1ej7

CRYSTAL STRUCTURE OF UNACTIVATED TOBACCO RUBISCO WITH BOUND PHOSPHATE IONS

Method: X-RAY DIFFRACTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RUBISCO (LARGE SUBUNIT)

物种未注明

UniProt P00876

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 16 RUBISCO (SMALL SUBUNIT) × 8 (P69249) PHOSPHATE ION × 24 water × 16 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RBL_TOBAC
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 L; PDB构建体 1–475; UniProt 3–477

RUBISCO (SMALL SUBUNIT)

物种未注明

UniProt P69249

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 16 RUBISCO (LARGE SUBUNIT) × 8 (P00876) PHOSPHATE ION × 24 water × 16 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RBS_TOBAC
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 S; PDB构建体 1–123; UniProt 58–180

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1ej7
沉积日期 deposition_date2000-03-01
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF UNACTIVATED TOBACCO RUBISCO WITH BOUND PHOSPHATE IONS
关键词 keywordsTIM Barrel, alpha/beta barrel, LYASE; LYASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1ej7__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1ej7__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 109 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1ej7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)47.48 Å
Rg(电子密度)46.79 Å
总 Rg47.14 Å
原子数36984
残基数4640
排除体积655570 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1ej7__assembly_1__model_1 hexadecameric (16) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1ej7l1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.14 — RuBisCo, C-terminal domain
家族 Family familyc.1.14.1 — RuBisCo, large subunit, C-terminal domain
结构域编号 domain_idd1ej7l2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.58.9 — RuBisCO, large subunit, small (N-terminal) domain
家族 Family familyd.58.9.1 — Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase
结构域编号 domain_idd1ej7s_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.73 — RuBisCO, small subunit
超家族 Superfamily superfamilyd.73.1 — RuBisCO, small subunit
家族 Family familyd.73.1.1 — RuBisCO, small subunit

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id1ej7L01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — RuBisCO large subunit, N-terminal domain
结构域编号 domain_id1ej7L02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily110 — Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain
结构域编号 domain_id1ej7S00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology190 — Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit

7. 引用文献 (1)