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1ejp

SOLUTION STRUCTURE OF THE SYNDECAN-4 WHOLE CYTOPLASMIC DOMAIN

Method: SOLUTION NMR Dmax: 83.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SYNDECAN-4

物种未注明

UniProt P31431

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 171–198 链 B； UniProt 171–198 片段：WHOLE CYTOPLASMIC DOMAIN 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM sodium phosphate；压力 1 NMR测量条件：pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM sodium phosphate；压力 1 NMR测量条件：pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM sodium phosphate；压力 1 NMR样品组成：2-4mM Syndecan-4 peptide ; 50mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：2-4mM Syndecan-4 peptide ; 50mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：2-4mM Syndecan-4 peptide ; 50mM phosphate buffer; 100% D2O | 100% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1EJP Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1EJQ SOLUTION STRUCTURE OF THE SYNDECAN-4 WHOLE CYTOPLASMIC DOMAIN IN THE PRESENCE OF PHOSPHATIDYLINOSITOL 4,5-BISPHOSPHATE 提交 2000-03-04 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 171–198（28 aa） 片段：WHOLE CYTOPLASMIC DOMAIN (RESIDUES 171-198)
链 B 171–198（28 aa） 片段：WHOLE CYTOPLASMIC DOMAIN (RESIDUES 171-198)
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM sodium phosphate；压力 1
NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM sodium phosphate；压力 1
NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM sodium phosphate；压力 1
NMR样品组成 2-4mM Syndecan-4 cytoplasmic domain;Molar ratio of 4:1(syndecan-4 peptide:PIP2);50mM sodium phosphate;90% H2O 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 2-4mM Syndecan-4 cytoplasmic domain;Molar ratio of 4:1(syndecan-4 peptide:PIP2);50mM sodium phosphate;90% H2O 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 2-4mM Syndecan-4 cytoplasmic domain;Molar ratio of 4:1(syndecan-4 peptide:PIP2);50mM sodium phosphate;90% H2O 10% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
1OBY Crystal structure of the complex of PDZ2 of syntenin with a syndecan-4 peptide. 提交 2003-01-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 P 193–198（6 aa） 片段：LAST 6 RESIDUES, RESIDUES 193-198
链 Q 193–198（6 aa） 片段：LAST 6 RESIDUES, RESIDUES 193-198
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；SITTING DROP WITH 0.1 M HEPES, PH 6.8, 1.6 M AMMONIUM SULFATE, 20 MM COCL2, AND 0.2 MGSO4
分辨率 1.85 Å R-free 0.226
1YBO Crystal structure of the PDZ tandem of human syntenin with syndecan peptide 提交 2004-12-21 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 182–198（17 aa）
链 D 182–198（17 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；20% PEG 3350, 0.2M NH4Cl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 2.30 Å R-free 0.273
8BLV The PDZ domains of human SDCBP with a bound SDC4 C-terminal peptide 提交 2022-11-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 191–198（8 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；293 K；200 mM sodium sulphate, 100 mM bis-tris-propane, 10% ethylene glycol, 20% PEG 3350
分辨率 1.50 Å R-free 0.222
8BLV The PDZ domains of human SDCBP with a bound SDC4 C-terminal peptide 提交 2022-11-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 191–198（8 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；293 K；200 mM sodium sulphate, 100 mM bis-tris-propane, 10% ethylene glycol, 20% PEG 3350
分辨率 1.50 Å R-free 0.222

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SDC4_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–28； UniProt 171–198 作者链 B； PDB构建体 1–28； UniProt 171–198

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1ejp

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1ejp
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1ejp
沉积日期 deposition_date2000-03-03
结构标题 titleSOLUTION STRUCTURE OF THE SYNDECAN-4 WHOLE CYTOPLASMIC DOMAIN
关键词 keywordssymmetric-parallel-interwinded dimer, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.08 Å
零角强度 I(0) i0151401000.00
分子量 molecular_weight105950.0 kDa
排除体积 excluded_volume134840 ų
包络体积 envelope_volume74880 ų
水化壳体积 shell_volume22127 ų
包络直径 envelope_diameter88.8 Å
壳层 Rg shell_rg35.48 Å
包络 Rg envelope_rg28.30 Å
形状 Rg shape_rg23.02 Å
总 Rg total_rg24.06 Å
总原子数 total_atoms15168
残基数 n_residues896
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax83.4 Å
Rg (实空间) rg_real24.07 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.95 Å
I(0) (实空间) i0_real1.5140e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3920e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.99 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal151400000.0000
解质量估计 total_estimate0.8010
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary19.6 Å
偏度 Skewness skewness0.394
峰度 Kurtosis kurtosis-0.686
角度范围 angular_range— – 0.3350 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha106500.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.713; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.286; Smooth: 0.984
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1ejpa_
类 Class classj — Peptides
折叠类型 Fold foldj.80 — Syndecan-4 cytoplasmic domain
超家族 Superfamily superfamilyj.80.1 — Syndecan-4 cytoplasmic domain
家族 Family familyj.80.1.1 — Syndecan-4 cytoplasmic domain
结构域编号 domain_idd1ejpb_
类 Class classj — Peptides
折叠类型 Fold foldj.80 — Syndecan-4 cytoplasmic domain
超家族 Superfamily superfamilyj.80.1 — Syndecan-4 cytoplasmic domain
家族 Family familyj.80.1.1 — Syndecan-4 cytoplasmic domain
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)