SAXSdb — 8hc1

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8hc1
沉积日期 deposition_date	2022-11-01
结构标题 title	CryoEM structure of Helicobacter pylori UreFD/urease complex
关键词 keywords	Urease, activation complex, UreA, UreB, UreC, UreF, UreD, UreH, Helicobacter pylori, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	79.30 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	79.25 Å
零角强度 I(0) i0	39918800000.00
分子量 molecular_weight	1706000.0 kDa
排除体积 excluded_volume	2136100 Å³
包络体积 envelope_volume	2874400 Å³
水化壳体积 shell_volume	284620 Å³
包络直径 envelope_diameter	285.6 Å
壳层 Rg shell_rg	88.55 Å
包络 Rg envelope_rg	79.69 Å
形状 Rg shape_rg	79.22 Å
总 Rg total_rg	79.42 Å
总原子数 total_atoms	119844
残基数 n_residues	15468
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	203.9 Å
Rg (实空间) rg_real	77.09 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8790e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.2890e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	80.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	40020000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8831
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	91.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.142
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.438
角度范围 angular_range	— – 0.1000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.1382
最高正则化参数 α highest_alpha	2489000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	21
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.950; Stabil: 0.985; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.006

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Urease subunit alpha
分子量 formula_weight	26587.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,I,M,Q,U,Y,c,g,k,o,s
原子数 atom_count	120048

MKLTPKELDKLMLHYAGELAKKRKEKGIKLNYVEAVALISAHIMEEARAGKKTAAELMQEGRTLLKPDDVMDGVASMIHEVGIEAMFPDGTKLVTVHTPIEANGKLVPGELFLKNEDITINEGKKAVSVKVKNVGDRPVQIGSHFHFFEVNRCLDFDREKTFGKRLDIASGTAVRFEPGEEKSVELIDIGGNRRIFGFNALVDRQADNESKKIALHRAKERGFHGAKSDDNYVKTIKE

来源 Source

来源生物 organism	Helicobacter pylori 26695
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	85962
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Urease subunit beta
分子量 formula_weight	61759.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F,J,N,R,V,Z,d,h,l,p,t

MKKISRKEYVSMYGPTTGDKVRLGDTDLIAEVEHDYTIYGEELKFGGGKTLREGMSQSNNPSKEELDLIITNALIVDYTGIYKADIGIKDGKIAGIGKGGNKDMQDGVKNNLSVGPATEALAGEGLIVTAGGIDTHIHFISPQQIPTAFASGVTTMIGGGTGPADGTNATTITPGRRNLKWMLRAAEEYSMNLGFLAKGNASNDASLADQIEAGAIGFKIHEDWGTTPSAINHALDVADKYDVQVAIHTDTLNEAGCVEDTMAAIAGRTMHTFHTEGAGGGHAPDIIKVAGEHNILPASTNPTIPFTVNTEAEHMDMLMVCHHLDKSIKEDVQFADSRIRPQTIAAEDTLHDMGIFSITSSDSQAMGRVGEVITRTWQTADKNKKEFGRLKEEKGDNDNFRIKRYLSKYTINPAIAHGISEYVGSVEVGKVADLVLWSPAFFGVKPNMIIKGGFIALSQMGDANASIPTPQPVYYREMFAHHGKAKYDANITFVSQAAYDKGIKEELGLERQVLPVKNCRNITKKDMQFNDTTAHIEVNPETYHVFVDGKEVTSKPANKVSLAQLFSIF

来源 Source

来源生物 organism	Helicobacter pylori 26695
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	85962
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Urease accessory protein UreH
分子量 formula_weight	30741.2 kDa
突变 mutation	E140A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G,K,O,S,W,a,e,i,m,q,u

MNTYAQESKLRLKTKIGADGRCVIEDNFFTPPFKLMAPFYPKDDLAEIMLLAVSPGMMRGDAQDVQLNIGPNCKLRITSQSFEKIHNTEDGFASRDMHIVVGENAFLDFAPFPLIPFENAHFKGNTTISLRSSSQLLYSAIIVAGRVARNELFKFNRLHTKISILQDEKPIYYDNTILDPKTTDLNNMCMFDGYTHYLNLVLVNCPIELSGVRECIEESEGVDGAVSETASSHLCVKALAKGSEPLLHLREKIARLVTQTTTQKVWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Helicobacter pylori 26695
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	85962
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	Urease accessory protein UreF
分子量 formula_weight	28517.6 kDa
突变 mutation	R179A, Y183D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H,L,P,T,X,b,f,j,n,r,v

MDKGKSVKSTEKSVGMPPKTPKTDNNAHVDNEFLILQVNDAVFPIGSYTHSFGLETYIQQKKVTNKESALEYLKANLSSQFLYTEMLSLKLTYESALQQDLKKILGVEEVIMLSTSPMELRLANQKLGNRFIKTLQAMNELDMGEFFNAYAQKTKDPTHATSYGVFAASLGIELKKALAHYLDAQTSNMVINCVKSVPLSQNDGQKILLSLQSPFNQLIEKTLELDESHLCTASVQNDIKAMQHESLYSRLYMS

来源 Source

来源生物 organism	Helicobacter pylori 26695
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	85962
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	68516

fit	/app/data/saxs_computation/hc/8hc1/8hc1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hc/8hc1/8hc1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hc/8hc1/8hc1.dat

CryoEM structure of Helicobacter pylori UreFD/urease complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)