1eyg

Crystal structure of chymotryptic fragment of E. coli ssb bound to two 35-mer single strand DNAS

Method: X-RAY DIFFRACTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SINGLE-STRAND DNA-BINDING PROTEIN

Escherichia coli

UniProt P0AGE0

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 同源多聚体 蛋白 2 DNA 1 SINGLE STRANDED 28-MER OF D(C) × 1 water × 3 与全部聚合物一致
2 蛋白–DNA 同源多聚体 蛋白 2 DNA 1 SINGLE STRANDED 28-MER OF D(C) × 1 water × 3 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SSB_ECOLI
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–116; UniProt 1–116 作者链 B; PDB构建体 1–116; UniProt 1–116 作者链 C; PDB构建体 1–116; UniProt 1–116 作者链 D; PDB构建体 1–116; UniProt 1–116

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1eyg
沉积日期 deposition_date2000-05-06
结构标题 titleCrystal structure of chymotryptic fragment of E. coli ssb bound to two 35-mer single strand DNAS
关键词 keywordsPROTEIN-DNA COMPLEX; OB fold; Se-Met; MAD PHASING; SSB; binding mode, replication-DNA COMPLEX; replication/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1eyg__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1eyg__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1eyg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)19.04 Å
Rg(电子密度)18.09 Å
总 Rg18.90 Å
原子数2029
残基数239
排除体积34698 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1eyg__assembly_1__model_1 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 1eyg__assembly_2__model_1 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1eyga_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family familyb.40.4.3 — Single strand DNA-binding domain, SSB
结构域编号 domain_idd1eygb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family familyb.40.4.3 — Single strand DNA-binding domain, SSB
结构域编号 domain_idd1eygc_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family familyb.40.4.3 — Single strand DNA-binding domain, SSB
结构域编号 domain_idd1eygd_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family familyb.40.4.3 — Single strand DNA-binding domain, SSB

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1eygA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — Nucleic acid-binding proteins
结构域编号 domain_id1eygB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — Nucleic acid-binding proteins
结构域编号 domain_id1eygC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — Nucleic acid-binding proteins
结构域编号 domain_id1eygD00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — Nucleic acid-binding proteins

7. 引用文献 (1)