SAXSdb — 8hc1

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Urease subunit alpha

Helicobacter pylori 26695

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 48	Urease subunit beta × 12 （P69996） Urease accessory protein UreH × 12 （Q09067） Urease accessory protein UreF × 12 （Q09065）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	URE23_HELPY
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–238； UniProt 1–238 作者链 E； PDB构建体 1–238； UniProt 1–238 作者链 I； PDB构建体 1–238； UniProt 1–238 作者链 M； PDB构建体 1–238； UniProt 1–238 作者链 Q； PDB构建体 1–238； UniProt 1–238 作者链 U； PDB构建体 1–238； UniProt 1–238 作者链 Y； PDB构建体 1–238； UniProt 1–238 作者链 c； PDB构建体 1–238； UniProt 1–238 作者链 g； PDB构建体 1–238； UniProt 1–238 作者链 k； PDB构建体 1–238； UniProt 1–238 作者链 o； PDB构建体 1–238； UniProt 1–238 作者链 s； PDB构建体 1–238； UniProt 1–238

Urease subunit beta

Helicobacter pylori 26695

UniProt P69996

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 48	Urease subunit alpha × 12 （P14916） Urease accessory protein UreH × 12 （Q09067） Urease accessory protein UreF × 12 （Q09065）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	URE1_HELPY
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–569； UniProt 1–569 作者链 F； PDB构建体 1–569； UniProt 1–569 作者链 J； PDB构建体 1–569； UniProt 1–569 作者链 N； PDB构建体 1–569； UniProt 1–569 作者链 R； PDB构建体 1–569； UniProt 1–569 作者链 V； PDB构建体 1–569； UniProt 1–569 作者链 Z； PDB构建体 1–569； UniProt 1–569 作者链 d； PDB构建体 1–569； UniProt 1–569 作者链 h； PDB构建体 1–569； UniProt 1–569 作者链 l； PDB构建体 1–569； UniProt 1–569 作者链 p； PDB构建体 1–569； UniProt 1–569 作者链 t； PDB构建体 1–569； UniProt 1–569

Urease accessory protein UreH

Helicobacter pylori 26695

UniProt Q09067

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 48	Urease subunit alpha × 12 （P14916） Urease subunit beta × 12 （P69996） Urease accessory protein UreF × 12 （Q09065）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UREH_HELPY
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 G； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 K； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 O； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 S； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 W； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 a； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 e； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 i； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 m； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 q； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 u； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265

Urease accessory protein UreF

Helicobacter pylori 26695

UniProt Q09065

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 48	Urease subunit alpha × 12 （P14916） Urease subunit beta × 12 （P69996） Urease accessory protein UreH × 12 （Q09067）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UREF_HELPY
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–254； UniProt 1–254 作者链 H； PDB构建体 1–254； UniProt 1–254 作者链 L； PDB构建体 1–254； UniProt 1–254 作者链 P； PDB构建体 1–254； UniProt 1–254 作者链 T； PDB构建体 1–254； UniProt 1–254 作者链 X； PDB构建体 1–254； UniProt 1–254 作者链 b； PDB构建体 1–254； UniProt 1–254 作者链 f； PDB构建体 1–254； UniProt 1–254 作者链 j； PDB构建体 1–254； UniProt 1–254 作者链 n； PDB构建体 1–254； UniProt 1–254 作者链 r； PDB构建体 1–254； UniProt 1–254 作者链 v； PDB构建体 1–254； UniProt 1–254

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8hc1
沉积日期 deposition_date	2022-11-01
结构标题 title	CryoEM structure of Helicobacter pylori UreFD/urease complex
关键词 keywords	Urease, activation complex, UreA, UreB, UreC, UreF, UreD, UreH, Helicobacter pylori, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8hc1__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8hc1__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8hc1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	79.30 Å
Rg（电子密度）	79.25 Å
总 Rg	79.42 Å
原子数	119844
残基数	15468
排除体积	2136100 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8hc1__assembly_1__model_1`	48-meric （48）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Urease subunit alpha
分子量 formula_weight	26587.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,I,M,Q,U,Y,c,g,k,o,s
原子数 atom_count	120048

MKLTPKELDKLMLHYAGELAKKRKEKGIKLNYVEAVALISAHIMEEARAGKKTAAELMQEGRTLLKPDDVMDGVASMIHEVGIEAMFPDGTKLVTVHTPIEANGKLVPGELFLKNEDITINEGKKAVSVKVKNVGDRPVQIGSHFHFFEVNRCLDFDREKTFGKRLDIASGTAVRFEPGEEKSVELIDIGGNRRIFGFNALVDRQADNESKKIALHRAKERGFHGAKSDDNYVKTIKE

来源 Source

来源生物 organism	Helicobacter pylori 26695
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	85962
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Urease subunit beta
分子量 formula_weight	61759.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F,J,N,R,V,Z,d,h,l,p,t

MKKISRKEYVSMYGPTTGDKVRLGDTDLIAEVEHDYTIYGEELKFGGGKTLREGMSQSNNPSKEELDLIITNALIVDYTGIYKADIGIKDGKIAGIGKGGNKDMQDGVKNNLSVGPATEALAGEGLIVTAGGIDTHIHFISPQQIPTAFASGVTTMIGGGTGPADGTNATTITPGRRNLKWMLRAAEEYSMNLGFLAKGNASNDASLADQIEAGAIGFKIHEDWGTTPSAINHALDVADKYDVQVAIHTDTLNEAGCVEDTMAAIAGRTMHTFHTEGAGGGHAPDIIKVAGEHNILPASTNPTIPFTVNTEAEHMDMLMVCHHLDKSIKEDVQFADSRIRPQTIAAEDTLHDMGIFSITSSDSQAMGRVGEVITRTWQTADKNKKEFGRLKEEKGDNDNFRIKRYLSKYTINPAIAHGISEYVGSVEVGKVADLVLWSPAFFGVKPNMIIKGGFIALSQMGDANASIPTPQPVYYREMFAHHGKAKYDANITFVSQAAYDKGIKEELGLERQVLPVKNCRNITKKDMQFNDTTAHIEVNPETYHVFVDGKEVTSKPANKVSLAQLFSIF

来源 Source

来源生物 organism	Helicobacter pylori 26695
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	85962
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Urease accessory protein UreH
分子量 formula_weight	30741.2 kDa
突变 mutation	E140A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G,K,O,S,W,a,e,i,m,q,u

MNTYAQESKLRLKTKIGADGRCVIEDNFFTPPFKLMAPFYPKDDLAEIMLLAVSPGMMRGDAQDVQLNIGPNCKLRITSQSFEKIHNTEDGFASRDMHIVVGENAFLDFAPFPLIPFENAHFKGNTTISLRSSSQLLYSAIIVAGRVARNELFKFNRLHTKISILQDEKPIYYDNTILDPKTTDLNNMCMFDGYTHYLNLVLVNCPIELSGVRECIEESEGVDGAVSETASSHLCVKALAKGSEPLLHLREKIARLVTQTTTQKVWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Helicobacter pylori 26695
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	85962
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Urease accessory protein UreF
分子量 formula_weight	28517.6 kDa
突变 mutation	R179A, Y183D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H,L,P,T,X,b,f,j,n,r,v

MDKGKSVKSTEKSVGMPPKTPKTDNNAHVDNEFLILQVNDAVFPIGSYTHSFGLETYIQQKKVTNKESALEYLKANLSSQFLYTEMLSLKLTYESALQQDLKKILGVEEVIMLSTSPMELRLANQKLGNRFIKTLQAMNELDMGEFFNAYAQKTKDPTHATSYGVFAASLGIELKKALAHYLDAQTSNMVINCVKSVPLSQNDGQKILLSLQSPFNQLIEKTLELDESHLCTASVQNDIKAMQHESLYSRLYMS

来源 Source

来源生物 organism	Helicobacter pylori 26695
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	85962
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	68516

CryoEM structure of Helicobacter pylori UreFD/urease complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Urease subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Urease subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Urease accessory protein UreH

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Urease accessory protein UreF

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8hc1__assembly_1__model_1

8hc1__assembly_1__model_1 | I(q)

8hc1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

CryoEM structure of Helicobacter pylori UreFD/urease complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Urease subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Urease subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Urease accessory protein UreH

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Urease accessory protein UreF

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8hc1__assembly_1__model_1

8hc1__assembly_1__model_1 | I(q)

8hc1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)