1ewy

ANABAENA PCC7119 FERREDOXIN:FERREDOXIN-NADP+-REDUCTASE COMPLEX

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 91.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FERREDOXIN-NADP REDUCTASE

物种未注明

UniProt P21890

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 138–440 片段:138-440 FERREDOXIN I × 1 (P0A3C8) FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;277 K;20-24% PEG 6000,10 mM MES pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 2.38 Å R-free 0.293
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 138–440 片段:138-440 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;277 K;20-24% PEG 6000,10 mM MES pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 2.38 Å R-free 0.293

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 31 个其他 PDB 条目、33 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FENR_ANASO
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–303; UniProt 138–440 作者链 B; PDB构建体 1–303; UniProt 138–440

FERREDOXIN I

物种未注明

UniProt P0A3C8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–98 未记录 FERREDOXIN-NADP REDUCTASE × 1 (P21890) FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;277 K;20-24% PEG 6000,10 mM MES pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 2.38 Å R-free 0.293

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FER1_ANASO
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–98; UniProt 1–98

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1ewy

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1ewy
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1ewy
沉积日期 deposition_date2000-04-28
结构标题 titleANABAENA PCC7119 FERREDOXIN:FERREDOXIN-NADP+-REDUCTASE COMPLEX
关键词 keywordsELECTRON TRANSFER COMPLEX, PHOTOSYNTHESIS, PROTEIN-PROTEIN INTERACTION, FERREDOXIN, REDUCTASE, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.14
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.35
零角强度 I(0) i0106977000.00
分子量 molecular_weight80104.0 kDa
排除体积 excluded_volume99712 ų
包络体积 envelope_volume121980 ų
水化壳体积 shell_volume36930 ų
包络直径 envelope_diameter93.2
壳层 Rg shell_rg35.11
包络 Rg envelope_rg27.09
形状 Rg shape_rg27.40
总 Rg total_rg27.97
总原子数 total_atoms5633
残基数 n_residues704
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax91.5
Rg (实空间) rg_real28.09
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.51
I(0) (实空间) i0_real1.0700e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5090e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.11
I(0) (倒空间) i0_reciprocal107000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8871
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary32.7
偏度 Skewness skewness0.342
峰度 Kurtosis kurtosis-0.348
角度范围 angular_range— – 0.2800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha45540000.0000
实空间数据点数 n_real_points57
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.858; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.955

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_idd1ewya1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.43 — Reductase/isomerase/elongation factor common domain
超家族 Superfamily superfamilyb.43.4 — Riboflavin synthase domain-like
家族 Family familyb.43.4.2 — Ferredoxin reductase FAD-binding domain-like
结构域编号 domain_idd1ewya2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.25 — Ferredoxin reductase-like, C-terminal NADP-linked domain
超家族 Superfamily superfamilyc.25.1 — Ferredoxin reductase-like, C-terminal NADP-linked domain
家族 Family familyc.25.1.1 — Reductases
结构域编号 domain_idd1ewyb1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.43 — Reductase/isomerase/elongation factor common domain
超家族 Superfamily superfamilyb.43.4 — Riboflavin synthase domain-like
家族 Family familyb.43.4.2 — Ferredoxin reductase FAD-binding domain-like
结构域编号 domain_idd1ewyb2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.25 — Ferredoxin reductase-like, C-terminal NADP-linked domain
超家族 Superfamily superfamilyc.25.1 — Ferredoxin reductase-like, C-terminal NADP-linked domain
家族 Family familyc.25.1.1 — Reductases
结构域编号 domain_idd1ewyc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.4 — 2Fe-2S ferredoxin-like
家族 Family familyd.15.4.1 — 2Fe-2S ferredoxin-related

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id1ewyA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Translation factors
结构域编号 domain_id1ewyA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 — Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module
结构域编号 domain_id1ewyB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Translation factors
结构域编号 domain_id1ewyB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 — Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module
结构域编号 domain_id1ewyC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Beta-grasp domain

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)