1ea4

TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG/22bp dsDNA COMPLEX

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG

STREPTOCOCCUS AGALACTIAE

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 20 DNA 12	;DNA (5'-D(TPAPAPCPCPGPTPGP CPAPCPTPCPAPAPTPGPCPAPAPTPC)-3') ; × 6 ;DNA(5'-D(APGPAPTPTPGPCPAPTP TPGPAPGPTPGPCPAPCPGPGPTPT)-3') ; × 6 water × 32	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 4 DNA 2	;DNA (5'-D(TPAPAPCPCPGPTPGP CPAPCPTPCPAPAPTPGPCPAPAPTPC)-3') ; × 1 ;DNA(5'-D(APGPAPTPTPGPCPAPTP TPGPAPGPTPGPCPAPCPGPGPTPT)-3') ; × 1 water × 6	与全部聚合物一致
3	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 4 DNA 2	;DNA (5'-D(TPAPAPCPCPGPTPGP CPAPCPTPCPAPAPTPGPCPAPAPTPC)-3') ; × 1 ;DNA(5'-D(APGPAPTPTPGPCPAPTP TPGPAPGPTPGPCPAPCPGPGPTPT)-3') ; × 1 water × 6	与全部聚合物一致
4	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 4 DNA 4	;DNA (5'-D(TPAPAPCPCPGPTPGP CPAPCPTPCPAPAPTPGPCPAPAPTPC)-3') ; × 2 ;DNA(5'-D(APGPAPTPTPGPCPAPTP TPGPAPGPTPGPCPAPCPGPGPTPT)-3') ; × 2 water × 8	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	REPA_STRPN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–45； UniProt 1–45 作者链 B； PDB构建体 1–45； UniProt 1–45 作者链 D； PDB构建体 1–45； UniProt 1–45 作者链 E； PDB构建体 1–45； UniProt 1–45 作者链 F； PDB构建体 1–45； UniProt 1–45 作者链 G； PDB构建体 1–45； UniProt 1–45 作者链 H； PDB构建体 1–45； UniProt 1–45 作者链 J； PDB构建体 1–45； UniProt 1–45 作者链 K； PDB构建体 1–45； UniProt 1–45 作者链 L； PDB构建体 1–45； UniProt 1–45

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ea4
沉积日期 deposition_date	2000-11-05
结构标题 title	TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG/22bp dsDNA COMPLEX
关键词 keywords	TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR, DNA-BINDING PROTEIN, PLASMID, PROTEIN-DNA COMPLEX, GENE REGULATION/DNA, GENE REGULATION-DNA complex; GENE REGULATION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1ea4__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1ea4__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1ea4__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.30 Å
Rg（电子密度）	19.98 Å
总 Rg	20.77 Å
原子数	2174
残基数	216
排除体积	36625 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1ea4__assembly_1__model_1`	32-meric （32）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1ea4__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1ea4__assembly_3__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1ea4__assembly_4__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
分子量 formula_weight	5124.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,D,E,F,G,H,J,K,L
原子数 atom_count	6013

MKKRLTITLSESVLENLEKMAREMGLSKSAMISVALENYKKGQEK

来源 Source

来源生物 organism	STREPTOCOCCUS AGALACTIAE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1311
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPAPAPCPCPGPTPGP CPAPCPTPCPAPAPTPGPCPAPAPTPC)-3') ;
分子量 formula_weight	6680.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	U,W,Y

TAACCGTGCACTCAATGCAATC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA(5'-D(APGPAPTPTPGPCPAPTP TPGPAPGPTPGPCPAPCPGPGPTPT)-3') ;
分子量 formula_weight	6822.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	V,X,Z

AGATTGCATTGAGTGCACGGTT

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	101

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_id	d1ea4a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.43 — Ribbon-helix-helix
超家族 Superfamily superfamily	a.43.1 — Ribbon-helix-helix
家族 Family family	a.43.1.3 — CopG-like

结构域编号 domain_id	d1ea4b_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.43 — Ribbon-helix-helix
超家族 Superfamily superfamily	a.43.1 — Ribbon-helix-helix
家族 Family family	a.43.1.3 — CopG-like

结构域编号 domain_id	d1ea4d_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.43 — Ribbon-helix-helix
超家族 Superfamily superfamily	a.43.1 — Ribbon-helix-helix
家族 Family family	a.43.1.3 — CopG-like

结构域编号 domain_id	d1ea4e_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.43 — Ribbon-helix-helix
超家族 Superfamily superfamily	a.43.1 — Ribbon-helix-helix
家族 Family family	a.43.1.3 — CopG-like

结构域编号 domain_id	d1ea4f_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.43 — Ribbon-helix-helix
超家族 Superfamily superfamily	a.43.1 — Ribbon-helix-helix
家族 Family family	a.43.1.3 — CopG-like

结构域编号 domain_id	d1ea4g_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.43 — Ribbon-helix-helix
超家族 Superfamily superfamily	a.43.1 — Ribbon-helix-helix
家族 Family family	a.43.1.3 — CopG-like

结构域编号 domain_id	d1ea4h_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.43 — Ribbon-helix-helix
超家族 Superfamily superfamily	a.43.1 — Ribbon-helix-helix
家族 Family family	a.43.1.3 — CopG-like

结构域编号 domain_id	d1ea4j_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.43 — Ribbon-helix-helix
超家族 Superfamily superfamily	a.43.1 — Ribbon-helix-helix
家族 Family family	a.43.1.3 — CopG-like

结构域编号 domain_id	d1ea4k_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.43 — Ribbon-helix-helix
超家族 Superfamily superfamily	a.43.1 — Ribbon-helix-helix
家族 Family family	a.43.1.3 — CopG-like

结构域编号 domain_id	d1ea4l_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.43 — Ribbon-helix-helix
超家族 Superfamily superfamily	a.43.1 — Ribbon-helix-helix
家族 Family family	a.43.1.3 — CopG-like

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	1ea4A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1220 — Arc Repressor Mutant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Met repressor-like

结构域编号 domain_id	1ea4B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1220 — Arc Repressor Mutant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Met repressor-like

结构域编号 domain_id	1ea4D00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1220 — Arc Repressor Mutant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Met repressor-like

结构域编号 domain_id	1ea4E00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1220 — Arc Repressor Mutant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Met repressor-like

结构域编号 domain_id	1ea4F00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1220 — Arc Repressor Mutant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Met repressor-like

结构域编号 domain_id	1ea4G00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1220 — Arc Repressor Mutant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Met repressor-like

结构域编号 domain_id	1ea4H00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1220 — Arc Repressor Mutant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Met repressor-like

结构域编号 domain_id	1ea4J00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1220 — Arc Repressor Mutant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Met repressor-like

结构域编号 domain_id	1ea4K00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1220 — Arc Repressor Mutant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Met repressor-like

结构域编号 domain_id	1ea4L00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1220 — Arc Repressor Mutant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Met repressor-like

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晶胞边长 a length_a	213.400 Å
晶胞边长 b length_b	76.040 Å
晶胞边长 c length_c	50.520 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	40

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.950 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	0.2300
R_work r_work	0.2300
R_free r_free	0.3070

TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG/22bp dsDNA COMPLEX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ea4__assembly_3__model_1

1ea4__assembly_3__model_1 | I(q)

1ea4__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (3)

TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG/22bp dsDNA COMPLEX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ea4__assembly_3__model_1

1ea4__assembly_3__model_1 | I(q)

1ea4__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (3)