1ecp

PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 106.5 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE

Escherichia coli

UniProt P0ABP8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–238 链 B; UniProt 1–238 链 C; UniProt 1–238 链 D; UniProt 1–238 链 E; UniProt 1–238 链 F; UniProt 1–238 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.00 Å R-free 0.290

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DEOD_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–238; UniProt 1–238 作者链 B; PDB构建体 1–238; UniProt 1–238 作者链 C; PDB构建体 1–238; UniProt 1–238 作者链 D; PDB构建体 1–238; UniProt 1–238 作者链 E; PDB构建体 1–238; UniProt 1–238 作者链 F; PDB构建体 1–238; UniProt 1–238

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1ecp

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1ecp
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1ecp
沉积日期 deposition_date1995-07-13
结构标题 titlePURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE
关键词 keywordsPENTOSYLTRANSFERASE, PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE, GLYCOSYLTRANSFERASE; PENTOSYLTRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.33
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.71
零角强度 I(0) i0363192000.00
分子量 molecular_weight153640.0 kDa
排除体积 excluded_volume192160 ų
包络体积 envelope_volume230330 ų
水化壳体积 shell_volume54473 ų
包络直径 envelope_diameter109.4
壳层 Rg shell_rg42.31
包络 Rg envelope_rg33.63
形状 Rg shape_rg33.73
总 Rg total_rg34.23
总原子数 total_atoms10758
残基数 n_residues1422
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax106.5
Rg (实空间) rg_real34.20
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.51
I(0) (实空间) i0_real3.6320e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.1370e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal34.28
I(0) (倒空间) i0_reciprocal363200000.0000
解质量估计 total_estimate0.9066
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary39.3
偏度 Skewness skewness0.178
峰度 Kurtosis kurtosis-0.602
角度范围 angular_range— – 0.2300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha165400000.0000
实空间数据点数 n_real_points47
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.945; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.954

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd1ecpa_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.56.2 — Purine and uridine phosphorylases
家族 Family familyc.56.2.1 — Purine and uridine phosphorylases
结构域编号 domain_idd1ecpb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.56.2 — Purine and uridine phosphorylases
家族 Family familyc.56.2.1 — Purine and uridine phosphorylases
结构域编号 domain_idd1ecpc_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.56.2 — Purine and uridine phosphorylases
家族 Family familyc.56.2.1 — Purine and uridine phosphorylases
结构域编号 domain_idd1ecpd_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.56.2 — Purine and uridine phosphorylases
家族 Family familyc.56.2.1 — Purine and uridine phosphorylases
结构域编号 domain_idd1ecpe_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.56.2 — Purine and uridine phosphorylases
家族 Family familyc.56.2.1 — Purine and uridine phosphorylases
结构域编号 domain_idd1ecpf_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.56.2 — Purine and uridine phosphorylases
家族 Family familyc.56.2.1 — Purine and uridine phosphorylases

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id1ecpA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1580 — Nucleoside phosphorylase domain
结构域编号 domain_id1ecpB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1580 — Nucleoside phosphorylase domain
结构域编号 domain_id1ecpC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1580 — Nucleoside phosphorylase domain
结构域编号 domain_id1ecpD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1580 — Nucleoside phosphorylase domain
结构域编号 domain_id1ecpE00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1580 — Nucleoside phosphorylase domain
结构域编号 domain_id1ecpF00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1580 — Nucleoside phosphorylase domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)