1e9y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Helicobacter pylori urease in complex with acetohydroxamic acid

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UREASE SUBUNIT ALPHA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

UREASE SUBUNIT BETA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1e9y__assembly_1__model_1

1e9y__assembly_1__model_1 | I(q)

1e9y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)