1ej6

Reovirus core

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 235.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LAMBDA2

物种未注明

UniProt P11079

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 300 PDB 声明:complete icosahedral assembly(300) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–1289 未记录 LAMBDA1 × 120 (P15024) SIGMA2 × 120 (P03525) ZN ZINC ION × 60 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;298 K;sodium chloride, sodium acetate, magnesium chloride, hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 3.60 Å R-free 0.208
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–1289 未记录 LAMBDA1 × 2 (P15024) SIGMA2 × 2 (P03525) ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;298 K;sodium chloride, sodium acetate, magnesium chloride, hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 3.60 Å R-free 0.208
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 25 PDB 声明:25-meric(25) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–1289 未记录 LAMBDA1 × 10 (P15024) SIGMA2 × 10 (P03525) ZN ZINC ION × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;298 K;sodium chloride, sodium acetate, magnesium chloride, hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 3.60 Å R-free 0.208
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 30 PDB 声明:30-meric(30) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–1289 未记录 LAMBDA1 × 12 (P15024) SIGMA2 × 12 (P03525) ZN ZINC ION × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;298 K;sodium chloride, sodium acetate, magnesium chloride, hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 3.60 Å R-free 0.208
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–1289 未记录 LAMBDA1 × 2 (P15024) SIGMA2 × 2 (P03525) ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;298 K;sodium chloride, sodium acetate, magnesium chloride, hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 3.60 Å R-free 0.208
6 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 25 PDB 声明:25-meric(25) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–1289 未记录 LAMBDA1 × 10 (P15024) SIGMA2 × 10 (P03525) ZN ZINC ION × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;298 K;sodium chloride, sodium acetate, magnesium chloride, hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 3.60 Å R-free 0.208

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MCE_REOVD
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–1289; UniProt 1–1289

LAMBDA1

物种未注明

UniProt P15024

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 300 PDB 声明:complete icosahedral assembly(300) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–1275 链 C; UniProt 1–1275 未记录 LAMBDA2 × 60 (P11079) SIGMA2 × 120 (P03525) ZN ZINC ION × 60 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;298 K;sodium chloride, sodium acetate, magnesium chloride, hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 3.60 Å R-free 0.208
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–1275 链 C; UniProt 1–1275 未记录 LAMBDA2 × 1 (P11079) SIGMA2 × 2 (P03525) ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;298 K;sodium chloride, sodium acetate, magnesium chloride, hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 3.60 Å R-free 0.208
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 25 PDB 声明:25-meric(25) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–1275 链 C; UniProt 1–1275 未记录 LAMBDA2 × 5 (P11079) SIGMA2 × 10 (P03525) ZN ZINC ION × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;298 K;sodium chloride, sodium acetate, magnesium chloride, hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 3.60 Å R-free 0.208
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 30 PDB 声明:30-meric(30) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–1275 链 C; UniProt 1–1275 未记录 LAMBDA2 × 6 (P11079) SIGMA2 × 12 (P03525) ZN ZINC ION × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;298 K;sodium chloride, sodium acetate, magnesium chloride, hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 3.60 Å R-free 0.208
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–1275 链 C; UniProt 1–1275 未记录 LAMBDA2 × 1 (P11079) SIGMA2 × 2 (P03525) ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;298 K;sodium chloride, sodium acetate, magnesium chloride, hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 3.60 Å R-free 0.208
6 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 25 PDB 声明:25-meric(25) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–1275 链 C; UniProt 1–1275 未记录 LAMBDA2 × 5 (P11079) SIGMA2 × 10 (P03525) ZN ZINC ION × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;298 K;sodium chloride, sodium acetate, magnesium chloride, hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 3.60 Å R-free 0.208

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VL1_REOVD
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–1275; UniProt 1–1275 作者链 C; PDB构建体 1–1275; UniProt 1–1275

SIGMA2

物种未注明

UniProt P03525

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 300 PDB 声明:complete icosahedral assembly(300) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–418 链 E; UniProt 1–418 未记录 LAMBDA2 × 60 (P11079) LAMBDA1 × 120 (P15024) ZN ZINC ION × 60 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;298 K;sodium chloride, sodium acetate, magnesium chloride, hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 3.60 Å R-free 0.208
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–418 链 E; UniProt 1–418 未记录 LAMBDA2 × 1 (P11079) LAMBDA1 × 2 (P15024) ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;298 K;sodium chloride, sodium acetate, magnesium chloride, hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 3.60 Å R-free 0.208
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 25 PDB 声明:25-meric(25) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–418 链 E; UniProt 1–418 未记录 LAMBDA2 × 5 (P11079) LAMBDA1 × 10 (P15024) ZN ZINC ION × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;298 K;sodium chloride, sodium acetate, magnesium chloride, hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 3.60 Å R-free 0.208
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 30 PDB 声明:30-meric(30) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–418 链 E; UniProt 1–418 未记录 LAMBDA2 × 6 (P11079) LAMBDA1 × 12 (P15024) ZN ZINC ION × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;298 K;sodium chloride, sodium acetate, magnesium chloride, hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 3.60 Å R-free 0.208
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–418 链 E; UniProt 1–418 未记录 LAMBDA2 × 1 (P11079) LAMBDA1 × 2 (P15024) ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;298 K;sodium chloride, sodium acetate, magnesium chloride, hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 3.60 Å R-free 0.208
6 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 25 PDB 声明:25-meric(25) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–418 链 E; UniProt 1–418 未记录 LAMBDA2 × 5 (P11079) LAMBDA1 × 10 (P15024) ZN ZINC ION × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;298 K;sodium chloride, sodium acetate, magnesium chloride, hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 3.60 Å R-free 0.208

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VSI2_REOVD
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–418; UniProt 1–418 作者链 E; PDB构建体 1–418; UniProt 1–418

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1ej6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1ej6
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1ej6
沉积日期 deposition_date2000-02-29
结构标题 titleReovirus core
关键词 keywordsvirus, icosahedral, non-equivalence, dsRNA virus, methylase, methyltransferase, guanylyltransferase, zinc finger, Icosahedral virus; VIRUS
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier67.08
回转半径 Rg (电子) rg_electron67.15
零角强度 I(0) i03328250000.00
分子量 molecular_weight489630.0 kDa
排除体积 excluded_volume612960 ų
包络体积 envelope_volume906350 ų
水化壳体积 shell_volume113020 ų
包络直径 envelope_diameter231.3
壳层 Rg shell_rg66.82
包络 Rg envelope_rg66.33
形状 Rg shape_rg67.20
总 Rg total_rg66.98
总原子数 total_atoms34486
残基数 n_residues4369
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax235.8
Rg (实空间) rg_real67.11
Rg 误差 (实空间) rg_real_error3.17
I(0) (实空间) i0_real3.3280e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.9060e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal66.80
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3326000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8673
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary71.8
偏度 Skewness skewness0.225
峰度 Kurtosis kurtosis-0.716
角度范围 angular_range— – 0.1150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha174700000.0000
实空间数据点数 n_real_points24
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.838; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.938; Smooth: 0.818

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_idd1ej6a_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.7 — Reovirus components
超家族 Superfamily superfamilyi.7.1 — Reovirus components
家族 Family familyi.7.1.1 — Reovirus components
结构域编号 domain_idd1ej6b_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.7 — Reovirus components
超家族 Superfamily superfamilyi.7.1 — Reovirus components
家族 Family familyi.7.1.1 — Reovirus components
结构域编号 domain_idd1ej6c_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.7 — Reovirus components
超家族 Superfamily superfamilyi.7.1 — Reovirus components
家族 Family familyi.7.1.1 — Reovirus components
结构域编号 domain_idd1ej6d_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.7 — Reovirus components
超家族 Superfamily superfamilyi.7.1 — Reovirus components
家族 Family familyi.7.1.1 — Reovirus components
结构域编号 domain_idd1ej6e_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.7 — Reovirus components
超家族 Superfamily superfamilyi.7.1 — Reovirus components
家族 Family familyi.7.1.1 — Reovirus components

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id1ej6A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1810 — Reovirus components fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Reovirus components
结构域编号 domain_id1ej6A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture55 — 3-Layer(bab) Sandwich
拓扑 Topology topology60 — Reovirus components fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Reovirus components
结构域编号 domain_id1ej6A03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10760 — Reovirus core
结构域编号 domain_id1ej6A04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — Vaccinia Virus protein VP39
结构域编号 domain_id1ej6A05
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1ej6B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1830 — Inner capsid protein lambda-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Inner capsid protein lambda-1
结构域编号 domain_id1ej6C00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1830 — Inner capsid protein lambda-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Inner capsid protein lambda-1
结构域编号 domain_id1ej6D02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1520
结构域编号 domain_id1ej6E02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1520

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)