SAXSdb — 1elr

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TPR2A-DOMAIN OF HOP

Homo sapiens

UniProt P31948

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 222–352	片段：MIDDLE DOMAIN	HSP90-PEPTIDE MEEVD × 1 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；PEG MME 2000, TRIS, Nickel chloride, Xylitol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.219

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1ELR	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1ELW Crystal structure of the TPR1 domain of HOP in complex with a HSC70 peptide 提交 2000-03-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–118（118 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN	未记录	NI NICKEL (II) ION × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；PEG MME 2000, TRIS, Nickel Chloride, Xylitol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.215
1ELW Crystal structure of the TPR1 domain of HOP in complex with a HSC70 peptide 提交 2000-03-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–118（118 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN	未记录	NI NICKEL (II) ION × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；PEG MME 2000, TRIS, Nickel Chloride, Xylitol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.215
2LNI Solution NMR Structure of Stress-induced-phosphoprotein 1 STI1 from Homo sapiens, Northeast Structural Genomics Consortium Target HR4403E 提交 2011-12-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 356–477（122 aa）片段：TPR repeats 7-9, residues 356-477	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.5；293 K；压力 ambient NMR样品组成 0.807 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HR4403E, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.763 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] HR4403E, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HR4403E, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2NC9 Apo solution structure of Hop TPR2A 提交 2016-03-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 220–350（131 aa）片段：residues 280-350	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）70；压力 ambient NMR样品组成 1.5 mM [U-13C; U-15N] protein, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 0.01 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.5 mM [U-13C; U-15N] protein, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 0.01 % sodium azide, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
3ESK Structure of HOP TPR2A domain in complex with the non-cognate Hsc70 peptide ligand 提交 2008-10-06	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 222–349（128 aa）片段：TPR2A domain, UNP residues 223-350	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；298 K；TRIS pH 8.5, PEG MME 2000, NiCl2, Xylitol, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.05 Å R-free 0.244
3FWV Crystal Structure of a Redesigned TPR Protein, T-MOD(VMY), in Complex with MEEVF Peptide 提交 2009-01-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 223–349（127 aa）片段：TPR repeats 4-6	未记录	NI NICKEL (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；100 mM Tris pH 8.5, 30% PEG MME 2000, 5-10 mM NiCl2, 10% xylitol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.244
3FWV Crystal Structure of a Redesigned TPR Protein, T-MOD(VMY), in Complex with MEEVF Peptide 提交 2009-01-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 223–349（127 aa）片段：TPR repeats 4-6	未记录	NI NICKEL (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；100 mM Tris pH 8.5, 30% PEG MME 2000, 5-10 mM NiCl2, 10% xylitol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.244
7KW7 Atomic cryoEM structure of Hsp90-Hsp70-Hop-GR 提交 2020-11-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 1–543（543 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.57 Å
9QQU Crystal structure of an engineered TPR domain in complex with the HSP90 peptide MEEVD 提交 2025-04-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 218–350（133 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.1M Sodium Acetate, pH 5.0 2.0 M Ammonium sulphate	分辨率 2.13 Å R-free 0.256

共 7 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	STIP1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–131； UniProt 222–352

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1elr
沉积日期 deposition_date	2000-03-14
结构标题 title	Crystal structure of the TPR2A domain of HOP in complex with the HSP90 peptide MEEVD
关键词 keywords	Hop, Tpr-Domain, Peptide-Complex, Helical Repeat, Hsp90, Protein Binding, CHAPERONE; CHAPERONE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.85 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.14 Å
零角强度 I(0) i0	4814770.00
分子量 molecular_weight	15497.0 kDa
排除体积 excluded_volume	19298 Å³
包络体积 envelope_volume	21762 Å³
水化壳体积 shell_volume	12535 Å³
包络直径 envelope_diameter	58.8 Å
壳层 Rg shell_rg	20.50 Å
包络 Rg envelope_rg	15.57 Å
形状 Rg shape_rg	15.08 Å
总 Rg total_rg	16.32 Å
总原子数 total_atoms	1087
残基数 n_residues	133
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	59.1 Å
Rg (实空间) rg_real	15.85 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.8150e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.6390e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4815000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8128
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	19.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.394
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.055
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1884000.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.593; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.809; Smooth: 0.982

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	TPR2A-DOMAIN OF HOP
分子量 formula_weight	15524.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1238

GKQALKEKELGNDAYKKKDFDTALKHYDKAKELDPTNMTYITNQAAVYFEKGDYNKCRELCEKAIEVGRENREDYRQIAKAYARIGNSYFKEEKYKDAIHFYNKSLAEHRTPDVLKKCQQAEKILKEQERL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	HSP90-PEPTIDE MEEVD
分子量 formula_weight	647.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

XMEEVD

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	151

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1elra_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.8 — TPR-like
家族 Family family	a.118.8.1 — Tetratricopeptide repeat (TPR)

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1elrA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tetratricopeptide repeat domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	73.280 Å
晶胞边长 b length_b	48.270 Å
晶胞边长 c length_c	38.060 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.30 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	9.930 Å
R 因子 r_factor	0.1810
R_work r_work	0.1810
R_free r_free	0.2190

fit	/app/data/saxs_computation/el/1elr/1elr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/el/1elr/1elr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/el/1elr/1elr.dat

Crystal structure of the TPR2A domain of HOP in complex with the HSP90 peptide MEEVD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TPR2A-DOMAIN OF HOP

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)