1egj

DOMAIN 4 OF THE BETA COMMON CHAIN IN COMPLEX WITH AN ANTIBODY

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 106.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CYTOKINE RECEPTOR COMMON BETA CHAIN PRECURSOR

Homo sapiens

UniProt P32927

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 338–438 片段:DOMAIN 4 ANTIBODY (LIGHT CHAIN) × 1 ANTIBODY (HEAVY CHAIN) × 1 (P01865) NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;295 K;12% peg 4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K 分辨率 2.80 Å R-free 0.288

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 8 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IL3RB_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–101; UniProt 338–438

ANTIBODY (HEAVY CHAIN)

物种未注明

UniProt P01865

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 1–220 未记录 CYTOKINE RECEPTOR COMMON BETA CHAIN PRECURSOR × 1 (P32927) ANTIBODY (LIGHT CHAIN) × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;295 K;12% peg 4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K 分辨率 2.80 Å R-free 0.288

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 31 个其他 PDB 条目、41 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GCAM_MOUSE
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–220; UniProt 1–220

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1egj

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1egj
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1egj
沉积日期 deposition_date2000-02-15
结构标题 titleDOMAIN 4 OF THE BETA COMMON CHAIN IN COMPLEX WITH AN ANTIBODY
关键词 keywordscytokine receptor complexed to an antibody, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.52
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.41
零角强度 I(0) i059522100.00
分子量 molecular_weight59106.0 kDa
排除体积 excluded_volume73177 ų
包络体积 envelope_volume94527 ų
水化壳体积 shell_volume28631 ų
包络直径 envelope_diameter111.2
壳层 Rg shell_rg34.20
包络 Rg envelope_rg30.63
形状 Rg shape_rg30.41
总 Rg total_rg30.76
总原子数 total_atoms4160
残基数 n_residues536
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax106.6
Rg (实空间) rg_real30.93
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.00
I(0) (实空间) i0_real5.9520e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.2880e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.76
I(0) (倒空间) i0_reciprocal59510000.0000
解质量估计 total_estimate0.8009
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary30.7
偏度 Skewness skewness0.687
峰度 Kurtosis kurtosis0.088
角度范围 angular_range— – 0.2600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha8137000.0000
实空间数据点数 n_real_points53
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.715; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.689; Smooth: 0.575

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_idd1egja_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.2 — Fibronectin type III
家族 Family familyb.1.2.1 — Fibronectin type III
结构域编号 domain_idd1egjh1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd1egjh2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd1egjl1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd1egjl2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id1egjA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1egjH01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1egjH02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1egjL01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1egjL02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)