SAXSdb — 1f07

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

COENZYME F420-DEPENDENT N5,N10-METHYLENETETRAHYDROMETHANOPTERIN REDUCTASE

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID × 4 (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 CHLORIDE ION × 2 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID × 2 (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 CHLORIDE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID × 2 (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 CHLORIDE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MER_METTM
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–321； UniProt 1–321 作者链 B； PDB构建体 1–321； UniProt 1–321 作者链 C； PDB构建体 1–321； UniProt 1–321 作者链 D； PDB构建体 1–321； UniProt 1–321

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1f07
沉积日期 deposition_date	2000-05-15
结构标题 title	STRUCTURE OF COENZYME F420 DEPENDENT TETRAHYDROMETHANOPTERIN REDUCTASE FROM METHANOBACTERIUM THERMOAUTOTROPHICUM
关键词 keywords	(beta, alpha)8 barrel, TIM barrel, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1f07__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1f07__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1f07__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.72 Å
Rg（电子密度）	36.08 Å
总 Rg	36.51 Å
原子数	10902
残基数	1284
排除体积	171240 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1f07__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1f07__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1f07__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	COENZYME F420-DEPENDENT N5,N10-METHYLENETETRAHYDROMETHANOPTERIN REDUCTASE
分子量 formula_weight	33518.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	11407

MKFGIEFVPNEPIEKIVKLVKLAEDVGFEYAWITDHYNNKNVYETLALIAEGTETIKLGPGVTNPYVRSPAITASAIATLDELSNGRATLGIGPGDKATFDALGIEWVKPVSTIRDAIAMMRTLLAGEKTESGAQLMGVKAVQEKIPIYMGAQGPMMLKTAGEISDGALINASNPKDFEAAVPLIKEGAEAAGKSIADIDVAAYTCCSIDEDAAAAANAAKIVVAFIAAGSPPPVFERHGLPADTGKKFGELLGKGDFGGAIGAVDDALMEAFSVVGTPDEFIPKIEALGEMGVTQYVAGSPIGPDKEKSIKLLGEVIASF

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID
分子量 formula_weight	209.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	505

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1f07a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.16 — Bacterial luciferase-like
家族 Family family	c.1.16.3 — F420 dependent oxidoreductases

结构域编号 domain_id	d1f07b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.16 — Bacterial luciferase-like
家族 Family family	c.1.16.3 — F420 dependent oxidoreductases

结构域编号 domain_id	d1f07c_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.16 — Bacterial luciferase-like
家族 Family family	c.1.16.3 — F420 dependent oxidoreductases

结构域编号 domain_id	d1f07d_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.16 — Bacterial luciferase-like
家族 Family family	c.1.16.3 — F420 dependent oxidoreductases

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1f07A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Luciferase-like domain

结构域编号 domain_id	1f07B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Luciferase-like domain

结构域编号 domain_id	1f07C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Luciferase-like domain

结构域编号 domain_id	1f07D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Luciferase-like domain

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晶胞边长 a length_a	162.800 Å
晶胞边长 b length_b	128.200 Å
晶胞边长 c length_c	109.200 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	131.40 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2090
R_work r_work	0.2080
R_free r_free	0.2370

STRUCTURE OF COENZYME F420 DEPENDENT TETRAHYDROMETHANOPTERIN REDUCTASE FROM METHANOBACTERIUM THERMOAUTOTROPHICUM

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

COENZYME F420-DEPENDENT N5,N10-METHYLENETETRAHYDROMETHANOPTERIN REDUCTASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1f07__assembly_1__model_1

1f07__assembly_1__model_1 | I(q)

1f07__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

STRUCTURE OF COENZYME F420 DEPENDENT TETRAHYDROMETHANOPTERIN REDUCTASE FROM METHANOBACTERIUM THERMOAUTOTROPHICUM

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

COENZYME F420-DEPENDENT N5,N10-METHYLENETETRAHYDROMETHANOPTERIN REDUCTASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1f07__assembly_1__model_1

1f07__assembly_1__model_1 | I(q)

1f07__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)