SAXSdb — 1eg3

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DYSTROPHIN

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 3046–3306	片段：WW DOMAIN	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；ammonium sulfate, glycerol, DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.257

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1EG3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1DXX N-terminal Actin-binding Domain of Human Dystrophin 提交 2000-01-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–246（246 aa）片段：ACTIN-BINDING 链 B 1–246（246 aa）片段：ACTIN-BINDING	突变：YES 突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；1.55M AMMONIUM FORMATE, 0.1M HEPES 7.4, pH 7.40	分辨率 2.60 Å R-free 0.268
1DXX N-terminal Actin-binding Domain of Human Dystrophin 提交 2000-01-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–246（246 aa）片段：ACTIN-BINDING 链 D 1–246（246 aa）片段：ACTIN-BINDING	突变：YES 突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；1.55M AMMONIUM FORMATE, 0.1M HEPES 7.4, pH 7.40	分辨率 2.60 Å R-free 0.268
1EG4 STRUCTURE OF A DYSTROPHIN WW DOMAIN FRAGMENT IN COMPLEX WITH A BETA-DYSTROGLYCAN PEPTIDE 提交 2000-02-11	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3046–3306（261 aa）片段：WW DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；ammonium sulfate, glycerol, DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.249
3UUN Crystal Structure of N-terminal first spectrin repeat of dystrophin 提交 2011-11-28	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 338–456（119 aa）片段：Spectrin Repeat, UNP residues 338-456	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；294.15 K；0.1M Tris HCl, 2.0M Ammonium sulphate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.15K	分辨率 2.30 Å R-free 0.260
3UUN Crystal Structure of N-terminal first spectrin repeat of dystrophin 提交 2011-11-28	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 338–456（119 aa）片段：Spectrin Repeat, UNP residues 338-456	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；294.15 K；0.1M Tris HCl, 2.0M Ammonium sulphate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.15K	分辨率 2.30 Å R-free 0.260
3UUN Crystal Structure of N-terminal first spectrin repeat of dystrophin 提交 2011-11-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 338–456（119 aa）片段：Spectrin Repeat, UNP residues 338-456 链 B 338–456（119 aa）片段：Spectrin Repeat, UNP residues 338-456	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；294.15 K；0.1M Tris HCl, 2.0M Ammonium sulphate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.15K	分辨率 2.30 Å R-free 0.260
9D58 Human Dystrophin tandem calponin homology actin-binding domain crystallized in a closed-state conformation 提交 2024-08-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–246（245 aa）片段：actin-binding domain/calponin homology domains 1 and 2	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Bis-Tris pH 6.7, 30% w/v Polyethylene monomethyl ether (MPEG) 5,000	分辨率 1.94 Å R-free 0.262
9D58 Human Dystrophin tandem calponin homology actin-binding domain crystallized in a closed-state conformation 提交 2024-08-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–246（245 aa）片段：actin-binding domain/calponin homology domains 1 and 2	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Bis-Tris pH 6.7, 30% w/v Polyethylene monomethyl ether (MPEG) 5,000	分辨率 1.94 Å R-free 0.262
9D58 Human Dystrophin tandem calponin homology actin-binding domain crystallized in a closed-state conformation 提交 2024-08-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 2–246（245 aa）片段：actin-binding domain/calponin homology domains 1 and 2	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Bis-Tris pH 6.7, 30% w/v Polyethylene monomethyl ether (MPEG) 5,000	分辨率 1.94 Å R-free 0.262
9D58 Human Dystrophin tandem calponin homology actin-binding domain crystallized in a closed-state conformation 提交 2024-08-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 2–246（245 aa）片段：actin-binding domain/calponin homology domains 1 and 2	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Bis-Tris pH 6.7, 30% w/v Polyethylene monomethyl ether (MPEG) 5,000	分辨率 1.94 Å R-free 0.262
9EC1 The Structure of Human Dystrophin Spectrin Repeat 24 提交 2024-11-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2933–3046（114 aa）片段：spectrin repeat 24	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 0.5 M Ammonium sulfate , 1 M Lithium sulfate monohydrate	分辨率 2.14 Å R-free 0.255
9EC1 The Structure of Human Dystrophin Spectrin Repeat 24 提交 2024-11-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2933–3046（114 aa）片段：spectrin repeat 24	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 0.5 M Ammonium sulfate , 1 M Lithium sulfate monohydrate	分辨率 2.14 Å R-free 0.255
9EC1 The Structure of Human Dystrophin Spectrin Repeat 24 提交 2024-11-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 2933–3046（114 aa）片段：spectrin repeat 24	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 0.5 M Ammonium sulfate , 1 M Lithium sulfate monohydrate	分辨率 2.14 Å R-free 0.255
9EC1 The Structure of Human Dystrophin Spectrin Repeat 24 提交 2024-11-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 2933–3046（114 aa）片段：spectrin repeat 24	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 0.5 M Ammonium sulfate , 1 M Lithium sulfate monohydrate	分辨率 2.14 Å R-free 0.255
9EC1 The Structure of Human Dystrophin Spectrin Repeat 24 提交 2024-11-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 2933–3046（114 aa）片段：spectrin repeat 24	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 0.5 M Ammonium sulfate , 1 M Lithium sulfate monohydrate	分辨率 2.14 Å R-free 0.255
9EC1 The Structure of Human Dystrophin Spectrin Repeat 24 提交 2024-11-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 2933–3046（114 aa）片段：spectrin repeat 24	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 0.5 M Ammonium sulfate , 1 M Lithium sulfate monohydrate	分辨率 2.14 Å R-free 0.255
9EC1 The Structure of Human Dystrophin Spectrin Repeat 24 提交 2024-11-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 2933–3046（114 aa）片段：spectrin repeat 24	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 0.5 M Ammonium sulfate , 1 M Lithium sulfate monohydrate	分辨率 2.14 Å R-free 0.255
9EC1 The Structure of Human Dystrophin Spectrin Repeat 24 提交 2024-11-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 H 2933–3046（114 aa）片段：spectrin repeat 24	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 0.5 M Ammonium sulfate , 1 M Lithium sulfate monohydrate	分辨率 2.14 Å R-free 0.255

共 5 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DMD_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–261； UniProt 3046–3306

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1eg3
沉积日期 deposition_date	2000-02-11
结构标题 title	STRUCTURE OF A DYSTROPHIN WW DOMAIN FRAGMENT IN COMPLEX WITH A BETA-DYSTROGLYCAN PEPTIDE
关键词 keywords	EF-hand like domain, WW domain, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.71 Å
零角强度 I(0) i0	15873500.00
分子量 molecular_weight	29754.0 kDa
排除体积 excluded_volume	37174 Å³
包络体积 envelope_volume	43030 Å³
水化壳体积 shell_volume	19325 Å³
包络直径 envelope_diameter	71.1 Å
壳层 Rg shell_rg	25.02 Å
包络 Rg envelope_rg	19.06 Å
形状 Rg shape_rg	18.74 Å
总 Rg total_rg	19.51 Å
总原子数 total_atoms	2089
残基数 n_residues	260
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	67.9 Å
Rg (实空间) rg_real	19.90 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.55 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5870e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0100e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	15870000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7827
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	25.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.290
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.153
角度范围 angular_range	— – 0.4000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3254000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.733; Stabil: 0.993; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1eg3a1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamily	a.39.1 — EF-hand
家族 Family family	a.39.1.7 — EF-hand modules in multidomain proteins

结构域编号 domain_id	d1eg3a2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamily	a.39.1 — EF-hand
家族 Family family	a.39.1.7 — EF-hand modules in multidomain proteins

结构域编号 domain_id	d1eg3a3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.72 — WW domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.72.1 — WW domain
家族 Family family	b.72.1.1 — WW domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1eg3A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	70 — Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1eg3A02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	1eg3A03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	1eg3A04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	49.710 Å
晶胞边长 b length_b	67.470 Å
晶胞边长 c length_c	85.490 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1940
R_free r_free	0.2570

描述 description	DYSTROPHIN
分子量 formula_weight	29845.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2355

STRUCTURE OF A DYSTROPHIN WW DOMAIN FRAGMENT IN COMPLEX WITH A BETA-DYSTROGLYCAN PEPTIDE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DYSTROPHIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	266

fit	/app/data/saxs_computation/eg/1eg3/1eg3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/eg/1eg3/1eg3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/eg/1eg3/1eg3.dat